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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0573 | |||||||||
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タイトル | HIV-1 vaccine elicited polyclonal BO77 Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2 | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 18.45 Å | |||||||||
![]() | Nogal B / Ward AB | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Slow Delivery Immunization Enhances HIV Neutralizing Antibody and Germinal Center Responses via Modulation of Immunodominance. 著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine ...著者: Kimberly M Cirelli / Diane G Carnathan / Bartek Nogal / Jacob T Martin / Oscar L Rodriguez / Amit A Upadhyay / Chiamaka A Enemuo / Etse H Gebru / Yury Choe / Federico Viviano / Catherine Nakao / Matthias G Pauthner / Samantha Reiss / Christopher A Cottrell / Melissa L Smith / Raiza Bastidas / William Gibson / Amber N Wolabaugh / Mariane B Melo / Benjamin Cossette / Venkatesh Kumar / Nirav B Patel / Talar Tokatlian / Sergey Menis / Daniel W Kulp / Dennis R Burton / Ben Murrell / William R Schief / Steven E Bosinger / Andrew B Ward / Corey T Watson / Guido Silvestri / Darrell J Irvine / Shane Crotty / ![]() ![]() 要旨: Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the ...Conventional immunization strategies will likely be insufficient for the development of a broadly neutralizing antibody (bnAb) vaccine for HIV or other difficult pathogens because of the immunological hurdles posed, including B cell immunodominance and germinal center (GC) quantity and quality. We found that two independent methods of slow delivery immunization of rhesus monkeys (RMs) resulted in more robust T follicular helper (T) cell responses and GC B cells with improved Env-binding, tracked by longitudinal fine needle aspirates. Improved GCs correlated with the development of >20-fold higher titers of autologous nAbs. Using a new RM genomic immunoglobulin locus reference, we identified differential IgV gene use between immunization modalities. Ab mapping demonstrated targeting of immunodominant non-neutralizing epitopes by conventional bolus-immunized animals, whereas slow delivery-immunized animals targeted a more diverse set of epitopes. Thus, alternative immunization strategies can enhance nAb development by altering GCs and modulating the immunodominance of non-neutralizing epitopes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12 KB 12 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 41.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 0569C ![]() 0570C ![]() 0571C ![]() 0572C ![]() 0574C ![]() 0575C ![]() 0576C ![]() 0577C ![]() 0578C ![]() 0579C ![]() 0580C ![]() 0581C ![]() 0582C ![]() 9138C ![]() 9175C ![]() 9176C ![]() 9177C ![]() 9178C ![]() 9179C ![]() 9180C ![]() 9181C ![]() 9182C ![]() 9183C ![]() 9184C ![]() 9185C ![]() 9186C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : HIV-1 vaccine elicited Fab in complex with the HIV Env trimer BG5...
全体 | 名称: HIV-1 vaccine elicited Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2 |
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要素 |
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-超分子 #1: HIV-1 vaccine elicited Fab in complex with the HIV Env trimer BG5...
超分子 | 名称: HIV-1 vaccine elicited Fab in complex with the HIV Env trimer BG505 SOSIPv5.2 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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-超分子 #2: SOSIP trimer
超分子 | 名称: SOSIP trimer / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: Polyclonal Fab
超分子 | 名称: Polyclonal Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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染色 | タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl Formate |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI 12 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6 |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: SIDE ENTRY, EUCENTRIC |