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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10140 | |||||||||
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タイトル | Post-catalytic P complex spliceosome at 3.3 angstrom resolution from merging data sets | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Wilkinson ME / Nagai K | |||||||||
資金援助 | 英国, ベルギー, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2017 タイトル: Postcatalytic spliceosome structure reveals mechanism of 3'-splice site selection. 著者: Max E Wilkinson / Sebastian M Fica / Wojciech P Galej / Christine M Norman / Andrew J Newman / Kiyoshi Nagai / 要旨: Introns are removed from eukaryotic messenger RNA precursors by the spliceosome in two transesterification reactions-branching and exon ligation. The mechanism of 3'-splice site recognition during ...Introns are removed from eukaryotic messenger RNA precursors by the spliceosome in two transesterification reactions-branching and exon ligation. The mechanism of 3'-splice site recognition during exon ligation has remained unclear. Here we present the 3.7-angstrom cryo-electron microscopy structure of the yeast P-complex spliceosome immediately after exon ligation. The 3'-splice site AG dinucleotide is recognized through non-Watson-Crick pairing with the 5' splice site and the branch-point adenosine. After the branching reaction, protein factors work together to remodel the spliceosome and stabilize a conformation competent for 3'-splice site docking, thereby promoting exon ligation. The structure accounts for the strict conservation of the GU and AG dinucleotides at the 5' and 3' ends of introns and provides insight into the catalytic mechanism of exon ligation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10140.map.gz | 395.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10140-v30.xml emd-10140.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10140_fsc.xml | 17 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10140.png | 105 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10140 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10140 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10140_validation.pdf.gz | 310.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10140_full_validation.pdf.gz | 309.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10140_validation.xml.gz | 15.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10140 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10140 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10298 (タイトル: Yeast postcatalytic spliceosome, two cryoEM data sets at different magnifications Data size: 6.3 TB Data #1: Unaligned movies of P-complex spliceosome at 105,000x magnification (Dataset 1) [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned movies of P-complex spliceosome at 130,000x magnification (Dataset 2) [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10140.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.12 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : P complex spliceosome with 3' exon docked
全体 | 名称: P complex spliceosome with 3' exon docked |
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要素 |
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-超分子 #1: P complex spliceosome with 3' exon docked
超分子 | 名称: P complex spliceosome with 3' exon docked / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 2.2 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 7.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III 詳細: 3 uL sample was applied to the grid, left for 30s, then blotted for 3s and immediately plunged into liquid ethane. |
-電子顕微鏡法 #1
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | Image recording ID: 1 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2384 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 47.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.2 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-電子顕微鏡法 #1~
Microscopy ID | 1 |
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顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
撮影 | #0 - Image recording ID: 2 #0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #0 - 検出モード: SUPER-RESOLUTION / #0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 173 / #0 - 平均露光時間: 7.0 sec. / #0 - 平均電子線量: 45.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 3 #1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) #1 - 検出モード: COUNTING / #1 - デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-35 / #1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 1441 / #1 - 平均露光時間: 7.0 sec. / #1 - 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: |
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