+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10687 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Multibody refinement of 50S ribosome body of pseudouridimycin-stalled Mycoplasma pneumoniae in-cell expressome | |||||||||
![]() | 50S ribosome body of stalled expressome from pseudouridimycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells, multibody refinement | |||||||||
![]() |
| |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.2 Å | |||||||||
![]() | Mahamid J / Xue L | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: In-cell architecture of an actively transcribing-translating expressome. 著者: Francis J O'Reilly / Liang Xue / Andrea Graziadei / Ludwig Sinn / Swantje Lenz / Dimitry Tegunov / Cedric Blötz / Neil Singh / Wim J H Hagen / Patrick Cramer / Jörg Stülke / Julia Mahamid / Juri Rappsilber / ![]() ![]() 要旨: Structural biology studies performed inside cells can capture molecular machines in action within their native context. In this work, we developed an integrative in-cell structural approach using the ...Structural biology studies performed inside cells can capture molecular machines in action within their native context. In this work, we developed an integrative in-cell structural approach using the genome-reduced human pathogen We combined whole-cell cross-linking mass spectrometry, cellular cryo-electron tomography, and integrative modeling to determine an in-cell architecture of a transcribing and translating expressome at subnanometer resolution. The expressome comprises RNA polymerase (RNAP), the ribosome, and the transcription elongation factors NusG and NusA. We pinpointed NusA at the interface between a NusG-bound elongating RNAP and the ribosome and propose that it can mediate transcription-translation coupling. Translation inhibition dissociated the expressome, whereas transcription inhibition stalled and rearranged it. Thus, the active expressome architecture requires both translation and transcription elongation within the cell. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
ムービー |
![]() |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.3 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.5 KB 15.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 59.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 30.5 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 22.1 MB 22.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 428.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 427.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 50S ribosome body of stalled expressome from pseudouridimycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells, multibody refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 50S ribosome body of stalled expressome from pseudouridimycin-treated...
ファイル | emd_10687_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 50S ribosome body of stalled expressome from pseudouridimycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells, multibody refinement, half 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: 50S ribosome body of stalled expressome from pseudouridimycin-treated...
ファイル | emd_10687_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | 50S ribosome body of stalled expressome from pseudouridimycin-treated Mycoplasma pneumoniae cells, multibody refinement, half 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 ...
全体 | 名称: wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 mg/ml pseudouridimycin (PUM), 15-20 minutes prior to blotting and vitrification. |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 ...
超分子 | 名称: wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 mg/ml pseudouridimycin (PUM), 15-20 minutes prior to blotting and vitrification. タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: modified Hayflick medium as described in Halbedel, Hames, and Stulke 2004, with 0.4 mg/ml pseudouridimycin (PUM) |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 45 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.9 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 4.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.5 µm / 倍率(補正後): 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |