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万見
- EMDB-0851: cryo-EM structure of cyanobacteria NDH-1LdelV complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0851
タイトルcryo-EM structure of cyanobacteria NDH-1LdelV complex
マップデータ
試料
  • 複合体: NDH-1LDelV
    • タンパク質・ペプチド: NDH-1LDelV
生物種Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Zhang C / Shuai J / Wu J / Lei M
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural insights into NDH-1 mediated cyclic electron transfer.
著者: Chunli Zhang / Jin Shuai / Zhaoxing Ran / Jiaohong Zhao / Zhenfang Wu / Rijing Liao / Jian Wu / Weimin Ma / Ming Lei /
要旨: NDH-1 is a key component of the cyclic-electron-transfer around photosystem I (PSI CET) pathway, an important antioxidant mechanism for efficient photosynthesis. Here, we report a 3.2-Å-resolution ...NDH-1 is a key component of the cyclic-electron-transfer around photosystem I (PSI CET) pathway, an important antioxidant mechanism for efficient photosynthesis. Here, we report a 3.2-Å-resolution cryo-EM structure of the ferredoxin (Fd)-NDH-1L complex from the cyanobacterium Thermosynechococcus elongatus. The structure reveals three β-carotene and fifteen lipid molecules in the membrane arm of NDH-1L. Regulatory oxygenic photosynthesis-specific (OPS) subunits NdhV, NdhS and NdhO are close to the Fd-binding site whilst NdhL is adjacent to the plastoquinone (PQ) cavity, and they play different roles in PSI CET under high-light stress. NdhV assists in the binding of Fd to NDH-1L and accelerates PSI CET in response to short-term high-light exposure. In contrast, prolonged high-light irradiation switches on the expression and assembly of the NDH-1MS complex, which likely contains no NdhO to further accelerate PSI CET and reduce ROS production. We propose that this hierarchical mechanism is necessary for the survival of cyanobacteria in an aerobic environment.
履歴
登録2019年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年2月19日-
マップ公開2020年2月19日-
更新2020年2月26日-
現状2020年2月26日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.0126
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0851.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.32 Å/pix.
x 300 pix.
= 396. Å		1.32 Å/pix.
x 300 pix.
= 396. Å		1.32 Å/pix.
x 300 pix.
= 396. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.32 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0126 / ムービー #1: 0.0126
最小 - 最大-0.03478884 - 0.108126074
平均 (標準偏差)0.0002556506 (±0.0019047185)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 396.00003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.321.321.32
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z396.000396.000396.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0350.1080.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NDH-1LDelV

全体名称: NDH-1LDelV
要素
  • 複合体: NDH-1LDelV
    • タンパク質・ペプチド: NDH-1LDelV

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超分子 #1: NDH-1LDelV

超分子名称: NDH-1LDelV / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)

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分子 #1: NDH-1LDelV

分子名称: NDH-1LDelV / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermosynechococcus elongatus BP-1 (バクテリア)
配列文字列: MGRDRIAMES GIDLQGQFIS ALQSLGLSHD LAKLLWLPLP MLMMLIVATV GVLVAVWLER KISAAVQQR IGPEYIGPLG ILAPLADGLK LIFKEDVLPA NSDRWLFTLG PAVVVIPVFL S YIIVPFGQ NLLISNLAMG VFLWIALSSI APIGLLMAGY ASNNKYSLLG ...文字列:
MGRDRIAMES GIDLQGQFIS ALQSLGLSHD LAKLLWLPLP MLMMLIVATV GVLVAVWLER KISAAVQQR IGPEYIGPLG ILAPLADGLK LIFKEDVLPA NSDRWLFTLG PAVVVIPVFL S YIIVPFGQ NLLISNLAMG VFLWIALSSI APIGLLMAGY ASNNKYSLLG GLRAAAQSIS YE IPLALAV LAVAMMSNGL GTVEIVEQQS QYGILSWNVW RQPIGFLVFW IAALAECERL PFD LPEAEE ELVAGYQTEY AGMKFALFYL GAYVNLVLSA LLVSVLYFGG WSFPIPLETI ANLL GVSET NPFLQIAFAV LGITMTLIKA YFFVFLAILL RWTVPRVRID QLLDLGWKFL LPVGL VNLL LTAGLKLAFP VAFGG MDLV TLAGQLNAGT ILPETILIVT LLVVLLADLI QGRQADRWTP YFAIVGLGGA IATMIP LWT QPATISFFGS FISDHLSLFF RGLIALSALG TILMSIRYVE QTGSSLGEFM TILLTAT VG GMFIAGAQEL VFIFVALETL SIASYLLTGY TKRDSRSNEA ALKYLLIGAA SSAIFLYG S SLLYGLSGGH TQLPAIAQAL SSESLGLVVA LVFVIAGISF KISAVPFHQW TPDVYEGAP TPVVAFLSVG SKAAGFALAI RFLTLAFPSV TDQWQLIFTV LAILSMILGN VVALAQTSMK RMLAYSSIG QAGFVMIGFV VGTEAGYASM LFYLLVYLFM NLGAFTCVIL FSLRTGTDQI S EYAGLYQK DPLLTLGLSL CLLSLGGIPP LAGFFGKIYL FWAGWQAGAY GLVLLGLLTS VI SIYYYIR VVKMMVVKEP QEMSEAVRNY PEVSWSSFGL RPLQVGLVMT VIATSLAGIL ANP LFNLVN TAVWDVPQLA NQPTVMEVAY QALSPAGKS MVAIPRLRDT ATVFVLSGYE YFLGFLIICS LVPVLALAAS ALLRPKSGRM IRLTTYESGM EPIGGAWIQ FNVRYYMFAL VFVIFDVETV FLYPWAVAFH QLGLLAFIEA LIFIAILVVA L VYAWRKRA LEWS MSTFP WLTTIILFPI VAALAIPFIP DPTGKGRPIR WYALAVGLID FALIVYAFTN FYDLN TPGM QLWESYDWIP EIGLRWSVGA DGLSMPLILL TGFITTLAIL AAWPVTLKPR LFYFLM LAM YGGQIAVFAV QDMLVFFLAW ELELIPVYLL LAIWGGHKRQ YAATKFILYT AGSSLFI LV AGLAMAFYGD TVSFDMQTLA AKDYALGFQL LVYAGFLVAY GVKLPIVPLH TWLPDAHG E ATAPVHMLLA GILLKMGGYA LIRMNVDMLP AAHAKFAPVL VILGVVNIIY AALTSYAQR NLKRKIAYSS ISHIGFVLIG IASFTNLGMS GAVLQMVSHG LIGASLFFLV GATYDRTHTL ILEEMGGVG QKMKKIFAMF TACSLASLAL PGMSGFVAEL MVFIGFATSD AYSLPFRVIV V FLAAVGVI LTPIYLLSML REIFYGPENK ELVEHEALVD AEPREVFIIA CLLVPIIGIG LY PKLLTQI YDATTGQVIA RAREVLPTLA QQTEQPLGIL PMVAPQLKAN AQ MQLTYVL ILAALLFCIG IYGLVTSRNA VRVLMSIELL LNAVNLNLIG FANYLDGQQI KGQ VFAVFV ITVAAAEAAV GLAIILAIYR NRDTVDMEKF NLLKW MEPL YQYAWLIPVL PLLGALIVGF GLIAFSETTS KLRRPSAIFI MALMAIAMGH SLTLFW SQV QGHLPYTQMI EWAAAGNLHI AMGYVIDPLA ALMLVIVTTV AFLVMLYSDG YMAHDPG YV RFFAYLSLFG SSMLGLVVSP NLVQVYIFWE LVGMCSYLLI GFWYDRKSAA EAAQKAFV T NRVGDFGLLL GMVGLFWATG TFDFAGMGDR LTELVNTGLL SPSLAAILAI LVFLGPVAK SAQFPLHVWL PDAMEGPTPI SALIHAATMV AAGVFLIARM FPVFEQLPQV MTTIAWTGAF TAFMGATIA ITQNDIKKSL AYSTISQLGY MVMGMGVGAY SAGLFHLMTH AYFKAMLFLG S GSVIHSME GVVGHNPDLA QDMRYMGGLR KYMPITGATF LVGCLAISGV PPFAGFWSKD EI LGAVFHA NPAMWLLTWL TAGLTAFYMF RMYFMTFEGK FRNVPPERQE HHDHHSHHAA VPH ESPWTM TLPLVVLAIP STLIGFVGTP FNNLFEVFIH APGEEKVAEH AVDLTEFLIL GGSS VGIGL MGITVAYLMY LKGTPSPQAI AKAIQPLYQF SLHKWYFDEL YEAVFIKGCR RLARQ VLEV DYNVVDGVVN LTGFVTMVTG EGLKYLQNGR AQFYALIVLL AVLGFVIFSV QT MDLATLT QTITFFALAA AVIIAALGVV LLDNVVYSAF LLGGVFLSIA GLYILMNADF VSA AQILIY VGAVNVLILF AIMLVNKRET YTPVPGRWLR QGGAAVVSLG VFALLTKMIL QTPW QLSSV PPTPDSITTI GQHFFSDFLL PFELASVLLL MALIGAVVLA RRELVLEPEP ILGEE VVPP LELPERPREP VALSEK MPK IETRTEPMVI NMGPHHPSMH GVLRLMVTLD GEDVIDCEPV IGYLHRGMEK IAENRTN IM FIPYVSRWDY AAGMFNEAVT VNAPEKLAGI PVPKRASYIR VIMLELNRIA NHLLWLGP F LADVGAQTPF FYIFREREYI YDLFEAATGM RFINNNYFRI GGVAADLTYG WVTKCRDFC DYFLPKVDEY ERLITNNPIF VRRLQGVGKI SREEAINWGL SGPMLRASGV KWDLRKVDHY ECYDDFDWD VPVATEGDCL ARYIVRIQEM RESVKIIRQA LDGLPGGPYE NLEAKRMLEG A KSEWNGFD YQYIGKKLSP TFKIPKGEHY VRVESGKGEL GIYLIGDDNV FPWRWKIRPP DF NNLQVLP QLLKGMKVAD IVAILGSIDV IMGSVDR MK FLNQITNYAK EAVQSAKYIG QGLSVTFDHM RRRPITVQYP YEKLIPSERF RGRIHFEF D KCIACEVCVR VCPINLPVVD WVFNKELKKK ELKHYSIDFG VCIFCANCVE YCPTNCLSV TEEYELATYD RHELNYDSVA MGRIPYKVTQ DPMVTPIREF AYLPAGVMSG HDLPAGAQRA GERPEAIAN TAKSSEN MS DTPEAPIVEA GPVGRLLQSQ NLSVESLGRD ASGVEMIKVD RDRLLAVCQT LYADGFNY L RCQAAYDSGP GQDLVSTYHL IKLSDNADRP PEVRIKVFVP RDDPRVPSVY WIWKTADWQ ERESYDMFGI VYEGHPNLKR ILMPEDWVGW PLRKDYITPD FYELQEAY M TNTTSPAILN PIARPEVPQE LAENIILTSL NDVYDWARLS SLWPLMYGTA CCFIEFAAM IGSRFDFDRF GLVPRNSPRQ ADLIITSGTI TMKMAPALVR LYEQMPSPKY VIAMGACTIT GGMFSSDSY SAVRGVDKLI PVDVYLPGCP PRPEAIMDAI VKLRKKIANE HINERGNLAQ T HRLFTAKH KMKPVPPILT GQYLNAPSRQ APPPALAAAM GIAVPALGEA VSETTSVAE MAVSTELLVL GVYGALAGLY LLVVPAIVYA YLNARWYVAS SFERAFMYFL VTFFFPGLLL LAPFINFRP QPRSLNS ML LKSTTRHVHI YAGHVVDGEV HPDTETLTLN VDPDNELEWN EAALAKVEAK FRELVANA A GEDLTEYNLR RIGSDLEHFI RSLLMQGEIG YNLNSRVRNY SLGIPRVNHS MGLLAGYQF VKDLESAGAL ALFVPPEGGF EGRYQRRLRS KGYTTLPMSA PGLGDLAAYL T QEHGIRPA HTGKEDIRVY FQPPLVTYHL ENLPPNAKGL VLWLIDGKRL SKQEFAYLAQ LT QTLPKFK VVVEVGGDRV VRWEPLADWV AAA MAIKKG DLVKVVAEKL ANSLEALASD HRYPPYLFEG RGEVVDIRGD YAQIKFPVPT PTVW LRLDQ LEVAQ MDAV ISVKPILLAM TPVFILLCLF FGTRNGFYDT DQYHGNGSAH MATDFNRGI MKFDGADSPA MIAISAVLIL GFIAGLIWWA LHTAYA MIR PIADTYPLLP LSKAQMGQRQ EIINSHKRLW DKTMATDLIM TILPGMTVKV TNPNDTY YQ FQGIVQRITD GKVAVLFEGG NWDKLVTFQA SELEPVVVTP KEKAKAKK

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 109984
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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