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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0715 | |||||||||
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タイトル | Tropomyosin of cardiac thin filament in high-calcium state | |||||||||
マップデータ | Tropomyosin in high-calcium state | |||||||||
試料 |
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キーワード | Cardiac thin filament / CONTRACTILE PROTEIN | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Oda T / Yanagisawa H | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of cardiac thin filaments reveal the 3D architecture of troponin. 著者: Toshiyuki Oda / Haruaki Yanagisawa / Takeyuki Wakabayashi / 要旨: Troponin is an essential component of striated muscle and it regulates the sliding of actomyosin system in a calcium-dependent manner. Despite its importance, the structure of troponin has been ...Troponin is an essential component of striated muscle and it regulates the sliding of actomyosin system in a calcium-dependent manner. Despite its importance, the structure of troponin has been elusive due to its high structural heterogeneity. In this study, we analyzed the 3D structures of murine cardiac thin filaments using a cryo-electron microscope equipped with a Volta phase plate (VPP). Contrast enhancement by a VPP enabled us to reconstruct the entire repeat of the thin filament. We determined the orientation of troponin relative to F-actin and tropomyosin, and characterized the interactions between troponin and tropomyosin. This study provides a structural basis for understanding the molecular mechanism of actomyosin system. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0715.map.gz | 47.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0715-v30.xml emd-0715.xml | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0715_fsc.xml | 9.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0715.png | 32.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0715.cif.gz | 4.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0715 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0715 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0715_validation.pdf.gz | 396.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0715_full_validation.pdf.gz | 395.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0715_validation.xml.gz | 10.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0715_validation.cif.gz | 14.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0715 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0715 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6klqMC 0711C 0712C 0714C 0717C 0718C 0796C 0797C 0798C 0799C 0802C 0804C 0805C 0806C 0807C 0808C 6kllC 6klnC 6klpC 6kltC 6kluC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0715.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 70.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tropomyosin in high-calcium state | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Cardiac thin filament
全体 | 名称: Cardiac thin filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Cardiac thin filament
超分子 | 名称: Cardiac thin filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / Organelle: Heart |
-分子 #1: Tropomyosin
分子 | 名称: Tropomyosin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: ICR / 器官: Heart |
分子量 | 理論値: 11.507176 KDa |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.2 |
グリッド | 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 8460 / 平均露光時間: 5.5 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |