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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10259 | |||||||||
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タイトル | Sub-tomogram average of the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycoplasma genitalium. | |||||||||
マップデータ | Sub-tomogram average of the surface adhesin (NAP) complex from Mycoplasma genitalium cells by cryo-electron tomography. | |||||||||
試料 |
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生物種 | Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Scheffer MP / Aparicio D | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Structure and mechanism of the Nap adhesion complex from the human pathogen Mycoplasma genitalium. 著者: David Aparicio / Margot P Scheffer / Marina Marcos-Silva / David Vizarraga / Lasse Sprankel / Mercè Ratera / Miriam S Weber / Anja Seybert / Sergi Torres-Puig / Luis Gonzalez-Gonzalez / ...著者: David Aparicio / Margot P Scheffer / Marina Marcos-Silva / David Vizarraga / Lasse Sprankel / Mercè Ratera / Miriam S Weber / Anja Seybert / Sergi Torres-Puig / Luis Gonzalez-Gonzalez / Julian Reitz / Enrique Querol / Jaume Piñol / Oscar Q Pich / Ignacio Fita / Achilleas S Frangakis / 要旨: Mycoplasma genitalium is a human pathogen adhering to host target epithelial cells and causing urethritis, cervicitis and pelvic inflammatory disease. Essential for infectivity is a transmembrane ...Mycoplasma genitalium is a human pathogen adhering to host target epithelial cells and causing urethritis, cervicitis and pelvic inflammatory disease. Essential for infectivity is a transmembrane adhesion complex called Nap comprising proteins P110 and P140. Here we report the crystal structure of P140 both alone and in complex with the N-terminal domain of P110. By cryo-electron microscopy (cryo-EM) and tomography (cryo-ET) we find closed and open Nap conformations, determined at 9.8 and 15 Å, respectively. Both crystal structures and the cryo-EM structure are found in a closed conformation, where the sialic acid binding site in P110 is occluded. By contrast, the cryo-ET structure shows an open conformation, where the binding site is accessible. Structural information, in combination with functional studies, suggests a mechanism for attachment and release of M. genitalium to and from the host cell receptor, in which Nap conformations alternate to sustain motility and guarantee infectivity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10259.map.gz | 2.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10259-v30.xml emd-10259.xml | 10.1 KB 10.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10259.png | 274.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10259 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10259 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10259_validation.pdf.gz | 213.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10259_full_validation.pdf.gz | 212.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10259_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10259 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10259 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10259.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sub-tomogram average of the surface adhesin (NAP) complex from Mycoplasma genitalium cells by cryo-electron tomography. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sub-tomogram average of the Nap adhesin from Mycoplasma genitaliu...
全体 | 名称: Sub-tomogram average of the Nap adhesin from Mycoplasma genitalium cells. |
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要素 |
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-超分子 #1: Sub-tomogram average of the Nap adhesin from Mycoplasma genitaliu...
超分子 | 名称: Sub-tomogram average of the Nap adhesin from Mycoplasma genitalium cells. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Mycoplasma genitalium G37 (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | cell |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
詳細 | Mildly detergent-lysed cells |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 8800 |
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抽出 | トモグラム数: 54 / 使用した粒子像数: 11000 |
CTF補正 | ソフトウェア - 名称: Super-sampling SART (ver. 2) ソフトウェア - 詳細: Kunz, M. & Frangakis, A. S. Three-dimensional CTF correction improves the resolution of electron tomograms. Journal of structural biology 197, 114-122, doi: 10.1016 詳細: Tomograms were reconstructed by super-sampling SART with 3D contrast transfer function (CTF) correction. |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |