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万見
- EMDB-10003: CryoEM structure of wild-type Turnip Yellows Virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10003
タイトルCryoEM structure of wild-type Turnip Yellows Virus
マップデータsharpened map
試料
  • ウイルス: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major coat protein
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein P3-RTD
キーワードvirus
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell plasmodesma / host cell periplasmic space / T=3 icosahedral viral capsid / viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Potato leaf roll virus readthrough protein / Potato leaf roll virus readthrough protein / Luteovirus group 1 coat protein / Luteovirus coat protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein / Readthrough protein P3-RTD
類似検索 - 構成要素
生物種Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å
データ登録者Trapani S / Lai Kee Him J / Hoh F / Brault V / Bron P
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French Infrastructure for Integrated Structural BiologyANR-10-INSB-05 フランス
引用ジャーナル: Virology / 年: 2025
タイトル: Structure of the turnip yellows virus particles.
著者: Joséphine Lai-Kee-Him / Stefano Trapani / Sylvaine Boissinot / Catherine Reinbold / Chloé Fallet / Aurélie Ancelin / François Lecorre / François Hoh / Véronique Ziegler-Graff / ...著者: Joséphine Lai-Kee-Him / Stefano Trapani / Sylvaine Boissinot / Catherine Reinbold / Chloé Fallet / Aurélie Ancelin / François Lecorre / François Hoh / Véronique Ziegler-Graff / Véronique Brault / Patrick Bron /
要旨: Turnip yellows virus (TuYV) is a plant virus infecting important crops such as oilseed rape. TuYV is phloem-restricted and transmitted by aphids. The capsid contains two subunit types: the major ...Turnip yellows virus (TuYV) is a plant virus infecting important crops such as oilseed rape. TuYV is phloem-restricted and transmitted by aphids. The capsid contains two subunit types: the major capsid protein (CP) and a minor component (RTP∗) which arises from the C-terminal cleavage of a readthrough product (RTP). RTP∗ contains the CP sequence fused with a structured domain, denoted RTD, which is a key determinant of virus transmission. Though both CP and RTP∗ are involved in virus movement and aphid transmission, how RTP∗ is incorporated into the capsid is poorly understood. We present here the structural characterisation, by immunogold labelling and 3D cryo-EM, of the wild-type TuYV and a mutant whose capsid contains the CP only. We show that incorporation of RTP∗ does not impair the capsid structure, and the RTD does not adopt well-defined positions at the capsid surface. The number of incorporated RTP∗s suggests a random insertion.
履歴
登録2019年5月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月5日-
マップ公開2020年7月8日-
更新2025年5月21日-
現状2025年5月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0068
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0068
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10003.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.23 Å/pix.
x 380 pix.
= 465.5 Å		1.23 Å/pix.
x 380 pix.
= 465.5 Å		1.23 Å/pix.
x 380 pix.
= 465.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.225 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0068 / ムービー #1: 0.0068
最小 - 最大-0.030734144 - 0.046095405
平均 (標準偏差)0.00002126763 (±0.0025312488)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 465.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.2251.2251.225
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z465.500465.500465.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.0310.0460.000

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添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_10003_additional.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_10003_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half 1 map

ファイルemd_10003_half_map_1.map
注釈half_1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half 2 map

ファイルemd_10003_half_map_2.map
注釈half_2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Beet western yellows virus-FL1

全体名称: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Major coat protein
    • タンパク質・ペプチド: Minor capsid protein P3-RTD

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超分子 #1: Beet western yellows virus-FL1

超分子名称: Beet western yellows virus-FL1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12043 / 生物種: Beet western yellows virus-FL1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: capsid / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Major coat protein

分子名称: Major coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
配列文字列: MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVF SKDNLAGSSS GAITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS S QNSGSIAY ELDPHCKLNS LSSTINKFGI TKPGKRAFTA SYINGTEWHD ...文字列:
MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVF SKDNLAGSSS GAITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS S QNSGSIAY ELDPHCKLNS LSSTINKFGI TKPGKRAFTA SYINGTEWHD VAEDQFRILY KG NGSSSIA GSFRITIKCQ FHNPK

UniProtKB: Major capsid protein

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分子 #2: Minor capsid protein P3-RTD

分子名称: Minor capsid protein P3-RTD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Beet western yellows virus-FL1 (ウイルス)
配列文字列: MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVF SKDNLAGSSS GAITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS S QNSGSIAY ELDPHCKLNS LSSTINKFGI TKPGKRAFTA SYINGTEWHD ...文字列:
MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVF SKDNLAGSSS GAITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS S QNSGSIAY ELDPHCKLNS LSSTINKFGI TKPGKRAFTA SYINGTEWHD VAEDQFRILY KG NGSSSIA GSFRITIKCQ FHNPKYVDEE PGPSPGPSPS PQPTPQKKYR FIVYTGVPVT RIM AQSTDD AISLYDMPSQ RFRYIEDENM NWTNLDSRWY SQNSLKAIPM IIVPVPQGEW TVEI SMEGY QPTSSTTDPN KDKQDGLIAY NDDLSEGWNV GIYNNVEITN NKADNTLKYG HPDME LNGC HFNQGQCLER DGDLTCHIKT TGDNASFFVV GPAVQKQSKY NYAVSYGAWT DRMMEI GMI AIALDEQGSS GSVKTERPKR VGHSMAVSTW ETIKLPEKGN SEGYETSQRQ DSKTPPT AS GGSDTLDVEE GGLPLPVEEE IPDFVGDNPW SDLSTKNSQE EEAMSSESGL RPQLKPPG L PKPQPIRTIR NFDPTPDLVE AWRPDVNPGY SKADVAAATI IAGGSIKDGR SMIDKRNKA VLDGRKSWGS SLASSLTGGT LKASAKSEKL AKLTTSERAR YERIKRQQGS TRASEFLESL LAGEDPDSR F

UniProtKB: Readthrough protein P3-RTD

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.32 mg/mL
緩衝液pH: 6 / 構成要素 - 濃度: 0.1 mol / L / 構成要素 - 名称: citrate
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.08 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 17316
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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