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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0868 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the AtMLKL2 tetramer | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
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キーワード | Plant MLKLs / Cryo-EM / Tetramer / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein serine/threonine/tyrosine kinase activity / protein kinase activity / signal transduction / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Lisa M / Huang M | |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Cryo-EM structure of the AtMLKL3 tetramer 著者: Lisa M / Huang M / Zhang X / Ryohei TN / Leila BK / Isabel MLS / Florence J / Viera K / Dmitry L / Jane EP / James MM / Kay H / Paul SL / Chai J / Takaki M | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0868.map.gz | 3.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0868-v30.xml emd-0868.xml | 9.1 KB 9.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0868.png | 79 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0868.cif.gz | 5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0868 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0868_validation.pdf.gz | 389.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0868_full_validation.pdf.gz | 389.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0868_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0868_validation.cif.gz | 6.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0868 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0868 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.30654 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Mixed lineage kinase domain-like (MLKL) protein 2
全体 | 名称: Mixed lineage kinase domain-like (MLKL) protein 2 |
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要素 |
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-超分子 #1: Mixed lineage kinase domain-like (MLKL) protein 2
超分子 | 名称: Mixed lineage kinase domain-like (MLKL) protein 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
-分子 #1: Protein kinase family protein
分子 | 名称: Protein kinase family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 66.682531 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AAMEQFRQIG EVLGSLNALM VLQDDILINQ RQCCLLLELF SLAFNTVAEE IRQNLKLEEK HTKWRALEQP LRELTRVFKE GELYVKHCM DNSDWWGKVI NLHQNKDCVE FHIHNLFCYF SAVVEAIEAA GEISGLDPSE MERRRVVFSR KYDREWNDPK M FQWRFGKQ ...文字列: AAMEQFRQIG EVLGSLNALM VLQDDILINQ RQCCLLLELF SLAFNTVAEE IRQNLKLEEK HTKWRALEQP LRELTRVFKE GELYVKHCM DNSDWWGKVI NLHQNKDCVE FHIHNLFCYF SAVVEAIEAA GEISGLDPSE MERRRVVFSR KYDREWNDPK M FQWRFGKQ YLLSRDICSR FEHSWREDRW NLVEALQEKR KSDSDDIGKT EKRLADLLLK KLTGLEQFNG KLFPSSILLG SK DYQVKKR LDADGQYKEI QWLGDSFALR HFFSDLEPLS SEISSLLALC HSNILQYLCG FYDEERKECF LVMELMHKDL QSY MKENCG PRRRYLFSIP VVIDIMLQIA RGMEYLHGND IFHGDLNPMN IHLKERSHTE GYFHAKICGF GLSSVVKAQS SSKP GTPDP VIWYAPEVLA EMEQDLNGKT PKSKLTHKAD VYSFAMVCFE LITGKVPFED SHLQGEPMTI NIRMGERPLF PFPSP KTLV SLIKRCWHSE PSQRPNFSSI CRILRYIKKF LVVNPDHGHP QMQTPLVDCW DLEARFLRKF PGDAGSHTAS VNQIPF QLT SYRVLEKEK UniProtKB: Protein kinase family protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.5625 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1527009 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |