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万見
- EMDB-10556: Cryo-EM map of human dihydrolipoamide succinyltransferase catalyt... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10556
タイトルCryo-EM map of human dihydrolipoamide succinyltransferase catalytic domain (DLST)
マップデータHuman dihydrolipoamide succinyltransferase (E2) component of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
試料
  • 複合体: human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST)
    • タンパク質・ペプチド: human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST)
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.0 Å
データ登録者Bailey HJ / Bezerra GA / Foster W / Diaz Saez L / Yue WW
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM map of human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST)
著者: Bailey HJ / Bezerra GA / Foster W / Diaz Saez L / Yue WW
履歴
登録2019年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2020年2月19日-
現状2020年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10556.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10556.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 155.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human dihydrolipoamide succinyltransferase (E2) component of the 2-oxoglutarate dehydrogenase complex
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.96 Å/pix.
x 344 pix.
= 330.24 Å		0.96 Å/pix.
x 344 pix.
= 330.24 Å		0.96 Å/pix.
x 344 pix.
= 330.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.96 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.080750145 - 0.12508327
平均 (標準偏差)0.00045908339 (±0.0053014723)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ344344344
Spacing344344344
セルA=B=C: 330.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.960.960.96
M x/y/z344344344
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z330.240330.240330.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS344344344
D min/max/mean-0.0810.1250.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST)

全体名称: human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST)
要素
  • 複合体: human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST)
    • タンパク質・ペプチド: human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST)

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超分子 #1: human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST)

超分子名称: human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
分子量理論値: 1.059 MDa

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分子 #1: human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST)

分子名称: human dihydrolipoamide succinyltransferase (DLST) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGHHHHHHSS GVDLGTENLY FQSMDDLVTV KTPAFAESVT EGDVRWEKAV GDTVAEDEVV CEIETDKTSV QVPSPANGVI EALLVPDGGK VEGGTPLFTL RKTGAAPAKA KPAEAPAAAA PKAEPTAAAV PPPAAPIPTQ MPPVPSPSQP PSGKPVSAVK PTVAPPLAEP ...文字列:
MGHHHHHHSS GVDLGTENLY FQSMDDLVTV KTPAFAESVT EGDVRWEKAV GDTVAEDEVV CEIETDKTSV QVPSPANGVI EALLVPDGGK VEGGTPLFTL RKTGAAPAKA KPAEAPAAAA PKAEPTAAAV PPPAAPIPTQ MPPVPSPSQP PSGKPVSAVK PTVAPPLAEP GAGKGLRSEH REKMNRMRQR IAQRLKEAQN TCAMLTTFNE IDMSNIQEMR ARHKEAFLKK HNLKLGFMSA FVKASAFALQ EQPVVNAVID DTTKEVVYRD YIDISVAVAT PRGLVVPVIR NVEAMNFADI ERTITELGEK ARKNELAIED MDGGTFTISN GGVFGSLFGT PIINPPQSAI LGMHGIFDRP VAIGGKVEVR PMMYVALTYD HRLIDGREAV TFLRKIKAAV EDPRVLLLDL

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHepes
150.0 mMNaCl
0.5 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: OTHER / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 619 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 32.52 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 倍率（公称値）: 150000

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画像解析

粒子像選択選択した数: 165739
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 33072
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 33072 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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