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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10442 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Capsid of native GTA particle computed with C5 symmetry | ||||||||||||||||||||||||
![]() | capsid of native GTA particle, C5 symmetrized | ||||||||||||||||||||||||
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![]() | "capsid" / "gene transfer agent" / "bacteriophage" / "HK97" / VIRUS | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | Phage capsid / Phage capsid family / : / : / Phage major capsid protein, HK97 family![]() | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å | ||||||||||||||||||||||||
![]() | Bardy P / Fuzik T | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure and mechanism of DNA delivery of a gene transfer agent. 著者: Pavol Bárdy / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Roman Pantůček / J Thomas Beatty / Pavel Plevka / ![]() ![]() 要旨: Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the ...Alphaproteobacteria, which are the most abundant microorganisms of temperate oceans, produce phage-like particles called gene transfer agents (GTAs) that mediate lateral gene exchange. However, the mechanism by which GTAs deliver DNA into cells is unknown. Here we present the structure of the GTA of Rhodobacter capsulatus (RcGTA) and describe the conformational changes required for its DNA ejection. The structure of RcGTA resembles that of a tailed phage, but it has an oblate head shortened in the direction of the tail axis, which limits its packaging capacity to less than 4,500 base pairs of linear double-stranded DNA. The tail channel of RcGTA contains a trimer of proteins that possess features of both tape measure proteins of long-tailed phages from the family Siphoviridae and tail needle proteins of short-tailed phages from the family Podoviridae. The opening of a constriction within the RcGTA baseplate enables the ejection of DNA into bacterial periplasm. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 76.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 18.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 239.3 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 6.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 561.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 560.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6tb9MC ![]() 6tbaC ![]() 6te8C ![]() 6te9C ![]() 6teaC ![]() 6tebC ![]() 6tehC ![]() 6to8C ![]() 6toaC ![]() 6tsuC ![]() 6tsvC ![]() 6tswC ![]() 6tuiC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | capsid of native GTA particle, C5 symmetrized | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.063 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent capsid
全体 | 名称: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent capsid |
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要素 |
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-超分子 #1: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent capsid
超分子 | 名称: Rhodobacter capsulatus DE442 gene transfer agent capsid タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Oblate T=3 capsid (without portal) decorated with head spikes, native particle |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 80 KDa |
-超分子 #2: Head spike
超分子 | 名称: Head spike / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 詳細: protrusion of the capsid on 5-fold vertices, composed out of base pentamer and fiber monomer |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Major capsid protein Rcc01687
分子 | 名称: Major capsid protein Rcc01687 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 29 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.982066 KDa |
配列 | 文字列: MPEGADPVAE VKTALAGFLK EVKGFQDDVK TRLQQQEERV TMLQTKTYAG RHALAAAATE EAPHQKAFAA YLRTGDDDGL RGLSLEGKA LNSAVAAEGG YLVDPQTSET IRGVLRSTAS LRQIASVVNV EATSFDVLVD KTDMGSGWAS ETAALSETAT P QIDRITIP ...文字列: MPEGADPVAE VKTALAGFLK EVKGFQDDVK TRLQQQEERV TMLQTKTYAG RHALAAAATE EAPHQKAFAA YLRTGDDDGL RGLSLEGKA LNSAVAAEGG YLVDPQTSET IRGVLRSTAS LRQIASVVNV EATSFDVLVD KTDMGSGWAS ETAALSETAT P QIDRITIP LHELAAMPKA SQRLLDDSAF DIETWLANRI ADKFARAEAA AFISGDGVDK PTGFLTKTKV ANGAWAWGSL GY VATGAAG DFAAVNASDA VVDLVYALGA EYRANASFVM NSKTAGAVRK MKDADGRFLW ADSLAAGEPA RLMGYPVLIA EDM PDIAAN AYAIAFGDFG NGYTIAERPD LRVLRDPFSA KPHVLFYASK RVGGDVSDFA AIKLLKFAAS UniProtKB: Phage major capsid protein, HK97 family |
-分子 #2: Head spike base Rcc01079
分子 | 名称: Head spike base Rcc01079 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 9.104348 KDa |
配列 | 文字列: MDVFAKHAVS LESPAVRHYE ITPSDSTDLA RRPRALRVQT GGTLVLRDET GITVTYTVFA GEILPVRPVR VLATGTTATA VGWE UniProtKB: UNIPROTKB: A0A507Z9H3 |
-分子 #3: Head spike fiber Rcc01080
分子 | 名称: Head spike fiber Rcc01080 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 32.996828 KDa |
配列 | 文字列: MIALGLGLGL AANGGPALRR YAVNGVAPVA VLDFERHFLS HPLALTRATS ATYADALRAV QTAPADTPRY DYSTGKRALL LEASATNLL PNSAQFEAAS WGKTRASVLA NAALAPNGTM TADKLVEDTS NNSHFVARTG TQIAAGTSVT ASIFVKAAER R WFALVTAD ...文字列: MIALGLGLGL AANGGPALRR YAVNGVAPVA VLDFERHFLS HPLALTRATS ATYADALRAV QTAPADTPRY DYSTGKRALL LEASATNLL PNSAQFEAAS WGKTRASVLA NAALAPNGTM TADKLVEDTS NNSHFVARTG TQIAAGTSVT ASIFVKAAER R WFALVTAD SANAFRTTYF DLQTGTLGVV SQGAAGHVAQ IVAAGNGWYR CSVTQTQAAS GNFNFYPSVA SANGATSYPG DG ASGLYLW GAQLEAGAAV SSVIPTEAAA VTRAADLASV AVAAGSYDLR RVDAAGTAVT KGVAHPGGAL TIGAGSLYLL SLF PAGAL UniProtKB: UNIPROTKB: A0A507Z6Q1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 20 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
詳細: G-buffer, doi: 10.1016/0003-9861(77)90508-2 | ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 11 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3114 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 42.75 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-6tb9: |