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- EMDB-10233: Complete CtTel1 dimer with C2 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10233
タイトルComplete CtTel1 dimer with C2 symmetry
マップデータComplete dimer CtTel1 with C2 symmetry
試料
  • 複合体: CtTel1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase Tel1
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードKinase / alpha solenoid / PIKK / nucleus / tranferase / dimer / DNA damage signaling / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


chromatin organization / chromosome, telomeric region / non-specific serine/threonine protein kinase / intracellular signal transduction / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / PIK-related kinase, FAT / FATC domain / FATC / FAT domain / FAT domain profile. ...Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Serine/threonine-protein kinase ATM, plant / ATM, catalytic domain / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / Telomere-length maintenance and DNA damage repair / PIK-related kinase, FAT / FATC domain / FATC / FAT domain / FAT domain profile. / FATC domain profile. / FATC domain / PIK-related kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Armadillo-type fold / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase Tel1
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Jansma M / Eustermann SE
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council ドイツ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2020
タイトル: Near-Complete Structure and Model of Tel1ATM from Chaetomium thermophilum Reveals a Robust Autoinhibited ATP State.
著者: Marijke Jansma / Christian Linke-Winnebeck / Sebastian Eustermann / Katja Lammens / Dirk Kostrewa / Kristina Stakyte / Claudia Litz / Brigitte Kessler / Karl-Peter Hopfner /
要旨: Tel1 (ATM in humans) is a large kinase that resides in the cell in an autoinhibited dimeric state and upon activation orchestrates the cellular response to DNA damage. We report the structure of an ...Tel1 (ATM in humans) is a large kinase that resides in the cell in an autoinhibited dimeric state and upon activation orchestrates the cellular response to DNA damage. We report the structure of an endogenous Tel1 dimer from Chaetomium thermophilum. Major parts are at 2.8 Å resolution, including the kinase active site with ATPγS bound, and two different N-terminal solenoid conformations are at 3.4 Å and 3.6 Å, providing a side-chain model for 90% of the Tel1 polypeptide. We show that the N-terminal solenoid has DNA binding activity, but that its movements are not coupled to kinase activation. Although ATPγS and catalytic residues are poised for catalysis, the kinase resides in an autoinhibited state. The PIKK regulatory domain acts as a pseudo-substrate, blocking direct access to the site of catalysis. The structure allows mapping of human cancer mutations and defines mechanisms of autoinhibition at near-atomic resolution.
履歴
登録2019年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月30日-
マップ公開2019年10月30日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0092
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0092
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6sl0
  • 表面レベル: 0.0092
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Complete dimer CtTel1 with C2 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 352 pix.
= 372.768 Å		1.06 Å/pix.
x 352 pix.
= 372.768 Å		1.06 Å/pix.
x 352 pix.
= 372.768 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0092 / ムービー #1: 0.0092
最小 - 最大-0.034708492 - 0.05733966
平均 (標準偏差)0.00009378525 (±0.0014084317)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 372.768 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z352352352
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z372.768372.768372.768
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ307236
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS352352352
D min/max/mean-0.0350.0570.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CtTel1

全体名称: CtTel1
要素
  • 複合体: CtTel1
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase Tel1
  • リガンド: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: CtTel1

超分子名称: CtTel1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類)
分子量理論値: 640 KDa

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase Tel1

分子名称: Serine/threonine-protein kinase Tel1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719
分子量理論値: 329.927031 KDa
配列文字列: MPRVKSYTGG TINFKEIESH LVGSSATARK DAVEALIAYF DGSRTQSQTT FDDKAYHRLF EALFRCTLIE KEAYFNSKKS VKVTAAAAA RLERCPEALR LAVRHGVTTI RRKTARAIID HIVQVLPGPD GAYVMPLLAG YVKVLYEFLD NPASAENIAA L SGEGWEVC ...文字列:
MPRVKSYTGG TINFKEIESH LVGSSATARK DAVEALIAYF DGSRTQSQTT FDDKAYHRLF EALFRCTLIE KEAYFNSKKS VKVTAAAAA RLERCPEALR LAVRHGVTTI RRKTARAIID HIVQVLPGPD GAYVMPLLAG YVKVLYEFLD NPASAENIAA L SGEGWEVC VDFCIDVLSR FLELGDRESG SLSRASPAPG ATARSGSVAG TQGSGEQIGT HVAVDVLSCL YMLCIAHNAP IQ RKADRLP HVVIQLLQLR QMKIGELQKM AFATFNIVFQ RMQAEDVALC KTLVKQVVPL LSHWWQPRAL SRDAMLNSIR DEM LKTLYG TRLYIQALLR EAADESFPQD VEELLDTLWC DYSRREERAR LQLDDITFTN MLLPPDHPRT GIFSLRPHHT AGEQ NWALL ENLAILEAAY SKHGQQEQSQ QNQQQPEIDQ PRKRRKMSGR QNRVHQKLHS LDPAVRLSAL QLIPFLTRHK KPSLE DVAE TLEDLSKHVT AKQAIVASWA MLACSSLAIH EVSRHPSLSS SWKQLWQLAV RSLSLPPISR ASCVLLNSIL KANLIP RHE LADDINQIVT TADISGPAIL VDASLGLMLN LLRFRNNMFP NASQATSNHI IRWVFVRWSP AELTYASLHG THATPYD LV NLLRACYGIS PLVMAQPLRL FNGPIVLHWK EQAEMEPFIR YLLLLHEEEP DTTVTPAQQE EQLPESNSAT DVAGSNAS R RLALELFYPK VEELQELAES WQKRGGEGAT PVSMERLRSM VLACLTGALL LPDLVNINSS LSRDLESAVF SIVDATLKV ILNSPPSENL FGMILASSAP YIPHLIEPEL IALKRERPHL LKFFGKLSEA LYERSRRESS HRDDQVIDID PDFEPQTSQK NTASKAKTL PRRDILLSYT PEAFYLETSL RIHFLDIIRL NDGEIGRIPE PIINQLAGLS GEQFLCCREF MREIFTSDAI V PLGGATTI LETAGHIVSR YEYACCEVAL CNCIDIMDSF INLWTDNHFD IAEMAGDLYH YLVKQSLPNN SMSAAAQIRL AS LLLHLLE VKSEYASNLG LPSSQSTLLK ILQDGPMKLK HYIGLEIPKL FGLYVLKTHD DIFVDVLEHL PSDPDVVEGL AFR LFVLAE LACRWPTLLR RSIYHTFEIP GKITKISKSQ SCVTHSALYA ASCIKRIAQT LKLSGPQELF KLFAPQLLYT WLDN DSIQD IAYEIFGFSS LLDLLREAQT EAAAIMMMRG QEQEVCQLAQ SLGLTPEKLV QQSFTKIIAY SIAHDISIAG GPDYV TGES RMRKILGKEE YLANIHLNFA DIISTFFDIF DQEDPIEKAF RRDERFAYAA ETLEEIKKLG HLPTALPPNQ QPMFRA KYL PREIVHLCSR TQYEPENIWT PALVVFVARK LLKTIHPALG PLHACSVLRK IRVLICLAGD HAISGYPLEM LLHSLRV FV VDPECADDAL GITQYLIKRG DEYLKRTPSF LAGYALSSLA DLRVFLESSQ SSTTQESQFK ATKSKAQEFH AWFSKYLA A YDSPEFKDEG QKQAFRSITE NAAHIRASGN AEKGTHESNL LLEILKDWGR ENQLLNEPAR DVALSMLCGV FNIPPSSRL DVIETDEDAI KNGAVVWKSC SSQRLGGEYL AWAGRVLGRS FAASGEVPED LLRESQLQEY RRLSQGVGSS EEGLLNLIKS LTISGDCFT AGLAEAALRT IVSDAISDND HDLLSACQES LPEPLLIASN WDPYRTPLSD QFKVDPPANT EVFSARALEN P NWSQHLAI RLALSAPKIV TLRVLPPILS KVKGFAERAF PFVVHLVLAY QLDKQQSAKR ELSESLQEWL NFTSEPAKEN LK LLINTIL YLRTQPLPGE SSIADRAHWL DVNMASAAAA ATRCGMYKVA LLFAELAAES TRGSRRSSAA RETDDSSDIL LEI FENIDD PDAYYGLSQD ASLSTVLARL EYENDGAKSL AFRGAQYDSH LRGRDLQSRQ DCNALIKALS SLGLAGLSNS LLQS QQSID GSSDSLDATF TTARKLEIWN LPAPVNSDSW AVTVYKAYQS MYQAQELDTV RSMVHDGLKN TVRHLSSGSL NTSVL RQQL GALAALTELD DILNVRDQSE LQCTLATFEK RSKWMMSGRY ADVSQILSCR ETTLSMWSQR HNLRAAGLTS ADARLV QIR GMLLSSDIFR FHRARQETLN LSTALSDLIP SCESLGLSVD AAIKMEAANA LWDHGEMISS IRMLQAIDKD SSLKKQS VP LSRSDLLSKI GYQVSVARLE SPDAIQKKYL EPALKELKGK IEGREAGQVF HQFAVFCDEQ LQNPDSLEDL ARLQNLKK G KDEEVAQLKA LIASAKDSQL RNRYQSHLAK AKQWQELDQQ ELRRVEQTRS EFLKLCIENY LLSLAASDEH DNDALRFMA LWLEKSEEEV ANEVVKKWIN KVPTRKFALL MNQLSSRLQD HNTLFQKLLI DLVYRICVDH PYHGMYHIWT GARTRVNKDD EVAVSRQRA TDKIAKALSK NNKVSSIWPA IDQTSRVYHA LAMDRDPTRY KSGQKVPIKN SPVGQNFLST MSNNPIPPPT L QIEVSANL DYSHVPMIHK FAPEMAIASG VSAPKILTAI GTDGRKYKQL VKGGNDDLRQ DAIMEQVFAA VSELLKLHRE TR QRNLGIR TYKVLPLTSS SGLIEFVSNT IPLHEYLMPA HERYYPKDLK GSQCRKEIAN AQTKNTETRI AVYRRVTERF HPV MRYFFM EYFPDPDEWF QKRTNYTRTT AAISMLGHVL GLGDRHGHNI LLDHKTGEVV HIDLGVAFEM GRVLPVPELV PFRL TRDIV DGMGITKTEG VFRRCCEFTL DALREEAASI QTILDSLRHD TLYQWSISPV RMAKLQNARE VGGEDGGVGG GEDGE GGGV PKEKKQRPAN EPSEADRAIE VVKKKLSKTL SVMATVNDLI NQATSVSNLA VLYSGWAAYA

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase Tel1

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分子 #2: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: AGS
分子量理論値: 523.247 Da
Chemical component information

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.15 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 構成要素:
濃度式
25.0 mMHEPES-NaOH
150.0 mMNaCl

詳細: 1 mM MgCl2 and 0.1 mM ATPgS (final concentrations) added before plunging
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 288.15 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: TWEEN-20 was added to a final concentration of 0.05% immediately before vitrification. Sample was preincubated 45 seconds before plunging into liquid ethane..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 13786 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 55.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 863937
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Earlier lower CtTel1 reconstruction, which in turn was based on EMDB entry EMD-6399
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2) / 使用した粒子像数: 32764
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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