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万見
- EMDB-10685: Multibody refinement of RNA polymerase body of pseudouridimycin-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10685
タイトルMultibody refinement of RNA polymerase body of pseudouridimycin-stalled Mycoplasma pneumoniae in-cell expressome
マップデータRNA polymerase body of PUM-induced stalled expressome, multibody refinement
試料
  • 細胞: wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 mg/ml pseudouridimycin (PUM), 15-20 minutes prior to blotting and vitrification.
生物種Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.1 Å
データ登録者Mahamid J / Xue L
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)760067 ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: In-cell architecture of an actively transcribing-translating expressome.
著者: Francis J O'Reilly / Liang Xue / Andrea Graziadei / Ludwig Sinn / Swantje Lenz / Dimitry Tegunov / Cedric Blötz / Neil Singh / Wim J H Hagen / Patrick Cramer / Jörg Stülke / Julia Mahamid / Juri Rappsilber /
要旨: Structural biology studies performed inside cells can capture molecular machines in action within their native context. In this work, we developed an integrative in-cell structural approach using the ...Structural biology studies performed inside cells can capture molecular machines in action within their native context. In this work, we developed an integrative in-cell structural approach using the genome-reduced human pathogen We combined whole-cell cross-linking mass spectrometry, cellular cryo-electron tomography, and integrative modeling to determine an in-cell architecture of a transcribing and translating expressome at subnanometer resolution. The expressome comprises RNA polymerase (RNAP), the ribosome, and the transcription elongation factors NusG and NusA. We pinpointed NusA at the interface between a NusG-bound elongating RNAP and the ribosome and propose that it can mediate transcription-translation coupling. Translation inhibition dissociated the expressome, whereas transcription inhibition stalled and rearranged it. Thus, the active expressome architecture requires both translation and transcription elongation within the cell.
履歴
登録2020年2月20日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年8月5日-
マップ公開2020年8月5日-
更新2021年4月14日-
現状2021年4月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.6
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10685.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10685.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈RNA polymerase body of PUM-induced stalled expressome, multibody refinement
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3 Å/pix.
x 200 pix.
= 600. Å		3 Å/pix.
x 200 pix.
= 600. Å		3 Å/pix.
x 200 pix.
= 600. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.6 / ムービー #1: 0.6
最小 - 最大-1.0929404 - 2.0502367
平均 (標準偏差)0.0014752932 (±0.0403494)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 600.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z333
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z600.000600.000600.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-1.0932.0500.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10685_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: RNA polymerase body of PUM-induced stalled expressome, multibody...

ファイルemd_10685_half_map_1.map
注釈RNA polymerase body of PUM-induced stalled expressome, multibody refinement, half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: RNA polymerase body of PUM-induced stalled expressome, multibody...

ファイルemd_10685_half_map_2.map
注釈RNA polymerase body of PUM-induced stalled expressome, multibody refinement, half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 ...

全体名称: wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 mg/ml pseudouridimycin (PUM), 15-20 minutes prior to blotting and vitrification.
要素
  • 細胞: wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 mg/ml pseudouridimycin (PUM), 15-20 minutes prior to blotting and vitrification.

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超分子 #1: wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 ...

超分子名称: wild-type Mycoplasma pneumoniae M129 cells were treated with 0.4 mg/ml pseudouridimycin (PUM), 15-20 minutes prior to blotting and vitrification.
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Mycoplasma pneumoniae M129 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
詳細: modified Hayflick medium as described in Halbedel, Hames, and Stulke 2004, with 0.4 mg/ml pseudouridimycin (PUM)
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 45 % / 装置: HOMEMADE PLUNGER

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 2.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 4.5 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 1.5 µm / 倍率（補正後）: 81000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7) / 使用したサブトモグラム数: 8920
抽出トモグラム数: 83 / 使用した粒子像数: 14679 / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.6)
CTF補正ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.6)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.7)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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