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万見
- EMDB-0442: Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epiderm... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0442
タイトルType III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a
マップデータType III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a, primary map
試料
  • 複合体: Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a
生物種Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Dorsey BW / Mondragon A
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2019
タイトル: Structural organization of a Type III-A CRISPR effector subcomplex determined by X-ray crystallography and cryo-EM.
著者: Bryan W Dorsey / Lei Huang / Alfonso Mondragón /
要旨: Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their associated Cas proteins provide an immune-like response in many prokaryotes against extraneous nucleic acids. CRISPR-Cas ...Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) and their associated Cas proteins provide an immune-like response in many prokaryotes against extraneous nucleic acids. CRISPR-Cas systems are classified into different classes and types. Class 1 CRISPR-Cas systems form multi-protein effector complexes that includes a guide RNA (crRNA) used to identify the target for destruction. Here we present crystal structures of Staphylococcus epidermidis Type III-A CRISPR subunits Csm2 and Csm3 and a 5.2 Å resolution single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstruction of an in vivo assembled effector subcomplex including the crRNA. The structures help to clarify the quaternary architecture of Type III-A effector complexes, and provide details on crRNA binding, target RNA binding and cleavage, and intermolecular interactions essential for effector complex assembly. The structures allow a better understanding of the organization of Type III-A CRISPR effector complexes as well as highlighting the overall similarities and differences with other Class 1 effector complexes.
履歴
登録2018年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年1月16日-
マップ公開2019年2月13日-
更新2019年5月1日-
現状2019年5月1日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0442.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 55.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a, primary map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.24 Å/pix.
x 244 pix.
= 302.56 Å		1.24 Å/pix.
x 244 pix.
= 302.56 Å		1.24 Å/pix.
x 244 pix.
= 302.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.24 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0185 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.027626785 - 0.0711628
平均 (標準偏差)0.00000088811134 (±0.0019536428)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ244244244
Spacing244244244
セルA=B=C: 302.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.241.241.24
M x/y/z244244244
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z302.560302.560302.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS244244244
D min/max/mean-0.0280.0710.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epiderm...

全体名称: Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a
要素
  • 複合体: Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a

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超分子 #1: Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epiderm...

超分子名称: Type III-A CRISPR Effector Subcomplex from Staphylococcus epidermidis RP62a
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Staphylococcus epidermidis RP62A (表皮ブドウ球菌)
分子量実験値: 255 KDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.20 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris
500.0 mMNaClSodium chloride
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: Glow discharged with 15mA.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 99 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4 seconds with +5 force before plunging..

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 3200FS
温度最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: In-column Omega Filter
エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 5.0 µm / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 7 / 実像数: 1037 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 37.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 倍率（補正後）: 40323 / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 30000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 277413
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 107620
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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