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- EMDB-10464: Structure of Drosophila melanogaster Dispatched bound to a modifi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10464
タイトルStructure of Drosophila melanogaster Dispatched bound to a modified Hedgehog ligand, HhN-C85II
マップデータDrosophila melanogaster Dispatched bound to modified Hedgehog ligand HhN-C85II
試料
  • 複合体: A complex of Dispatched and HhN-C85II in digitonin micelle
    • 複合体: Drosophila melanogaster protein Dispatched
      • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched
    • 複合体: Drosophila melanogaster Hedgehog, HhN-C85II
      • タンパク質・ペプチド: Protein hedgehog
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードRND transporter / Dispatched / Hedgehog / transmembrane domain / ectodomain / cholesteryl hemisuccinate / detergent micelle / digitonin / monomer / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


progression of morphogenetic furrow involved in compound eye morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / terminal cell fate specification, open tracheal system / cytoneme assembly / germ cell attraction / wing disc proximal/distal pattern formation / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Bolwig's organ morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell ...progression of morphogenetic furrow involved in compound eye morphogenesis / negative regulation of homotypic cell-cell adhesion / terminal cell fate specification, open tracheal system / cytoneme assembly / germ cell attraction / wing disc proximal/distal pattern formation / labial disc development / regulation of cell proliferation involved in compound eye morphogenesis / Bolwig's organ morphogenesis / Release of Hh-Np from the secreting cell / Ligand-receptor interactions / leg disc morphogenesis / Formation and transport of the N-HH ligand / cytoneme / regulation of epithelial cell migration, open tracheal system / morphogenesis of larval imaginal disc epithelium / Assembly of the 'signalling complexes' / gonadal mesoderm development / cell-cell signaling involved in cell fate commitment / wing disc pattern formation / compound eye photoreceptor cell differentiation / Hedgehog ligand biogenesis / analia development / anterior head segmentation / patched ligand maturation / posterior head segmentation / imaginal disc growth / anterior/posterior lineage restriction, imaginal disc / epithelial cell migration, open tracheal system / trunk segmentation / heart formation / genital disc development / genital disc anterior/posterior pattern formation / compound eye morphogenesis / spiracle morphogenesis, open tracheal system / wing disc anterior/posterior pattern formation / morphogen activity / mucosal immune response / hindgut morphogenesis / segment polarity determination / ventral midline development / cholesterol-protein transferase activity / foregut morphogenesis / imaginal disc-derived wing morphogenesis / compartment pattern specification / developmental pigmentation / glial cell migration / patched binding / embryonic pattern specification / germ cell migration / self proteolysis / intein-mediated protein splicing / positive regulation of protein localization to cell surface / cell fate specification / smoothened signaling pathway / positive regulation of neuroblast proliferation / transmembrane transporter activity / protein autoprocessing / endocytic vesicle / epidermis development / regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of proteolysis / heart development / peptidase activity / regulation of gene expression / cytoplasmic vesicle / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / endosome / calcium ion binding / extracellular space / extracellular region / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Protein patched/dispatched / Patched family ...: / Hedgehog, N-terminal signalling domain / Hedgehog protein / Hedgehog protein, Hint domain / : / Hint module / Hedgehog amino-terminal signalling domain / Hedgehog signalling/DD-peptidase zinc-binding domain superfamily / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain / Hint domain C-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain C-terminal region / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein hedgehog / Protein dispatched
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.76 Å
データ登録者Korkhov VM / Cannac F
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation150665 & 176992 スイス
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of the Hedgehog release protein Dispatched.
著者: Fabien Cannac / Chao Qi / Julia Falschlunger / George Hausmann / Konrad Basler / Volodymyr M Korkhov /
要旨: The Hedgehog (Hh) signaling pathway controls embryonic development and adult tissue homeostasis in multicellular organisms. In , the pathway is primed by secretion of a dually lipid-modified ...The Hedgehog (Hh) signaling pathway controls embryonic development and adult tissue homeostasis in multicellular organisms. In , the pathway is primed by secretion of a dually lipid-modified morphogen, Hh, a process dependent on a membrane-integral protein Dispatched. Although Dispatched is a critical component of the pathway, the structural basis of its activity has, so far, not been described. Here, we describe a cryo-electron microscopy structure of the Dispatched at 3.2-Å resolution. The ectodomains of Dispatched adopt an open conformation suggestive of a receptor-chaperone role. A three-dimensional reconstruction of Dispatched bound to Hh confirms the ability of Dispatched to bind Hh but using a unique mode distinct from those previously observed in structures of Hh complexes. The structure may represent the state of the complex that precedes shedding of Hh from the surface of the morphogen-releasing cell.
履歴
登録2019年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月3日-
マップ公開2020年6月3日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 2.3
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  • 原子モデル: PDB-6td6
  • 表面レベル: 2.3
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6td6
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10464.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10464.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 107.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Drosophila melanogaster Dispatched bound to modified Hedgehog ligand HhN-C85II
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.88 Å/pix.
x 304 pix.
= 267.52 Å		0.88 Å/pix.
x 304 pix.
= 267.52 Å		0.88 Å/pix.
x 304 pix.
= 267.52 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.88 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.3 / ムービー #1: 2.3
最小 - 最大-6.2886877 - 10.486273000000001
平均 (標準偏差)-0.014106185 (±0.47297862)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ304304304
Spacing304304304
セルA=B=C: 267.52 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.880.880.88
M x/y/z304304304
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z267.520267.520267.520
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS304304304
D min/max/mean-6.28910.486-0.014

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : A complex of Dispatched and HhN-C85II in digitonin micelle

全体名称: A complex of Dispatched and HhN-C85II in digitonin micelle
要素
  • 複合体: A complex of Dispatched and HhN-C85II in digitonin micelle
    • 複合体: Drosophila melanogaster protein Dispatched
      • タンパク質・ペプチド: Protein dispatched
    • 複合体: Drosophila melanogaster Hedgehog, HhN-C85II
      • タンパク質・ペプチド: Protein hedgehog
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: A complex of Dispatched and HhN-C85II in digitonin micelle

超分子名称: A complex of Dispatched and HhN-C85II in digitonin micelle
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2

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超分子 #2: Drosophila melanogaster protein Dispatched

超分子名称: Drosophila melanogaster protein Dispatched / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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超分子 #3: Drosophila melanogaster Hedgehog, HhN-C85II

超分子名称: Drosophila melanogaster Hedgehog, HhN-C85II / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)

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分子 #1: Protein dispatched

分子名称: Protein dispatched / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 139.149875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLCFDSERMN WYYHVLARRP YLVVVSIAVY CVACIIVALV LNKLPDFSDP TLGFETRGTK IGERLTAWYN LLQETDHHGA LFSNPSDLW ERRRVEQGYV ETKLHPNHRR RKNKHKNRNK NKRRKEQNQS SHEHHDVAQK MMQFKKRLKA TSSPSPNLGF D TWIGDSGV ...文字列:
MLCFDSERMN WYYHVLARRP YLVVVSIAVY CVACIIVALV LNKLPDFSDP TLGFETRGTK IGERLTAWYN LLQETDHHGA LFSNPSDLW ERRRVEQGYV ETKLHPNHRR RKNKHKNRNK NKRRKEQNQS SHEHHDVAQK MMQFKKRLKA TSSPSPNLGF D TWIGDSGV FRDYEITNDS ASSSLEPTRR TEQIEYGHNT TSVDEEEHQQ RVQTKKSTWR LLKQAATLPT DGWADMHRRQ PI EGFFCDS SPRKEYSHFV VQRIGPNATD SLFDLNGLLA MCQLQDQITE VPSYRAFCEP EMLTTECCRP WSLPNYAAML ANK SSCFDL TTEDVTSLHT LLLGCYEYFH DLKMDNHCNE IPHCRAPEEC KRLNIVFNVL NFLTDFSFIK SNDSNVYLKY AMIF IPVAQ SNRLLPLFHE WEDVELINEL VEVVAMDLGL ENELFNELLL TDVWLVSLGG TFVMASVWLY TGSAFITLMS CVAIC FSLG LAYFFYAIVL EFEFFPYMNL LAVVVIIGIG ADDVFLFLKI WHCVLTERFS NRCTLTTQSQ SALPTLENSD HTESLE NIM ALTMRHAAAS MFVTSLTTAG AFYASYSSSI TAIKCFGIFA GTVVVTNYLL MITWLPASVS IMERLFATRM SCHHPMS IK LIHACKKSIN RFCQMFEECI TKSIMNYAYL WLLIFGALGA SSAVIVFWYP GLQLPEKSHF QLFVSKHPFE VYSSLKQQ F WFEKPLQAYY NFKMHMHFVW GVQAVDDGDY TNPNSYGHLH YDNNFNVSSR PAQLWILDFC QSVRQQPFYK ETLGMLLPN CFIENLIDYM KRRCIDDMDS TRKDRSPCCD AQFPFEPHIF EYCLPQSISN MYDTTFFRPG VAGPKFAEAP RLETEDYLGM SGNESAEYS TNGSFTPLLV KALVIEFESN VAYSTIYANI RQFYESVEHW FQMQLKTAPP ELQGGWFTSD LKFYNVQDTL S HDTFVAIC LAMAASLAVL LCFTVNILIS IYAVLTVSLS IFNTVAVLIL LGWQLNILES IAVSTAIGLA VDFSLHYGIH YR MSPVKER LAATQFVLSR IIGPTVMAAT TTGLAGGIMM ASNILPYIQI GVFLVVVMIV SWFYATFFLM SLLRVAGPQH GFL ELKWPL WSKRSSGSSK FYERKPSQVI ASEQLLTPTS SAIVELANSE THELESLNSN SLIKTISGIE SAHALSSLPR DFEH SFQTM HECKYQTYPS TSN

UniProtKB: Protein dispatched

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分子 #2: Protein hedgehog

分子名称: Protein hedgehog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: 6xHis-Sumo-tagged HhN-C85II, N terminal fragment of Hedgehog
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
分子量理論値: 52.217121 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MDNHSSVPWA SAASVTCLSL DAKCHSSSSS SSSKSAASSI SAIPQEETQT MRHIAHTQRC LSRLTSLVAL LLIVLPMVFS PAHSCGPGR GLGRHRARNL YPLVLKQTIP NLSEYTNSAS GPLEGVIRRD SPKFKDLVPN YNRDILFRDE EGTGADRLMS K RCKEKLNV ...文字列:
MDNHSSVPWA SAASVTCLSL DAKCHSSSSS SSSKSAASSI SAIPQEETQT MRHIAHTQRC LSRLTSLVAL LLIVLPMVFS PAHSCGPGR GLGRHRARNL YPLVLKQTIP NLSEYTNSAS GPLEGVIRRD SPKFKDLVPN YNRDILFRDE EGTGADRLMS K RCKEKLNV LAYSVMNEWP GIRLLVTESW DEDYHHGQES LHYEGRAVTI ATSDRDQSKY GMLARLAVEA GFDWVSYVSR RH IYCSVKS DSSISSHVHG CFTPESTALL ESGVRKPLGE LSIGDRVLSM TANGQAVYSE VILFMDRNLE QMQNFVQLHT DGG AVLTVT PAHLVSVWQP ESQKLTFVFA DRIEEKNQVL VRDVETGELR PQRVVKVGSV RSKGVVAPLT REGTIVVNSV AASC YAVIN SQSLAHWGLA PMRLLSTLEA WLPAKEQLHS SPKVVSSAQQ QNGIHWYANA LYKVKDYVLP QSWRHD

UniProtKB: Protein hedgehog

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分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 51.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cisTEM / 使用した粒子像数: 98623
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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