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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0407 | |||||||||
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タイトル | Single-particle cryo-EM reconstruction of human methemoglobin using 200 keV, state 1 | |||||||||
マップデータ | Single-particle cryo-EM reconstruction of methemoglobin state 1 (sharpened) | |||||||||
試料 |
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キーワード | heme-binding / hetero-4-mer / globin / OXYGEN TRANSPORT | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma ...nitric oxide transport / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / hemoglobin alpha binding / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / Late endosomal microautophagy / Heme signaling / carbon dioxide transport / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / response to hydrogen peroxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / ficolin-1-rich granule lumen / blood microparticle / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Herzik Jr MA / Wu M | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: High-resolution structure determination of sub-100 kDa complexes using conventional cryo-EM. 著者: Mark A Herzik / Mengyu Wu / Gabriel C Lander / 要旨: Determining high-resolution structures of biological macromolecules amassing less than 100 kilodaltons (kDa) has been a longstanding goal of the cryo-electron microscopy (cryo-EM) community. While ...Determining high-resolution structures of biological macromolecules amassing less than 100 kilodaltons (kDa) has been a longstanding goal of the cryo-electron microscopy (cryo-EM) community. While the Volta phase plate has enabled visualization of specimens in this size range, this instrumentation is not yet fully automated and can present technical challenges. Here, we show that conventional defocus-based cryo-EM methodologies can be used to determine high-resolution structures of specimens amassing less than 100 kDa using a transmission electron microscope operating at 200 keV coupled with a direct electron detector. Our ~2.7 Å structure of alcohol dehydrogenase (82 kDa) proves that bound ligands can be resolved with high fidelity to enable investigation of drug-target interactions. Our ~2.8 Å and ~3.2 Å structures of methemoglobin demonstrate that distinct conformational states can be identified within a dataset for proteins as small as 64 kDa. Furthermore, we provide the sub-nanometer cryo-EM structure of a sub-50 kDa protein. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0407.map.gz | 59.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0407-v30.xml emd-0407.xml | 22 KB 22 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0407_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0407.png | 63 KB | ||
マスクデータ | emd_0407_msk_1.map | 64 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-0407.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_0407_additional.map.gz emd_0407_half_map_1.map.gz emd_0407_half_map_2.map.gz | 48.3 MB 48.4 MB 48.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0407 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0407 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0407_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0407_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0407_validation.xml.gz | 16 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0407_validation.cif.gz | 20.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0407 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0407 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6nbcMC 0406C 0408C 0409C 6nbbC 6nbdC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10250 (タイトル: Human methemoglobin movies obtained using Talos Arctica operating at 200 kV equipped with a K2 Data size: 1.9 TB Data #1: Raw, unaligned movie stacks of human methemoglobin acquired on a Talos Arctica using a K2 direct electron detector [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Single-particle cryo-EM reconstruction of methemoglobin state 1 (sharpened) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.558 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0407_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Single-particle cryo-EM reconstruction of methemoglobin state 1 (unsharpened)...
ファイル | emd_0407_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Single-particle cryo-EM reconstruction of methemoglobin state 1 (unsharpened) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Odd half map
ファイル | emd_0407_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Odd half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Even half map
ファイル | emd_0407_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Even half map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : methemoglobin from human
全体 | 名称: methemoglobin from human |
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要素 |
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-超分子 #1: methemoglobin from human
超分子 | 名称: methemoglobin from human / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: Lyophilized human methemoglobin purchased from Sigma Aldrich |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 64 KDa |
-分子 #1: Hemoglobin subunit alpha
分子 | 名称: Hemoglobin subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.993159 KDa |
配列 | 文字列: VLSPADKTNV KAAWGKVGAH AGEYGAEALE RMFLSFPTTK TYFPHFDLSH GSAQVKGHGK KVADALTNAV AHVDDMPNAL SALSDLHAH KLRVDPVNFK LLSHCLLVTL AAHLPAEFTP AVHASLDKFL ASVSTVLTSK Y UniProtKB: Hemoglobin subunit alpha |
-分子 #2: Hemoglobin subunit beta
分子 | 名称: Hemoglobin subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.459697 KDa |
配列 | 文字列: VHLTPEEKSA VTALWGKVNV DEVGGEALGR LLVVYPWTQR FFESFGDLST PDAVMGNPKV KAHGKKVLGA FSDGLAHLDN LKGTFATLS ELHCDKLHVD PENFRLLGNV LVCVLAHHFG KEFTPPVQAA YQKVVAGVAN ALAH UniProtKB: Hemoglobin subunit beta |
-分子 #3: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEM: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 12 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil, UltrAuFoil, R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 7 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER 詳細: Grids were plasma cleaned using a Solarus plasma cleaner (Gatan, Inc.). | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER 詳細: Sample was manually blotted for 4-5 seconds using Whatman No. 1 filter paper immediately prior to plunge-freezing.. | |||||||||||||||
詳細 | Lyophilized human methemoglobin (Sigma Aldrich) was solubilized. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-44 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1673 / 平均露光時間: 11.0 sec. / 平均電子線量: 69.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 16.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm / 倍率(公称値): 73000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |