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万見- EMDB-10329: Structure of GID Scaffold subcomplex bound to substrate receptor Gid10 -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10329 | |||||||||
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タイトル | Structure of GID Scaffold subcomplex bound to substrate receptor Gid10 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Qiao S / Prabu JR / Schulman BA | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020 タイトル: Interconversion between Anticipatory and Active GID E3 Ubiquitin Ligase Conformations via Metabolically Driven Substrate Receptor Assembly. 著者: Shuai Qiao / Christine R Langlois / Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Ozge Karayel / Fynn M Hansen / Viola Beier / Susanne von Gronau / Daniel Bollschweiler / Tillman Schäfer / Arno F ...著者: Shuai Qiao / Christine R Langlois / Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Ozge Karayel / Fynn M Hansen / Viola Beier / Susanne von Gronau / Daniel Bollschweiler / Tillman Schäfer / Arno F Alpi / Matthias Mann / J Rajan Prabu / Brenda A Schulman / 要旨: Cells respond to environmental changes by toggling metabolic pathways, preparing for homeostasis, and anticipating future stresses. For example, in Saccharomyces cerevisiae, carbon stress-induced ...Cells respond to environmental changes by toggling metabolic pathways, preparing for homeostasis, and anticipating future stresses. For example, in Saccharomyces cerevisiae, carbon stress-induced gluconeogenesis is terminated upon glucose availability, a process that involves the multiprotein E3 ligase GID recruiting N termini and catalyzing ubiquitylation of gluconeogenic enzymes. Here, genetics, biochemistry, and cryoelectron microscopy define molecular underpinnings of glucose-induced degradation. Unexpectedly, carbon stress induces an inactive anticipatory complex (GID), which awaits a glucose-induced substrate receptor to form the active GID. Meanwhile, other environmental perturbations elicit production of an alternative substrate receptor assembling into a related E3 ligase complex. The intricate structure of GID enables anticipating and ultimately binding various N-degron-targeting (i.e., "N-end rule") substrate receptors, while the GID E3 forms a clamp-like structure juxtaposing substrate lysines with the ubiquitylation active site. The data reveal evolutionarily conserved GID complexes as a family of multisubunit E3 ubiquitin ligases responsive to extracellular stimuli. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10329.map.gz | 7.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10329-v30.xml emd-10329.xml | 11.4 KB 11.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10329_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10329.png | 60.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10329 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10329 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10329_validation.pdf.gz | 241.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10329_full_validation.pdf.gz | 240.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10329_validation.xml.gz | 11.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10329 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10329 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10329.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : GIDScaffold plus SRGid10
全体 | 名称: GIDScaffold plus SRGid10 |
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要素 |
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-超分子 #1: GIDScaffold plus SRGid10
超分子 | 名称: GIDScaffold plus SRGid10 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) |
分子量 | 理論値: 308 KDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.25 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 6.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 10s and 10 f blot after 30s incubation time. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 55.16 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |