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- PDB-6h25: Human nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6h25
タイトルHuman nuclear RNA exosome EXO-10-MPP6 complex
要素
  • (Exosome complex component ...) x 9
  • Exosome complex exonuclease RRP44
  • M-phase phosphoprotein 6
  • U44 ssRNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN / nuclear exosome / RNA decay / cryoEM / hEXO-10 / hDIS3 / hMPP6
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / exosome (RNase complex) / CUT catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) ...DNA deamination / nucleolar exosome (RNase complex) / nuclear mRNA surveillance of mRNA 3'-end processing / U1 snRNA 3'-end processing / U5 snRNA 3'-end processing / TRAMP-dependent tRNA surveillance pathway / exosome (RNase complex) / CUT catabolic process / U4 snRNA 3'-end processing / cytoplasmic exosome (RNase complex) / mRNA decay by 3' to 5' exoribonuclease / nuclear polyadenylation-dependent rRNA catabolic process / poly(A)-dependent snoRNA 3'-end processing / nuclear exosome (RNase complex) / exonucleolytic trimming to generate mature 3'-end of 5.8S rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / Tristetraprolin (TTP, ZFP36) binds and destabilizes mRNA / ATF4 activates genes in response to endoplasmic reticulum stress / histone mRNA catabolic process / Butyrate Response Factor 1 (BRF1) binds and destabilizes mRNA / positive regulation of isotype switching / nuclear mRNA surveillance / rRNA catabolic process / 7S RNA binding / isotype switching / mRNA 3'-UTR AU-rich region binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / KSRP (KHSRP) binds and destabilizes mRNA / maturation of 5.8S rRNA / nuclear chromosome / mRNA catabolic process / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / RNA processing / guanyl-nucleotide exchange factor activity / euchromatin / fibrillar center / rRNA processing / chromosome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-RNA exonuclease activity / positive regulation of cell growth / endonuclease activity / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / immune response / intracellular membrane-bounded organelle / nucleolus / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component Rrp43 / M-phase phosphoprotein 6 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain ...M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component Rrp43 / M-phase phosphoprotein 6 / : / Mammalian exosome complex component RRP40, N-terminal / Exosome complex exonuclease RRP44, S1 domain / S1 domain / PIN domain / Exosome complex component RRP45 / Rrp40, S1 domain / : / Exosome complex component RRP40, S1 domain / Exosome complex component CSL4, C-terminal / Exosome complex component, N-terminal domain / Exosome complex component Csl4 / Exosome component EXOSC1/CSL4 / Exosome complex exonuclease RRP4 N-terminal region / RRP4, S1 domain / Rrp44-like cold shock domain / Rrp44-like cold shock domain / : / KH domain / Exosome complex RNA-binding protein 1/RRP40/RRP4 / Dis3-like cold-shock domain 2 / Dis3-like cold-shock domain 2 (CSD2) / GHMP Kinase, N-terminal domain / : / Ribonuclease II/R, conserved site / Ribonuclease II family signature. / : / Ribonuclease II/R / RNB domain / RNB / : / 5'-nuclease / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 2 / 3' exoribonuclease family, domain 2 / Exoribonuclease, phosphorolytic domain 1 / PNPase/RNase PH domain superfamily / Exoribonuclease, PH domain 2 superfamily / 3' exoribonuclease family, domain 1 / Large family of predicted nucleotide-binding domains / PIN domain / K Homology domain, type 1 / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / K Homology domain, type 1 superfamily / PIN-like domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S1-like RNA-binding domain / S1 domain / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP43 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 ...RNA / RNA (> 10) / Exosome complex component RRP45 / Exosome complex component RRP4 / Exosome complex component RRP42 / Exosome complex component MTR3 / Exosome complex component RRP43 / M-phase phosphoprotein 6 / Exosome complex component RRP41 / Exosome complex component RRP46 / Exosome complex component RRP40 / Exosome complex exonuclease RRP44 / Exosome complex component CSL4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Gerlach, P. / Schuller, J.M. / Falk, S. / Basquin, J. / Conti, E.
資金援助5件
組織認可番号国
European Molecular Biology OrganizationALTF 1008-2015
European CommissionERC-2016-ADG 740329 EXORICO
German Research FoundationSFB646, SFB1035, GRK1721
Louis-Jeantet Foundation
Max Planck Society
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: Distinct and evolutionary conserved structural features of the human nuclear exosome complex.
著者: Piotr Gerlach / Jan M Schuller / Fabien Bonneau / Jérôme Basquin / Peter Reichelt / Sebastian Falk / Elena Conti /
要旨: The nuclear RNA exosome complex mediates the processing of structured RNAs and the decay of aberrant non-coding RNAs, an important function particularly in human cells. Most mechanistic studies to ...The nuclear RNA exosome complex mediates the processing of structured RNAs and the decay of aberrant non-coding RNAs, an important function particularly in human cells. Most mechanistic studies to date have focused on the yeast system. Here, we reconstituted and studied the properties of a recombinant 14-subunit human nuclear exosome complex. In biochemical assays, the human exosome embeds a longer RNA channel than its yeast counterpart. The 3.8 Å resolution cryo-EM structure of the core complex bound to a single-stranded RNA reveals that the RNA channel path is formed by two distinct features of the hDIS3 exoribonuclease: an open conformation and a domain organization more similar to bacterial RNase II than to yeast Rrp44. The cryo-EM structure of the holo-complex shows how obligate nuclear cofactors position the hMTR4 helicase at the entrance of the core complex, suggesting a striking structural conservation from lower to higher eukaryotes.
履歴
登録2018年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年8月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月20日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: em_admin / pdbx_data_processing_status ...em_admin / pdbx_data_processing_status / pdbx_database_proc / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _em_admin.last_update
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-0128
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exosome complex component RRP45
B: Exosome complex component RRP41
C: Exosome complex component RRP43
D: Exosome complex component RRP46
E: Exosome complex component RRP42
F: Exosome complex component MTR3
G: Exosome complex component RRP40
H: Exosome complex component RRP4
I: Exosome complex component CSL4
J: Exosome complex exonuclease RRP44
K: M-phase phosphoprotein 6
R: U44 ssRNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)421,24912
ポリマ－421,24912
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
手法PISA

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要素

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Exosome complex component ... , 9種, 9分子 ABCDEFGHI

#1: タンパク質 Exosome complex component RRP45 / Autoantigen PM/Scl 1 / Exosome component 9 / P75 polymyositis-scleroderma overlap syndrome- ...Autoantigen PM/Scl 1 / Exosome component 9 / P75 polymyositis-scleroderma overlap syndrome-associated autoantigen / Polymyositis/scleroderma autoantigen 1 / Polymyositis/scleroderma autoantigen 75 kDa / PM/Scl-75


分子量: 49370.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC9, PMSCL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06265
#2: タンパク質 Exosome complex component RRP41 / Exosome component 4 / Ribosomal RNA-processing protein 41 / p12A


分子量: 26773.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC4, RRP41, SKI6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NPD3
#3: タンパク質 Exosome complex component RRP43 / Exosome component 8 / Opa-interacting protein 2 / OIP-2 / Ribosomal RNA-processing protein 43 / p9


分子量: 30317.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC8, OIP2, RRP43 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96B26
#4: タンパク質 Exosome complex component RRP46 / Chronic myelogenous leukemia tumor antigen 28 / Exosome component 5 / Ribosomal RNA-processing ...Chronic myelogenous leukemia tumor antigen 28 / Exosome component 5 / Ribosomal RNA-processing protein 46 / p12B


分子量: 25524.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC5, CML28, RRP46 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQT4
#5: タンパク質 Exosome complex component RRP42 / Exosome component 7 / Ribosomal RNA-processing protein 42 / p8


分子量: 32216.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC7, KIAA0116, RRP42 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q15024
#6: タンパク質 Exosome complex component MTR3 / Exosome component 6 / mRNA transport regulator 3 homolog / hMtr3 / p11


分子量: 28623.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC6, MTR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5RKV6
#7: タンパク質 Exosome complex component RRP40 / Exosome component 3 / Ribosomal RNA-processing protein 40 / p10


分子量: 30906.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC3, RRP40, CGI-102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NQT5
#8: タンパク質 Exosome complex component RRP4 / Exosome component 2 / Ribosomal RNA-processing protein 4


分子量: 33190.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC2, RRP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q13868
#9: タンパク質 Exosome complex component CSL4 / Exosome component 1


分子量: 21835.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EXOSC1, CSL4, CGI-108 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y3B2

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タンパク質 , 2種, 2分子 JK

#10: タンパク質 Exosome complex exonuclease RRP44 / Protein DIS3 homolog / Ribosomal RNA-processing protein 44


分子量: 109522.227 Da / 分子数: 1 / Mutation: D146N, D487N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DIS3, KIAA1008, RRP44 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9Y2L1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; ...参照: UniProt: Q9Y2L1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#11: タンパク質 M-phase phosphoprotein 6


分子量: 19542.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MPHOSPH6, MPP6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99547

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RNA鎖 , 1種, 1分子 R

#12: RNA鎖 U44 ssRNA


分子量: 13426.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Human nuclear RNA exosome EXO-14 complexCOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2exosome complexCOMPLEX#1-#111RECOMBINANT
3U44 ssRNACOMPLEX#121RECOMBINANT
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Escherichia coli (大腸菌)562
33synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMHepes1
2150 mMNaCl1
32 mMDTT1
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 47 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 8047

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2SerialEM画像取得
4GctfCTF補正
12RELION2.1分類
13RELION2.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2396236
3次元再構成解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 110958 / 対称性のタイプ: POINT
精密化最高解像度: 3.8 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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