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- EMDB-10468: Cryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase,... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10468
タイトルCryo-EM structure of Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase, membrane region
マップデータ
試料
  • 複合体: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer
    • タンパク質・ペプチド: x 19種
  • リガンド: x 4種
生物種Euglena gracilis (ミドリムシ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Muhleip A / Amunts A
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Structure of a mitochondrial ATP synthase with bound native cardiolipin.
著者: Alexander Mühleip / Sarah E McComas / Alexey Amunts /
要旨: The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum ...The mitochondrial ATP synthase fuels eukaryotic cells with chemical energy. Here we report the cryo-EM structure of a divergent ATP synthase dimer from mitochondria of , a member of the phylum Euglenozoa that also includes human parasites. It features 29 different subunits, 8 of which are newly identified. The membrane region was determined to 2.8 Å resolution, enabling the identification of 37 associated lipids, including 25 cardiolipins, which provides insight into protein-lipid interactions and their functional roles. The rotor-stator interface comprises four membrane-embedded horizontal helices, including a distinct subunit . The dimer interface is formed entirely by phylum-specific components, and a peripherally associated subcomplex contributes to the membrane curvature. The central and peripheral stalks directly interact with each other. Last, the ATPase inhibitory factor 1 (IF) binds in a mode that is different from human, but conserved in Trypanosomatids.
履歴
登録2019年11月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月27日-
マップ公開2019年11月27日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6tdv
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10468.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10468.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.060570776 - 0.13339347
平均 (標準偏差)0.00020352937 (±0.0033610577)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 461.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.051.051.05
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z462.000462.000462.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-420-29
NX/NY/NZ887886
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0610.1330.000

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10468_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_10468_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer

全体名称: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer
要素
  • 複合体: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB1
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB3
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB6
    • タンパク質・ペプチド: ATPTB12
    • タンパク質・ペプチド: subunit a
    • タンパク質・ペプチド: subunit b
    • タンパク質・ペプチド: subunit d
    • タンパク質・ペプチド: subunit f
    • タンパク質・ペプチド: subunit i/j
    • タンパク質・ペプチド: subunit k
    • タンパク質・ペプチド: subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG1
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG2
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG3
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG4
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG5
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG6
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG7
    • タンパク質・ペプチド: ATPEG8
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: FRAGMENT OF TRITON X-100

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超分子 #1: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer

超分子名称: Euglena gracilis mitochondrial ATP synthase dimer / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#19
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 2 MDa

+
分子 #1: ATPTB1

分子名称: ATPTB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 56.026699 KDa
配列文字列: MTAVVKNLAK LPAATSQILT NVSKLQTFHG LLEERRDKYA PLAYHTYDNL KQKTTWHPIA HAWVDEGLPV SKKEYNEYCW LKKDMQRLL PLASPFVFGI YGILPLAVWL SNDGYLPSAF SSKKDIVSKK LEWYSSYGDD LRQQVGPMLQ HRLKRHLRGT L NNEHRLML ...文字列:
MTAVVKNLAK LPAATSQILT NVSKLQTFHG LLEERRDKYA PLAYHTYDNL KQKTTWHPIA HAWVDEGLPV SKKEYNEYCW LKKDMQRLL PLASPFVFGI YGILPLAVWL SNDGYLPSAF SSKKDIVSKK LEWYSSYGDD LRQQVGPMLQ HRLKRHLRGT L NNEHRLML DEVTESYKEI FYSHYTGQLR DVRKCAHLRL YDGTSTVLLL TNKEPVELTS ELLQKWNAIK AAKLSPEEEK KA RNEALIE AYKEQELHGG PHVKHMQGYG IPADTPLLGE NAKGDQYTQP PESASIPLEQ LEWTGDTVFI PAEYRTEMED WGR ELTKLA NQFLLLPWRF VSNAWNQRRL VSWFEEILQE DALIAKEGGV QALSDDELKV ALLDRAVIRC DEELTRGDME ARYK EISWL MSLRNPFIVL AWQTGYYRST YSPEDDLPEA SILPKLNRTV LDVDVHNELA PDHPEKPLPR VHPALYPNSH LALAK EVAV LAK

+
分子 #2: ATPTB3

分子名称: ATPTB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 35.175836 KDa
配列文字列: MAAKTIPFVA STALGERLFA GVQKVLAAAK APVSLVQTDA KFAPADAKYL LAEPLSAAAT GELANKYGLS SKVTSGAASQ FYPNSIYPS LNVEVVQNLY ALSNPAFSSL SATTTKAVTV KDESAIKLAE LQKETERNIS SFFRDEANKS VQATLRLACD K AIKTKADK ...文字列:
MAAKTIPFVA STALGERLFA GVQKVLAAAK APVSLVQTDA KFAPADAKYL LAEPLSAAAT GELANKYGLS SKVTSGAASQ FYPNSIYPS LNVEVVQNLY ALSNPAFSSL SATTTKAVTV KDESAIKLAE LQKETERNIS SFFRDEANKS VQATLRLACD K AIKTKADK KTVMVVTKPH GDAFDDLLAQ VTKSESDGRA DELRNSSVSV EPTLVGNAWP KLVMFPEGVN VVVCGPNASG DQ VAQLFVG IAGGTGMVAQ QLVGDAVVFT SANAEDNENP TGALLAASNL LTALGHEAEA KKIAAAVAKA YTTDRILPKE LPG GKADLE AFIDAVAKHA SA

+
分子 #3: ATPTB6

分子名称: ATPTB6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 21.737113 KDa
配列文字列:
MTHAELHLFD LDEFMQTYKR LQTRQDWLIE NKCKKSRLFS YVAAVIAFTV GKSATMSDEA ILAKIDPYVT SEVRVQRGAW WRSGYFTKE EVEMMTPKGP IARYYKFLLG VRRFPLKHGA LSWACGFVPA WLTFTSLNHW AQNRRLNRYL TQESVFGEMA R ELVRGKTA DEATTSVMAR VEKEILGVH

+
分子 #4: ATPTB12

分子名称: ATPTB12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 11.432078 KDa
配列文字列:
MSSYTGAALA PKSERLRLAF EEKQKDHQKC IEEAKGKGLK KDELIDACAW THRKTILALK DWFAYRPPFQ DRRSKWAEYC SIRHDSGSW LGWSQKFF

+
分子 #5: subunit a

分子名称: subunit a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 32.666373 KDa
配列文字列: MLNSNIYIII YGGIIMYSIM IIIQMFLYNF SNKIYIEVEI NKYILSKNNI DIYWIICNCT IIIIITTLNH IINKIGIYNM IEYNICYWL IGTGLGLYIS PFIVFGYKFF VYIMDLNNYS LNIYHNNNKM NDIQQIYNGT NYNDTMIFFI KDINNIFTIY R SINFFMNW ...文字列:
MLNSNIYIII YGGIIMYSIM IIIQMFLYNF SNKIYIEVEI NKYILSKNNI DIYWIICNCT IIIIITTLNH IINKIGIYNM IEYNICYWL IGTGLGLYIS PFIVFGYKFF VYIMDLNNYS LNIYHNNNKM NDIQQIYNGT NYNDTMIFFI KDINNIFTIY R SINFFMNW LYQMIYYGVR MWLVFVLHSF SLGSFGELIT VITDNNLIFN VFYIGLLGLG FILYLIVIFY LGIQIYVYIS FS LSFLHST ILLFLVNYIP HYNNKSIFNT FTNKSIY

+
分子 #6: subunit b

分子名称: subunit b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 12.673109 KDa
配列文字列:
MPSTSPADKD VPMSILHTHG LSYVNWCMSL APGLLVFEGF FRARYYRSRV PPSRTVLMNG LKMRMFSLAR QQAPKIVHKP VLSPIPEHL RLVKNVAQVQ IDMLKLLNAQ AAK

+
分子 #7: subunit d

分子名称: subunit d / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 53.928289 KDa
配列文字列: MMRRACRIIR PSHVRGVSGV APTIYLRSKA ALPATSTTDV RPQLYALQRF AKAQLKTATE AERAAIEADI ARYQEYLDSD LEKLKQDVA EDTAKKQKLI PLLDRYPDVP IEKIPEHANV LLKKIDACLE ILSKDIGEVT DAEAHEMYFE TSKFQILHIY T GCVASFPE ...文字列:
MMRRACRIIR PSHVRGVSGV APTIYLRSKA ALPATSTTDV RPQLYALQRF AKAQLKTATE AERAAIEADI ARYQEYLDSD LEKLKQDVA EDTAKKQKLI PLLDRYPDVP IEKIPEHANV LLKKIDACLE ILSKDIGEVT DAEAHEMYFE TSKFQILHIY T GCVASFPE GDVPPGAVEC LPGQVIRTKV NGEDVMLEID EVDPGYQVCW FKPDVPLPEN AEILWSYPYE PTAALPTGTT WE EGQANVL IPAEPTPEAA VWPPTPVTNV YAPMAEKLAL KSNPELKVLF KEALLQPAKL LPLDVDYQCS HDREVVEAKR DRY LTALVE AEQAPPLPFT PDVLQLQLEH NVLKGELIDR LRALEYTIVT EQLQARLHER RLRGDVIDEW EELDYHPLVR DDTY LAIDF GDPTFGRYIW KLFPHTDGDE ECMFKDTRLD VLPPQVNPLN AILAQHTAQT PVHRSLEKRL WTEVRATAVS E

+
分子 #8: subunit f

分子名称: subunit f / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 11.193877 KDa
配列文字列:
MAPLYPVLSQ ASLYKRHFFK NIKLFHVVFY VGAPCVTFGT AAWSGSNRNS REAIFMVIEE RHGWDNFKKL SSHQQGVIMQ EAAQESLLA RNKGELHLP

+
分子 #9: subunit i/j

分子名称: subunit i/j / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 12.529404 KDa
配列文字列:
MVYTNWQSSY TRLFVSKPWM WHPLAWMTLS VGIWWKFGKE SLCNERSFYI HTHPKWAPHK FHTVYNWSRD PIKWTLAEQY ASIIRNTNT DIEAVLKIKL PANAN

+
分子 #10: subunit k

分子名称: subunit k / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 12.739871 KDa
配列文字列:
MAFGRTRPTL SSPLVPVWND LRALQVFTSQ EYMQKRGPGF TNTLEYKLSC LNPVKWYDMM KVMPGGKAFV GTALGLALFG GWGVEFVKN ISVMTKEKPP IDWNNEKLGH LTRS

+
分子 #11: subunit 8

分子名称: subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 7.011208 KDa
配列文字列:
LIPVSLVDLI NINIIFYILL LYTLLLFFIP LFLASINYTY HYIYKYYNYN YNFINNN

+
分子 #12: ATPEG1

分子名称: ATPEG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 19.738803 KDa
配列文字列:
MSLAKVWMYA SWIPRGIPKA MANELSSAAA ALAHPEAIAR VAQLESQGKN PYRVARAEFW QMYLACWPYR FRNTVVEWET CKAKVLKGS VDLQDIVDLL YLLAWAYLFW ILGEIYGRGS LYGYRFDGEI HRQEAQNVIL YKEKEAQEMA VVMEKLEKEI Q EWLKTMEQ E

+
分子 #13: ATPEG2

分子名称: ATPEG2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 16.210519 KDa
配列文字列:
MPLPNAVVQG YTSVRGPKRP LDHFYGRTPL NIDTLWHWVK FPHRYDNLRF AVCFWAFLVS AHFANKKQRN LRVEWEKNME IQKKLHPSG LWSEEQAFAA AEKLGRPKAG HPMRVFEDGY QQFDLKPKLF DPDEEAHH

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分子 #14: ATPEG3

分子名称: ATPEG3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 13.807529 KDa
配列文字列:
MADHNKKDVG SWASPNEHLM FFDFSSWLLV DFGKRWERWV SFKKSFLTTT RSPYWSPQFF LLTFFQLRNS NVKLCENWNW APKGDDFNL LHNSAAEPFG RDLKAHLERE AGAKHHH

+
分子 #15: ATPEG4

分子名称: ATPEG4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 13.703778 KDa
配列文字列:
MGGDAHAAPA EKPDPALDAT KALPKALEEV EFFQSYAVRR KTGFHLFNRA TGSPTIVGPM FYNLYNFVRI GRVSKYVCWL SLPLVFQRM WMKNRATGME YDIDLENYAP FEAKKNPMHG H

+
分子 #16: ATPEG5

分子名称: ATPEG5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 10.825277 KDa
配列文字列:
MSLPTFFLAP PLTEPFRARH RRKCIEKKDT FFQCLDKNKN ETEPCEVEAS GYSQECPDSW RRYFNEQRWK ALELKGEVKH ANLKNTQQH F

+
分子 #17: ATPEG6

分子名称: ATPEG6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 9.236822 KDa
配列文字列:
MFGVTRKLLG ELSEYVEVNE KGMPKPQALS LWNMPYAKRR ALTKFARGVR WQFIVLFIAL YNFKNRDDSH LLRRGAYN

+
分子 #18: ATPEG7

分子名称: ATPEG7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 8.861477 KDa
配列文字列:
MMRISRKLLV PVANFRPKKP WDGPWGIQIS QKKDRPFIAM WILFPLLLVD HLTREYYAYW HSSKVPVTDV FGDF

+
分子 #19: ATPEG8

分子名称: ATPEG8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Euglena gracilis (ミドリムシ)
分子量理論値: 7.441788 KDa
配列文字列:
MGGKASEAVT IAFRFPHRTT FLVKQNVGQK LNKGHQTFWQ LVAGGWLFFL LINRTSFKPK LAAPKV

+
分子 #20: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 20 / コピー数: 25 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #21: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 21 / コピー数: 8 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

+
分子 #22: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE

分子名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
タイプ: ligand / ID: 22 / コピー数: 12 / 式: LPP
分子量理論値: 648.891 Da
Chemical component information

ChemComp-LPP:
2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / ジパルミトイルホスファチジン酸 / リン脂質*YM

+
分子 #23: FRAGMENT OF TRITON X-100

分子名称: FRAGMENT OF TRITON X-100 / タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 16 / 式: TRT
分子量理論値: 352.508 Da
Chemical component information

ChemComp-TRT:
FRAGMENT OF TRITON X-100 / 可溶化剤*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3 seconds blot.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 実像数: 9045 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 36.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 555269
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3559

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 150242
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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