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- EMDB-10021: Structure of human mitochondrial 28S ribosome in complex with mit... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10021
タイトルStructure of human mitochondrial 28S ribosome in complex with mitochondrial IF3
マップデータComposite map, local resolution filtered
試料
  • 複合体: IF3 bound mitochondrial translation pre-initiation complex
    • 複合体: Ribosome
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 30種
    • 複合体: IF3
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 10種
キーワードribosomal small subunit / initiation complex / initiation factor 3 / mitochondria / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial translational initiation / mitochondrial ribosome binding / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / ribosome disassembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of mitotic nuclear division ...mitochondrial translational initiation / mitochondrial ribosome binding / translation factor activity, RNA binding / mitochondrial ribosome assembly / ribosome disassembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / Mitochondrial protein degradation / translation initiation factor activity / apoptotic signaling pathway / fibrillar center / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / ribosome binding / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / nuclear membrane / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial ...Translation initiation factor 3 / Translation initiation factor 3, N-terminal / Translation initiation factor 3 (IF-3), N-terminal domain superfamily / Translation initiation factor 3 (IF-3), C-terminal domain superfamily / Translation initiation factor IF-3, N-terminal domain / Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1 / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / CHCH / CHCH domain / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m ...Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein mS37 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Translation initiation factor IF-3, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Itoh Y / Khawaja A
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Distinct pre-initiation steps in human mitochondrial translation.
著者: Anas Khawaja / Yuzuru Itoh / Cristina Remes / Henrik Spåhr / Olessya Yukhnovets / Henning Höfig / Alexey Amunts / Joanna Rorbach /
要旨: Translation initiation in human mitochondria relies upon specialized mitoribosomes and initiation factors, mtIF2 and mtIF3, which have diverged from their bacterial counterparts. Here we report two ...Translation initiation in human mitochondria relies upon specialized mitoribosomes and initiation factors, mtIF2 and mtIF3, which have diverged from their bacterial counterparts. Here we report two distinct mitochondrial pre-initiation assembly steps involving those factors. Single-particle cryo-EM revealed that in the first step, interactions between mitochondria-specific protein mS37 and mtIF3 keep the small mitoribosomal subunit in a conformation favorable for a subsequent accommodation of mtIF2 in the second step. Combination with fluorescence cross-correlation spectroscopy analyses suggests that mtIF3 promotes complex assembly without mRNA or initiator tRNA binding, where exclusion is achieved by the N-terminal and C-terminal domains of mtIF3. Finally, the association of large mitoribosomal subunit is required for initiator tRNA and leaderless mRNA recruitment to form a stable initiation complex. These data reveal fundamental aspects of mammalian protein synthesis that are specific to mitochondria.
履歴
登録2019年6月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年6月3日-
マップ公開2020年6月3日-
更新2024年4月24日-
現状2024年4月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rw4
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10021.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10021.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map, local resolution filtered
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 398.4 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 398.4 Å		0.83 Å/pix.
x 480 pix.
= 398.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大0.0 - 0.56178486
平均 (標準偏差)0.0008254385 (±0.008667793)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 398.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z398.400398.400398.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean0.0000.5620.001

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_10021_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Overall map without sharpening

ファイルemd_10021_additional.map
注釈Overall map without sharpening
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_10021_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_10021_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : IF3 bound mitochondrial translation pre-initiation complex

全体名称: IF3 bound mitochondrial translation pre-initiation complex
要素
  • 複合体: IF3 bound mitochondrial translation pre-initiation complex
    • 複合体: Ribosome
      • RNA: 12S mitochondrial rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Aurora kinase A-interacting protein
      • タンパク質・ペプチド: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
    • 複合体: IF3
      • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor IF-3, mitochondrial
  • リガンド: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: STREPTOMYCIN
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
  • リガンド: water

+
超分子 #1: IF3 bound mitochondrial translation pre-initiation complex

超分子名称: IF3 bound mitochondrial translation pre-initiation complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#32
詳細: Small subunit of mitochondrial ribosome in complex with mitochondrial IF3
分子量理論値: 1.1 MDa

+
超分子 #2: Ribosome

超分子名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: IF3

超分子名称: IF3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #32
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
分子 #1: 12S mitochondrial rRNA

分子名称: 12S mitochondrial rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 306.547531 KDa
配列文字列: AAUAGGUUUG GUCCUAGCCU UUCUAUUAGC UCUUAGUAAG AUUACACAUG CAAGCAUCCC CGUUCCAGUG AGUUCACCCU CUAAAUCAC CACGAUCAAA AGGGACAAGC AUCAAGCACG CAGCAAUGCA GCUCAAAACG CUUAGCCUAG CCACACCCCC A CGGGAAAC ...文字列:
AAUAGGUUUG GUCCUAGCCU UUCUAUUAGC UCUUAGUAAG AUUACACAUG CAAGCAUCCC CGUUCCAGUG AGUUCACCCU CUAAAUCAC CACGAUCAAA AGGGACAAGC AUCAAGCACG CAGCAAUGCA GCUCAAAACG CUUAGCCUAG CCACACCCCC A CGGGAAAC AGCAGUGAUU AACCUUUAGC AAUAAACGAA AGUUUAACUA AGCUAUACUA ACCCCAGGGU UGGUCAAUUU CG UGCCAGC CACCGCGGUC ACACGAUUAA CCCAAGUCAA UAGAAGCCGG CGUAAAGAGU GUUUUAGAUC ACCCCCUCCC CAA UAAAGC UAAAACUCAC CUGAGUUGUA AAAAACUCCA GUUGACACAA AAUAGACUAC GAAAGUGGCU UUAACAUAUC UGAA CACAC AAUAGCUAAG ACCCAAACUG GGA(5MU)UAGAUA CCCCACUAUG CUUAGCCCUA AACCUCAACA GUUAAAUCAA C AAAACUGC UCGCCAGAAC ACUACGAGCC ACAGCUUAAA ACUCAAAGGA CCUGGCGGUG CUUCAUAUCC CUCUAGAGGA GC CUGUUCU GUAAUCGAUA AACCCCGAUC AACCUCACCA CCUCUUGCUC AGCCUAUAUA CCGCCAUCUU CAGCAAACCC UGA UGAAGG CUACAAAGUA AGCGCAAGUA CCCACGUAAA GACGUUAGGU CAAGGUGUAG CCCAUGAGGU GGCAAGAAAU GGGC UACAU UUUCUACCCC AGAAAACUAC GAUAGCCCUU AUGAAACUUA AGGGUCGAAG GUGGAUUUAG CAGUAAACUG AGAGU AGAG UGCUUAGUUG AACAGGGCCC UGAAGCGCGU ACACACCG(B8T)C (5MC)GUCACCCUC CUCAAGUAUA CUUCAAAG G ACAUUUAACU AAAACCCCUA CGCAUUUAUA UAGAGGAGAC AAGUCGUAAC AUGGUAAGUG UACUGG(MA6)(MA6)AG U GCACUUGG ACGAACC

+
分子 #2: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.298238 KDa
配列文字列: MATSSAALPR ILGAGARAPS RWLGFLGKAT PRPARPSRRT LGSATALMIR ESEDSTDFND KILNEPLKHS DFFNVKELFS VRSLFDARV HLGHKAGCRH RFMEPYIFGS RLDHDIIDLE QTATHLQLAL NFTAHMAYRK GIILFISRNR QFSYLIENMA R DCGEYAHT ...文字列:
MATSSAALPR ILGAGARAPS RWLGFLGKAT PRPARPSRRT LGSATALMIR ESEDSTDFND KILNEPLKHS DFFNVKELFS VRSLFDARV HLGHKAGCRH RFMEPYIFGS RLDHDIIDLE QTATHLQLAL NFTAHMAYRK GIILFISRNR QFSYLIENMA R DCGEYAHT RYFRGGMLTN ARLLFGPTVR LPDLIIFLHT LNNIFEPHVA VRDAAKMNIP TVGIVDTNCN PCLITYPVPG ND DSPLAVH LYCRLFQTAI TRAKEKRQQV EALYRLQGQK EPGDQGPAHP PGADMSHSL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2m

+
分子 #3: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.046164 KDa
配列文字列:
MAASVCSGLL GPRVLSWSRE LPCAWRALHT SPVCAKNRAA RVRVSKGDKP VTYEEAHAPH YIAHRKGWLS LHTGNLDGED HAAERTVED VFLRKFMWGT FPGCLADQLV LKRRGNQLEI CAVVLRQLSP HKYYFLVGYS ETLLSYFYKC PVRLHLQTVP S KVVYKYL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3m

+
分子 #4: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 48.094594 KDa
配列文字列: MATAVRAVGC LPVLCSGTAG HLLGRQCSLN TLPAASILAW KSVLGNGHLS SLGTRDTHPY ASLSRALQTQ CCISSPSHLM SQQYRPYSF FTKLTADELW KGALAETGAG AKKGRGKRTK KKKRKDLNRG QIIGEGRYGF LWPGLNVPLM KNGAVQTIAQ R SKEEQEKV ...文字列:
MATAVRAVGC LPVLCSGTAG HLLGRQCSLN TLPAASILAW KSVLGNGHLS SLGTRDTHPY ASLSRALQTQ CCISSPSHLM SQQYRPYSF FTKLTADELW KGALAETGAG AKKGRGKRTK KKKRKDLNRG QIIGEGRYGF LWPGLNVPLM KNGAVQTIAQ R SKEEQEKV EADMIQQREE WDRKKKMKVK RERGWSGNSW GGISLGPPDP GPCGETYEDF DTRILEVRNV FTMTAKEGRK KS IRVLVAV GNGKGAAGFS IGKATDRMDA FRKAKNRAVH HLHYIERYED HTIFHDISLR FKRTHIKMKK QPKGYGLRCH RAI ITICRL IGIKDMYAKV SGSINMLSLT QGLFRGLSRQ ETHQQLADKK GLHVVEIREE CGPLPIVVAS PRGPLRKDPE PEDE VPDVK LDWEDVKTAQ GMKRSVWSNL KRAAT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5m

+
分子 #5: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.250588 KDa
配列文字列:
MPRYELALIL KAMQRPETAA TLKRTIEALM DRGAIVRDLE NLGERALPYR ISAHSQQHNR GGYFLVDFYA PTAAVESMVE HLSRDIDVI RGNIVKHPLT QELKECEGIV PVPLAEKLYS TKKRKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS6m

+
分子 #6: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.186154 KDa
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MAAPAVKVAR GWSGLALGVR RAVLQLPGLT QVRWSRYSPE FKDPLIDKEY YRKPVEELTE EEKYVRELKK TQLIKAAPAG KTSSVFEDP VISKFTNMMM IGGNKVLARS LMIQTLEAVK RKQFEKYHAA SAEEQATIER NPYTIFHQAL KNCEPMIGLV P ILKGGRFY QVPVPLPDRR RRFLAMKWMI TECRDKKHQR TLMPEKLSHK LLEAFHNQGP VIKRKHDLHK MAEANRALAH YR WW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7m

+
分子 #7: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.909859 KDa
配列文字列: MAAPCVSYGG AVSYRLLLWG RGSLARKQGL WKTAAPELQT NVRSQILRLR HTAFVIPKKN VPTSKRETYT EDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF TQEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPVMKHPE QIFPRQRAIQ WGEDGRPFHY LFYTGKQSYY S LMHDVYGM ...文字列:
MAAPCVSYGG AVSYRLLLWG RGSLARKQGL WKTAAPELQT NVRSQILRLR HTAFVIPKKN VPTSKRETYT EDFIKKQIEE FNIGKRHLA NMMGEDPETF TQEDIDRAIA YLFPSGLFEK RARPVMKHPE QIFPRQRAIQ WGEDGRPFHY LFYTGKQSYY S LMHDVYGM LLNLEKHQSH LQAKSLLPEK TVTRDVIGSR WLIKEELEEM LVEKLSDLDY MQFIRLLEKL LTSQCGAAEE EF VQRFRRS VTLESKKQLI EPVQYDEQGM AFSKSEGKRK TAKAEAIVYK HGSGRIKVNG IDYQLYFPIT QDREQLMFPF HFV DRLGKH DVTCTVSGGG RSAQAGAIRL AMAKALCSFV TEDEVEWMRQ AGLLTTDPRV RERKKPGQEG ARRKFTWKKR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9m

+
分子 #8: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.0335 KDa
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MAARTAFGAV CRRLWQGLGN FSVNTSKGNT AKNGGLLLST NMKWVQFSNL HVDVPKDLTK PVVTISDEPD ILYKRLSVLV KGHDKAVLD SYEYFAVLAA KELGISIKVH EPPRKIERFT LLQSVHIYKK HRVQYEMRTL YRCLELEHLT GSTADVYLEY I QRNLPEGV AMEVTKTQLE QLPEHIKEPI WETLSEEKEE SKS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10m

+
分子 #9: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.648793 KDa
配列文字列: MQAVRNAGSR FLRSWTWPQT AGRVVARTPA GTICTGARQL QDAAAKQKVE QNAAPSHTKF SIYPPIPGEE SSLRWAGKKF EEIPIAHIK ASHNNTQIQV VSASNEPLAF ASCGTEGFRN AKKGTGIAAQ TAGIAAAARA KQKGVIHIRV VVKGLGPGRL S AMHGLIMG ...文字列:
MQAVRNAGSR FLRSWTWPQT AGRVVARTPA GTICTGARQL QDAAAKQKVE QNAAPSHTKF SIYPPIPGEE SSLRWAGKKF EEIPIAHIK ASHNNTQIQV VSASNEPLAF ASCGTEGFRN AKKGTGIAAQ TAGIAAAARA KQKGVIHIRV VVKGLGPGRL S AMHGLIMG GLEVISITDN TPIPHNGCRP RKARKL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11m

+
分子 #10: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.200947 KDa
配列文字列:
MSWSGLLHGL NTSLTCGPAL VPRLWATCSM ATLNQMHRLG PPKRPPRKLG PTEGRPQLKG VVLCTFTRKP KKPNSANRKC CRVRLSTGR EAVCFIPGEG HTLQEHQIVL VEGGRTQDLP GVKLTVVRGK YDCGHVQKK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12m

+
分子 #11: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.168788 KDa
配列文字列:
MAAFMLGSLL RTFKQMVPSS ASGQVRSHYV DWRMWRDVKR RKMAYEYADE RLRINSLRKN TILPKILQDV ADEEIAALPR DSCPVRIRN RCVMTSRPRG VKRRWRLSRI VFRHLADHGQ LSGIQRATW

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14m

+
分子 #12: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.903293 KDa
配列文字列: MLRVAWRTLS LIRTRAVTQV LVPGLPGGGS AKFPFNQWGL QPRSLLLQAA RGYVVRKPAQ SRLDDDPPPS TLLKDYQNVP GIEKVDDVV KRLLSLEMAN KKEMLKIKQE QFMKKIVANP EDTRSLEARI IALSVKIRSY EEHLEKHRKD KAHKRYLLMS I DQRKKMLK ...文字列:
MLRVAWRTLS LIRTRAVTQV LVPGLPGGGS AKFPFNQWGL QPRSLLLQAA RGYVVRKPAQ SRLDDDPPPS TLLKDYQNVP GIEKVDDVV KRLLSLEMAN KKEMLKIKQE QFMKKIVANP EDTRSLEARI IALSVKIRSY EEHLEKHRKD KAHKRYLLMS I DQRKKMLK NLRNTNYDVF EKICWGLGIE YTFPPLYYRR AHRRFVTKKA LCIRVFQETQ KLKKRRRALK AAAAAQKQAK RR NPDSPAK AIPKTLKDSQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15m

+
分子 #13: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.371899 KDa
配列文字列:
MVHLTTLLCK AYRGGHLTIR LALGGCTNRP FYRIVAAHNK CPRDGRFVEQ LGSYDPLPNS HGEKLVALNL DRIRHWIGCG AHLSKPMEK LLGLAGFFPL HPMMITNAER LRRKRAREVL LASQKTDAEA TDTEATET

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS16m

+
分子 #14: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.526078 KDa
配列文字列:
MSVVRSSVHA RWIVGKVIGT KMQKTAKVRV TRLVLDPYLL KYFNKRKTYF AHDALQQCTV GDIVLLRALP VPRAKHVKHE LAEIVFKVG KVIDPVTGKP CAGTTYLESP LSSETTQLSK NLEELNISSA Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17m

+
分子 #15: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 29.440629 KDa
配列文字列: MAASVLNTVL RRLPMLSLFR GSHRVQVPLQ TLCTKAPSEE DSLSSVPISP YKDEPWKYLE SEEYQERYGS RPVWADYRRN HKGGVPPQR TRKTCIRRNK VVGNPCPICR DHKLHVDFRN VKLLEQFVCA HTGIIFYAPY TGVCVKQHKR LTQAIQKARD H GLLIYHIP ...文字列:
MAASVLNTVL RRLPMLSLFR GSHRVQVPLQ TLCTKAPSEE DSLSSVPISP YKDEPWKYLE SEEYQERYGS RPVWADYRRN HKGGVPPQR TRKTCIRRNK VVGNPCPICR DHKLHVDFRN VKLLEQFVCA HTGIIFYAPY TGVCVKQHKR LTQAIQKARD H GLLIYHIP QVEPRDLDFS TSHGAVSATP PAPTLVSGDP WYPWYNWKQP PERELSRLRR LYQGHLQEES GPPPESMPKM PP RTPAEAS STGQTGPQSA L

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS40

+
分子 #16: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.876786 KDa
配列文字列:
MAAVVAVCGG LGRKKLTHLV TAAVSLTHPG THTVLWRRGC SQQVSSNEDL PISMENPYKE PLKKCILCGK HVDYKNVQLL SQFVSPFTG CIYGRHITGL CGKKQKEITK AIKRAQIMGF MPVTYKDPAY LKDPKVCNIR YRE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS18m

+
分子 #17: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.675494 KDa
配列文字列:
(AYA)KHLKFIART VMVQEGNVES AYRTLNRILT MDGLIEDIKH RRYYEKPCRR RQRESYERCR RIYNMEMARK INFLMR KNR ADPWQGC

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS21m

+
分子 #18: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 41.337316 KDa
配列文字列: MAPLGTTVLL WSLLRSSPGV ERVCFRARIQ PWHGGLLQPL PCSFEMGLPR RRFSSEAAES GSPETKKPTF MDEEVQSILT KMTGLNLQK TFKPAIQELK PPTYKLMTQA QLEEATRQAV EAAKVRLKMP PVLEERVPIN DVLAEDKILE GTETTKYVFT D ISYSIPHR ...文字列:
MAPLGTTVLL WSLLRSSPGV ERVCFRARIQ PWHGGLLQPL PCSFEMGLPR RRFSSEAAES GSPETKKPTF MDEEVQSILT KMTGLNLQK TFKPAIQELK PPTYKLMTQA QLEEATRQAV EAAKVRLKMP PVLEERVPIN DVLAEDKILE GTETTKYVFT D ISYSIPHR ERFIVVREPS GTLRKASWEE RDRMIQVYFP KEGRKILTPI IFKEENLRTM YSQDRHVDVL NLCFAQFEPD ST EYIKVHH KTYEDIDKRG KYDLLRSTRY FGGMVWYFVN NKKIDGLLID QIQRDLIDDA TNLVQLYHVL HPDGQSAQGA KDQ AAEGIN LIKVFAKTEA QKGAYIELTL QTYQEALSRH SAAS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS22

+
分子 #19: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.805664 KDa
配列文字列: MAGSRLETVG SIFSRTRDLV RAGVLKEKPL WFDVYDAFPP LREPVFQRPR VRYGKAKAPI QDIWYHEDRI RAKFYSVYGS GQRAFDLFN PNFKSTCQRF VEKYTELQKL GETDEEKLFV ETGKALLAEG VILRRVGEAR TQHGGSHVSR KSEHLSVRPQ T ALEENETQ ...文字列:
MAGSRLETVG SIFSRTRDLV RAGVLKEKPL WFDVYDAFPP LREPVFQRPR VRYGKAKAPI QDIWYHEDRI RAKFYSVYGS GQRAFDLFN PNFKSTCQRF VEKYTELQKL GETDEEKLFV ETGKALLAEG VILRRVGEAR TQHGGSHVSR KSEHLSVRPQ T ALEENETQ KEVPQDQHLE APADQSKGLL PP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS23

+
分子 #20: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.146428 KDa
配列文字列:
MPMKGRFPIR RTLQYLSQGN VVFKDSVKVM TVNYNTHGEL GEGARKFVFF NIPQIQYKNP WVQIMMFKNM TPSPFLRFYL DSGEQVLVD VETKSNKEIM EHIRKILGKN EETLREEEEE KKQLSHPANF GPRKYCLREC ICEVEGQVPC PSLVPLPKEM R GKYKAALK ADAQD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS25

+
分子 #21: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 24.25982 KDa
配列文字列: MLRALSRLGA GTPCRPRAPL VLPARGRKTR HDPLAKSKIE RVNMPPAVDP AEFFVLMERY QHYRQTVRAL RMEFVSEVQR KVHEARAGV LAERKALKDA AEHRELMAWN QAENRRLHEL RIARLRQEER EQEQRQALEQ ARKAEEVQAW AQRKEREVLQ L QEEVKNFI ...文字列:
MLRALSRLGA GTPCRPRAPL VLPARGRKTR HDPLAKSKIE RVNMPPAVDP AEFFVLMERY QHYRQTVRAL RMEFVSEVQR KVHEARAGV LAERKALKDA AEHRELMAWN QAENRRLHEL RIARLRQEER EQEQRQALEQ ARKAEEVQAW AQRKEREVLQ L QEEVKNFI TRENLEARVE AALDSRKNYN WAITREGLVV RPQRRDS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS26

+
分子 #22: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.669262 KDa
配列文字列: MAASIVRRGM LLARQVVLPQ LSPAGKRYLL SSAYVDSHKW EAREKEHYCL ADLASLMDKT FERKLPVSSL TISRLIDNIS SREEIDHAE YYLYKFRHSP NCWYLRNWTI HTWIRQCLKY DAQDKALYTL VNKVQYGIFP DNFTFNLLMD SFIKKENYKD A LSVVFEVM ...文字列:
MAASIVRRGM LLARQVVLPQ LSPAGKRYLL SSAYVDSHKW EAREKEHYCL ADLASLMDKT FERKLPVSSL TISRLIDNIS SREEIDHAE YYLYKFRHSP NCWYLRNWTI HTWIRQCLKY DAQDKALYTL VNKVQYGIFP DNFTFNLLMD SFIKKENYKD A LSVVFEVM MQEAFEVPST QLLSLYVLFH CLAKKTDFSW EEERNFGASL LLPGLKQKNS VGFSSQLYGY ALLGKVELQQ GL RAVYHNM PLIWKPGYLD RALQVMEKVA ASPEDIKLCR EALDVLGAVL KALTSADGAS EEQSQNDEDN QGSEKLVEQL DIE ETEQSK LPQYLERFKA LHSKLQALGK IESEGLLSLT TQLVKEKLST CEAEDIATYE QNLQQWHLDL VQLIQREQQQ REQA KQEYQ AQKAAKASA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS27

+
分子 #23: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.878846 KDa
配列文字列:
MAALCRTRAV AAESHFLRVF LFFRPFRGVG TESGSESGSS NAKEPKTRAG GFASALERHS ELLQKVEPLQ KGSPKNVESF ASMLRHSPL TQMGPAKDKL VIGRIFHIVE NDLYIDFGGK FHCVCRRPEV DGEKYQKGTR VRLRLLDLEL TSRFLGATTD T TVLEANAV LLGIQESKDS RSKEEHHEK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein bS1m

+
分子 #24: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.634406 KDa
配列文字列: MMLKGITRLI SRIHKLDPGR FLHMGTQARQ SIAAHLDNQV PVESPRAISR TNENDPAKHG DQHEGQHYNI SPQDLETVFP HGLPPRFVM QVKTFSEACL MVRKPALELL HYLKNTSFAY PAIRYLLYGE KGTGKTLSLC HVIHFCAKQD WLILHIPDAH L WVKNCRDL ...文字列:
MMLKGITRLI SRIHKLDPGR FLHMGTQARQ SIAAHLDNQV PVESPRAISR TNENDPAKHG DQHEGQHYNI SPQDLETVFP HGLPPRFVM QVKTFSEACL MVRKPALELL HYLKNTSFAY PAIRYLLYGE KGTGKTLSLC HVIHFCAKQD WLILHIPDAH L WVKNCRDL LQSSYNKQRF DQPLEASTWL KNFKTTNERF LNQIKVQEKY VWNKRESTEK GSPLGEVVEQ GITRVRNATD AV GIVLKEL KRQSSLGMFH LLVAVDGINA LWGRTTLKRE DKSPIAPEEL ALVHNLRKMM KNDWHGGAIV SALSQTGSLF KPR KAYLPQ ELLGKEGFDA LDPFIPILVS NYNPKEFESC IQYYLENNWL QHEKAPTEEG KKELLFLSNA NPSLLERHCA YL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS29

+
分子 #25: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.391473 KDa
配列文字列: MFPRVSTFLP LRPLSRHPLS SGSPETSAAA IMLLTVRHGT VRYRSSALLA RTKNNIQRYF GTNSVICSKK DKQSVRTEET SKETSESQD SEKENTKKDL LGIIKGMKVE LSTVNVRTTK PPKRRPLKSL EATLGRLRRA TEYAPKKRIE PLSPELVAAA S AVADSLPF ...文字列:
MFPRVSTFLP LRPLSRHPLS SGSPETSAAA IMLLTVRHGT VRYRSSALLA RTKNNIQRYF GTNSVICSKK DKQSVRTEET SKETSESQD SEKENTKKDL LGIIKGMKVE LSTVNVRTTK PPKRRPLKSL EATLGRLRRA TEYAPKKRIE PLSPELVAAA S AVADSLPF DKQTTKSELL SQLQQHEEES RAQRDAKRPK ISFSNIISDM KVARSATARV RSRPELRIQF DEGYDNYPGQ EK TDDLKKR KNIFTGKRLN IFDMMAVTKE APETDTSPSL WDVEFAKQLA TVNEQPLQNG FEELIQWTKE GKLWEFPINN EAG FDDDGS EFHEHIFLEK HLESFPKQGP IRHFMELVTC GLSKNPYLSV KQKVEHIEWF RNYFNEKKDI LKESNIQFN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS31

+
分子 #26: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.657776 KDa
配列文字列:
MSSLSEYAFR MSRLSARLFG EVTRPTNSKS MKVVKLFSEL PLAKKKETYD WYPNHHTYAE LMQTLRFLGL YRDEHQDFMD EQKRLKKLR GKEKPKKGEG KRAAKRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS33

+
分子 #27: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.695549 KDa
配列文字列: MARKKVRPRL IAELARRVRA LREQLNRPRD SQLYAVDYET LTRPFSGRRL PVRAWADVRR ESRLLQLLGR LPLFGLGRLV TRKSWLWQH DEPCYWRLTR VRPDYTAQNL DHGKAWGILT FKGKTESEAR EIEHVMYHDW RLVPKHEEEA FTAFTPAPED S LASVPYPP ...文字列:
MARKKVRPRL IAELARRVRA LREQLNRPRD SQLYAVDYET LTRPFSGRRL PVRAWADVRR ESRLLQLLGR LPLFGLGRLV TRKSWLWQH DEPCYWRLTR VRPDYTAQNL DHGKAWGILT FKGKTESEAR EIEHVMYHDW RLVPKHEEEA FTAFTPAPED S LASVPYPP LLRAMIIAER QKNGDTSTEE PMLNVQRIRM EPWDYPAKQE DKGRAKGTPV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS34

+
分子 #28: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial

分子名称: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.898328 KDa
配列文字列: MAAAALPAWL SLQSRARTLR AFSTAVYSAT PVPTPSLPER TPGNERPPRR KALPPRTEKM AVDQDWPSVY PVAAPFKPSA VPLPVRMGY PVKKGVPMAK EGNLELLKIP NFLHLTPVAI KKHCEALKDF CTEWPAALDS DEKCEKHFPI EIDSTDYVSS G PSVRNPRA ...文字列:
MAAAALPAWL SLQSRARTLR AFSTAVYSAT PVPTPSLPER TPGNERPPRR KALPPRTEKM AVDQDWPSVY PVAAPFKPSA VPLPVRMGY PVKKGVPMAK EGNLELLKIP NFLHLTPVAI KKHCEALKDF CTEWPAALDS DEKCEKHFPI EIDSTDYVSS G PSVRNPRA RVVVLRVKLS SLNLDDHAKK KLIKLVGERY CKTTDVLTIK TDRCPLRRQN YDYAVYLLTV LYHESWNTEE WE KSKTEAD MEEYIWENSS SERNILETLL QMKAAEKNME INKEELLGTK EIEEYKKSVV SLKNEEENEN SISQYKESVK RLL NVT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS35

+
分子 #29: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1

分子名称: Coiled-coil-helix-coiled-coil-helix domain-containing protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.409661 KDa
配列文字列:
(AYA)TPSLRGRLA RFGNPRKPVL KPNKPLILAN RVGERRREKG EATCITEMSV MMACWKQNEF RDDACRKEIQ GFLDCA ARA QEARKMRSIQ ETLGESGSLL PNKLNKLLQR FPNKPYLS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS37

+
分子 #30: Aurora kinase A-interacting protein

分子名称: Aurora kinase A-interacting protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 22.395326 KDa
配列文字列: MLLGRLTSQL LRAVPWAGGR PPWPVSGVLG SRVCGPLYST SPAGPGRAAS LPRKGAQLEL EEMLVPRKMS VSPLESWLTA RCFLPRLDT GTAGTVAPPQ SYQCPPSQIG EGAEQGDEGV ADAPQIQCKN VLKIRRRKMN HHKYRKLVKK TRFLRRKVQE G RLRRKQIK ...文字列:
MLLGRLTSQL LRAVPWAGGR PPWPVSGVLG SRVCGPLYST SPAGPGRAAS LPRKGAQLEL EEMLVPRKMS VSPLESWLTA RCFLPRLDT GTAGTVAPPQ SYQCPPSQIG EGAEQGDEGV ADAPQIQCKN VLKIRRRKMN HHKYRKLVKK TRFLRRKVQE G RLRRKQIK FEKDLRRIWL KAGLKEAPEG WQTPKIYLRG K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS38

+
分子 #31: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial

分子名称: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 78.648547 KDa
配列文字列: MAVVSAVRWL GLRSRLGQPL TGRRAGLCEQ ARSCRFYSGS ATLSKVEGTD VTGIEEVVIP KKKTWDKVAV LQALASTVNR DTTAVPYVF QDDPYLMPAS SLESRSFLLA KKSGENVAKF IINSYPKYFQ KDIAEPHIPC LMPEYFEPQI KDISEAALKE R IELRKVKA ...文字列:
MAVVSAVRWL GLRSRLGQPL TGRRAGLCEQ ARSCRFYSGS ATLSKVEGTD VTGIEEVVIP KKKTWDKVAV LQALASTVNR DTTAVPYVF QDDPYLMPAS SLESRSFLLA KKSGENVAKF IINSYPKYFQ KDIAEPHIPC LMPEYFEPQI KDISEAALKE R IELRKVKA SVDMFDQLLQ AGTTVSLETT NSLLDLLCYY GDQEPSTDYH FQQTGQSEAL EEENDETSRR KAGHQFGVTW RA KNNAERI FSLMPEKNEH SYCTMIRGMV KHRAYEQALN LYTELLNNRL HADVYTFNAL IEATVCAINE KFEEKWSKIL ELL RHMVAQ KVKPNLQTFN TILKCLRRFH VFARSPALQV LREMKAIGIE PSLATYHHII RLFDQPGDPL KRSSFIIYDI MNEL MGKRF SPKDPDDDKF FQSAMSICSS LRDLELAYQV HGLLKTGDNW KFIGPDQHRN FYYSKFFDLI CLMEQIDVTL KWYED LIPS AYFPHSQTMI HLLQALDVAN RLEVIPKIWK DSKEYGHTFR SDLREEILML MARDKHPPEL QVAFADCAAD IKSAYE SQP IRQTAQDWPA TSLNCIAILF LRAGRTQEAW KMLGLFRKHN KIPRSELLNE LMDSAKVSNS PSQAIEVVEL ASAFSLP IC EGLTQRVMSD FAINQEQKEA LSNLTALTSD SDTDSSSDSD SDTSEGK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein mS39

+
分子 #32: Translation initiation factor IF-3, mitochondrial

分子名称: Translation initiation factor IF-3, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 32.545461 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAALFLKRLT LQTVKSENSC IRCFGKHILQ KTAPAQLSPI ASAPRLSFLI HAKAFSTAED TQNEGKKIKK NKTAFSNVGR KISQRVIHL FDEKGNDLGN MHRANVIRLM DERDLRLVQR NTSTEPAEYQ LMTGLQILQE RQRLREMEKA NPKTGPTLRK E LILSSNIG ...文字列:
MAALFLKRLT LQTVKSENSC IRCFGKHILQ KTAPAQLSPI ASAPRLSFLI HAKAFSTAED TQNEGKKIKK NKTAFSNVGR KISQRVIHL FDEKGNDLGN MHRANVIRLM DERDLRLVQR NTSTEPAEYQ LMTGLQILQE RQRLREMEKA NPKTGPTLRK E LILSSNIG QHDLDTKTKQ IQQWIKKKHL VQITIKKGKN VDVSENEMEE IFHQILQTMP GIATFSSRPQ AVQGGKALMC VL RALSKNE EKAYKETQET QERDTLNKDH GNDKESNVLH QGLEVLFQ

UniProtKB: Translation initiation factor IF-3, mitochondrial

+
分子 #33: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE

分子名称: NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: NAD
分子量理論値: 663.425 Da
Chemical component information

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

+
分子 #34: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

+
分子 #35: STREPTOMYCIN

分子名称: STREPTOMYCIN / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: SRY
分子量理論値: 581.574 Da
Chemical component information

ChemComp-SRY:
STREPTOMYCIN / ストレプトマイシン / 薬剤, 抗生剤*YM

+
分子 #36: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 60 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #37: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 17 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #38: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #39: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #40: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

+
分子 #41: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 41 / コピー数: 1 / 式: GNP
分子量理論値: 522.196 Da
Chemical component information

ChemComp-GNP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p / GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #42: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 59 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
0.1 MKClPotassium chloride
25.0 mMHEPES-KOH4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid-potassium hydroxide buffer
5.0 mMMg(CH3COO)2Magnesium acetate
0.25 mMC10H17N6O13P35'-Guanylyl imidodiphosphate
0.05 %C24H46O11n-Dodecyl-beta-D-maltopyranoside
グリッド支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
詳細: The grid was coated with 3 nm carbon film prior to use
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 2-20 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13831 / 平均露光時間: 4.0 sec. / 平均電子線量: 1.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.25 µm / 倍率（補正後）: 165000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1103314
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2880

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2) / 使用した粒子像数: 379761
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j9m


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 36
当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6rw4:
Structure of human mitochondrial 28S ribosome in complex with mitochondrial IF3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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