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- EMDB-10113: Basketweave Z-band of sonic muscle in midshipman fish -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10113
タイトルBasketweave Z-band of sonic muscle in midshipman fish
マップデータSubtomogram average of a tomogram of basketweave Z-band found in sonic muscle in the swimbladder of male Type 1 midshipman fish.
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Z-band of vertebrate striated muscle in basketweave form
生物種Porichthys notatus (魚類)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 39.0 Å
データ登録者Luther PK / Heumann J / Burgoyne T / Morris EP
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
British Heart FoundationRG/11/21/29335 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019
タイトル: Three-dimensional structure of the basketweave Z-band in midshipman fish sonic muscle.
著者: Thomas Burgoyne / John M Heumann / Edward P Morris / Carlo Knupp / Jun Liu / Michael K Reedy / Kenneth A Taylor / Kuan Wang / Pradeep K Luther /
要旨: Striated muscle enables movement in all animals by the contraction of myriads of sarcomeres joined end to end by the Z-bands. The contraction is due to tension generated in each sarcomere between ...Striated muscle enables movement in all animals by the contraction of myriads of sarcomeres joined end to end by the Z-bands. The contraction is due to tension generated in each sarcomere between overlapping arrays of actin and myosin filaments. At the Z-band, actin filaments from adjoining sarcomeres overlap and are cross-linked in a regular pattern mainly by the protein α-actinin. The Z-band is dynamic, reflected by the 2 regular patterns seen in transverse section electron micrographs; the so-called small-square and basketweave forms. Although these forms are attributed, respectively, to relaxed and actively contracting muscles, the basketweave form occurs in certain relaxed muscles as in the muscle studied here. We used electron tomography and subtomogram averaging to derive the 3D structure of the Z-band in the swimbladder sonic muscle of type I male plainfin midshipman fish (, into which we docked the crystallographic structures of actin and α-actinin. The α-actinin links run diagonally between connected pairs of antiparallel actin filaments and are oriented at an angle of about 25° away from the actin filament axes. The slightly curved and flattened structure of the α-actinin rod has a distinct fit into the map. The Z-band model provides a detailed understanding of the role of α-actinin in transmitting tension between actin filaments in adjoining sarcomeres.
履歴
登録2019年7月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月31日-
マップ公開2019年7月31日-
更新2019年8月7日-
現状2019年8月7日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 165
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 165
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10113.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10113.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Subtomogram average of a tomogram of basketweave Z-band found in sonic muscle in the swimbladder of male Type 1 midshipman fish.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 6.42 Å
密度
表面レベル登録者による: 165.0 / ムービー #1: 165
最小 - 最大125.395294000000007 - 176.195979999999992
平均 (標準偏差)146.525599999999997 (±8.73213)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ8080200
Spacing8080200
セルA: 513.6 Å / B: 513.6 Å / C: 1284.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z6.426.426.42
M x/y/z8080200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z513.600513.6001284.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ10810112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS8080200
D min/max/mean125.395176.196146.526

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Z-band of vertebrate striated muscle in basketweave form

全体名称: Z-band of vertebrate striated muscle in basketweave form
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Z-band of vertebrate striated muscle in basketweave form

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超分子 #1: Z-band of vertebrate striated muscle in basketweave form

超分子名称: Z-band of vertebrate striated muscle in basketweave form
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: Z-band studied in sonic muscle in the swimbladder of male Type 1 midshipman fish.
由来(天然)生物種: Porichthys notatus (魚類) / 器官: Swimbladder muscle / 組織: Muscle / Organelle: Z-band / 細胞中の位置: Myofibrillar

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態tissue

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試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度名称式
4.0 mMmagnesium acetate
5.0 mMK2EGTA
5.0 mMNa2.ATP
20.0 mMMOPS
164.0 mMKMeSO3
Sigma Cocktail
50.0 mMbutanedione-monoxime (BDM)

詳細: This is the relaxing solution
染色タイプ: POSITIVE / 材質: Uranyl acetate and lead citrate
詳細: Conventionally stained with 2% uranyl acetate and Reynolds lead citrate
糖包埋材質: Araldite
詳細: Sample was freeze-substituted in acetone and then embedded in araldiate
グリッド材質: COPPER / メッシュ: 700
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: REICHERT-JUNG PLUNGER
詳細: Sample was cryo-protected with 30% sucrose (added to the relaxing solution).
詳細Fibers of swimbladder muscle (sonic muscle) of midshipman fish were rapidly frozen, freeze-substituted, embedded in resin, ~100 nm thin transverse sections cut, coated with 10 nm gold fiducials and stained with uranyl acetate and lead citrate.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM200FEG
撮影フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 5.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.005 µm / 倍率（公称値）: 27000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 39.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0 alpha) / 使用したサブトモグラム数: 5796
抽出トモグラム数: 1 / 使用した粒子像数: 483 / 手法: Semi-Automatic particle picking / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0 alpha)
詳細: Automatic particle picking was performed by iterative refinement starting from a manually chosen initial reference and a uniform 2D grid of initial locations with spacing approximating that ...詳細: Automatic particle picking was performed by iterative refinement starting from a manually chosen initial reference and a uniform 2D grid of initial locations with spacing approximating that of the unit cell. Selected points were windowed via cross-correlation thresholding and manual editing before further alignment and averaging.
最終 3次元分類クラス数: 1 / 平均メンバー数/クラス: 5796 / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0 alpha)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: PEET (ver. 1.11.0 alpha)
詳細: Normalised cross-correlation and weighted averaging in reciprocal space
結晶パラメータ単位格子 - A: 262 Å / 単位格子 - B: 262 Å / 単位格子 - C: 768 Å / 単位格子 - γ: 90 ° / 単位格子 - α: 90 ° / 単位格子 - β: 90 ° / 空間群: P43212

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1atn

,

3lue

)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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