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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10675 | |||||||||
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タイトル | 1.9 A reconstruction of mouse heavy chain apoferritin | |||||||||
マップデータ | sharpened masked map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / iron ion sequestering activity / autolysosome / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen ...Iron uptake and transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / negative regulation of ferroptosis / iron ion sequestering activity / autolysosome / ferroxidase / intracellular sequestering of iron ion / ferroxidase activity / negative regulation of fibroblast proliferation / endocytic vesicle lumen / Neutrophil degranulation / ferric iron binding / ferrous iron binding / iron ion transport / iron ion binding / immune response / negative regulation of cell population proliferation / mitochondrion / extracellular region / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.86 Å | |||||||||
データ登録者 | Fislage M / Shkumatov A / Stroobants A / Efremov R | |||||||||
資金援助 | ベルギー, 2件
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引用 | ジャーナル: IUCrJ / 年: 2020 タイトル: Assessing the JEOL CRYO ARM 300 for high-throughput automated single-particle cryo-EM in a multiuser environment. 著者: Marcus Fislage / Alexander V Shkumatov / Annelore Stroobants / Rouslan G Efremov / 要旨: Single-particle cryo-EM has become an indispensable structural biology method. It requires regular access to high-resolution electron cryogenic microscopes. To fully utilize the capacity of the ...Single-particle cryo-EM has become an indispensable structural biology method. It requires regular access to high-resolution electron cryogenic microscopes. To fully utilize the capacity of the expensive high-resolution instruments, the time used for data acquisition and the rate of data collection have to be maximized. This in turn requires high stability and high uptime of the instrument. One of the first 300 kV JEOL CRYO ARM 300 microscopes has been installed at the cryo-EM facility BECM at VIB-VUB, Brussels, where the microscope is used for continuous data collection on multiple projects. Here, the suitability and performance of the microscope is assessed for high-throughput single-particle data collection. In particular, the properties of the illumination system, the stage stability and ice contamination rates are reported. The microscope was benchmarked using mouse heavy-chain apoferritin which was reconstructed to a resolution of 1.9 Å. Finally, uptime and throughput statistics of the instrument accumulated during the first six months of the facility operation in user access mode are reported. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10675.map.gz | 22.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10675-v30.xml emd-10675.xml | 16.7 KB 16.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10675_fsc.xml | 12 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10675.png | 269.4 KB | ||
マスクデータ | emd_10675_msk_1.map | 149.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10675_half_map_1.map.gz emd_10675_half_map_2.map.gz | 113.3 MB 113.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10675 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10675 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10675_validation.pdf.gz | 399.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10675_full_validation.pdf.gz | 398.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10675_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10675 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10675 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10408 (タイトル: Single particle cryo-EM dataset of mouse heavy chain apoferritin collected on cryoARM300 Data size: 486.7 Data #1: raw uncorrected multiframe micrographs of mouse heavy chain apoferritin [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10675.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened masked map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.603 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10675_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unfiltered half map 1
ファイル | emd_10675_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: unfiltered half map 2
ファイル | emd_10675_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : mouse heavy chain apoferritin
全体 | 名称: mouse heavy chain apoferritin |
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要素 |
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-超分子 #1: mouse heavy chain apoferritin
超分子 | 名称: mouse heavy chain apoferritin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Wilde type, octamer |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 506 KDa |
-分子 #1: mouse heavy chain apoferritin
分子 | 名称: mouse heavy chain apoferritin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ferroxidase |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTTASPSQVR QNYHQDAEAA INRQINLELY ASYVYLSMSC YFDRDDVALK NFAKYFLHQS HEEREHAEK LMKLQNQRGG RIFLQDIKKP DRDDWESGLN AMECALHLEK SVNQSLLELH K LATDKNDP HLCDFIETYY LSEQVKSIKE LGDHVTNLRK MGAPEAGMAE YLFDKHTLGH GD ES |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM Hepes pH 7.5, 300 mM NaCl |
グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 98 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: 4 seconds blotting. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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アライメント法 | Coma free - Residual tilt: 0.3 mrad |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 48.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.55 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient |