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万見
- EMDB-0172: Cryo-EM structure of the archaeal extremophilic internal membrane... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0172
タイトルCryo-EM structure of the archaeal extremophilic internal membrane containing Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2) at 3.78 Angstroms resolution.
マップデータMap derived from RELION postprocessed map. The map was then centred at 0,0,0 and finally used for model refinement.
試料
  • ウイルス: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP4
    • タンパク質・ペプチド: VP7
    • タンパク質・ペプチド: VP7
    • タンパク質・ペプチド: VP7
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: VP16 (vertex complex)
    • タンパク質・ペプチド: GPS III
    • タンパク質・ペプチド: polypeptide stretch (vertex complex)
キーワードsingle vertical beta-barrel virus / archaeal / membrane-containing / quasi-atomic resolution / VIRUS
機能・相同性VP7 / VP4 / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.78 Å
データ登録者Abrescia NG / Santos-Perez I
資金援助 スペイン, フィンランド, 4件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-64541-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSEV-2016-0644 スペイン
Academy of Finland1306833,255342,256518,283072 フィンランド
Other governmentBasque Governament (PRE_2016_2_151) スペイン
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Insight into the Assembly of Viruses with Vertical Single β-barrel Major Capsid Proteins.
著者: David Gil-Carton / Salla T Jaakkola / Diego Charro / Bibiana Peralta / Daniel Castaño-Díez / Hanna M Oksanen / Dennis H Bamford / Nicola G A Abrescia /
要旨: Archaeal viruses constitute the least explored niche within the virosphere. Structure-based approaches have revealed close relationships between viruses infecting organisms from different domains of ...Archaeal viruses constitute the least explored niche within the virosphere. Structure-based approaches have revealed close relationships between viruses infecting organisms from different domains of life. Here, using biochemical and cryo-electron microscopy techniques, we solved the structure of euryarchaeal, halophilic, internal membrane-containing Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2). We show that the density of the two major capsid proteins (MCPs) recapitulates vertical single β-barrel proteins and that disulfide bridges stabilize the capsid. Below, ordered density is visible close to the membrane and at the five-fold vertices underneath the host-interacting vertex complex underpinning membrane-protein interactions. The HHIV-2 structure exemplifies the division of conserved architectural elements of a virion, such as the capsid, from those that evolve rapidly due to selective environmental pressure such as host-recognizing structures. We propose that in viruses with two vertical single β-barrel MCPs the vesicle is indispensable, and membrane-protein interactions serve as protein-railings for guiding the assembly.
履歴
登録2018年8月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月31日-
マップ公開2019年4月3日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6h82
  • 表面レベル: 0.067
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6h82
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0172.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0172.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map derived from RELION postprocessed map. The map was then centred at 0,0,0 and finally used for model refinement.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Y (Sec.)X (Row.)Z (Col.)
1.34 Å/pix.
x 760 pix.
= 1018.4 Å		1.34 Å/pix.
x 760 pix.
= 1018.4 Å		1.34 Å/pix.
x 760 pix.
= 1018.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.067 / ムービー #1: 0.067
最小 - 最大-0.05590476 - 0.16694117
平均 (標準偏差)0.009740791 (±0.015073328)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZXY
Origin-379-379-379
サイズ760760760
Spacing760760760
セルA=B=C: 1018.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z760760760
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1018.4001018.4001018.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-379-379-379
NX/NY/NZ760760760
MAP C/R/S312
start NC/NR/NS-379-379-379
NC/NR/NS760760760
D min/max/mean-0.0560.1670.010

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0172_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Relion post-processed map bfactor -40

ファイルemd_0172_additional.map
注釈Relion post-processed map bfactor -40
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half maps for gold-standard FSC and generation of...

ファイルemd_0172_half_map_1.map
注釈Half maps for gold-standard FSC and generation of both submitted postprocessed maps.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_0172_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Haloarcula hispanica icosahedral virus 2

全体名称: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: VP4
    • タンパク質・ペプチド: VP7
    • タンパク質・ペプチド: VP7
    • タンパク質・ペプチド: VP7
    • タンパク質・ペプチド: Uncharacterized protein
    • タンパク質・ペプチド: VP16 (vertex complex)
    • タンパク質・ペプチド: GPS III
    • タンパク質・ペプチド: polypeptide stretch (vertex complex)

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超分子 #1: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2

超分子名称: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 1154689 / 生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Haloarcula hispanica ATCC 33960 (好塩性)

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分子 #1: VP4

分子名称: VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: http://mit.cicbiogune.int:39000/projects/P2/W1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 25.585746 KDa
配列文字列: QTQEYTINHT GGVLGDSYVT TASNQTSPQR ETAVLSFECP RKFEEINYVG QRDATRFVPR TTESITGSAN DDTVVDLTAN IQPVAGEEV IAEQDYPVAV AYNVTQGVEV DVVDADYAAD TVTLGTNPAD GDEVKVWPIM SDGDVQFRLI NQFGQEEGRV Y PWSTPLYR ...文字列:
QTQEYTINHT GGVLGDSYVT TASNQTSPQR ETAVLSFECP RKFEEINYVG QRDATRFVPR TTESITGSAN DDTVVDLTAN IQPVAGEEV IAEQDYPVAV AYNVTQGVEV DVVDADYAAD TVTLGTNPAD GDEVKVWPIM SDGDVQFRLI NQFGQEEGRV Y PWSTPLYR WHDFPQLKRG REINLHGSAS WSENETLEIL LDAPQALTWE DSDYPRGQYV TTLEQDVEIT L

UniProtKB: VP4

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分子 #2: VP7

分子名称: VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 18.473355 KDa
配列文字列:
PEIGNNGAEK QISLHKGQPF IDTQDVGAAD PNTPAVTIEG PSDYVIAIDA GTPVAPEFRD ANGDKLDPST RVTIQKCDKQ GNPLGDGIV FSDTLGRFEY SKMRSDPDYM RKTTTSLMID EREIVKIFVE VPPNANGMDA DNSRITIGDD TSDYGKAVGI V EHGDLSPA ESKA

UniProtKB: VP7

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分子 #3: VP7

分子名称: VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 18.857811 KDa
配列文字列:
PEIGNNGAEK QISLHKGQPF IDTQDVGAAD PNTPAVTIEG PSDYVIAIDA GTPVAPEFRD ANGDKLDPST RVTIQKCDKQ GNPLGDGIV FSDTLGRFEY SKMRSDPDYM RKTTTSLMID EREIVKIFVE VPPNANGMDA DNSRITIGDD TSDYGKAVGI V EHGDLSPA ESKAVRQ

UniProtKB: VP7

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分子 #4: VP7

分子名称: VP7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 17.347154 KDa
配列文字列:
IGNNGAEKQI SLHKGQPFID TQDVGAADPN TPAVTIEGPS DYVIAIDAGT PVAPEFRDAN GDKLDPSTRV TIQKCDKQGN PLGDGIVFS DTLGRFEYSK MRSDPDYMRK TTTSLMIDER EIVKIFVEVP PNANGMDADN SRITIGDDTS DYGKAVGIVE H G

UniProtKB: VP7

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分子 #5: Uncharacterized protein

分子名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 14.206529 KDa
配列文字列:
QTADGRVGLV PVNSYVTLET DDLDTDEHPV TDAGTVALEP GESAPIVRYD LGQPAAVYAV GATDEANVEY ELKVNNSKTV GGRTNSPLG VLNTPFSFVE KLGGAIPCET AATYWAHYSS DATGTVELAG RMHIEV

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #6: VP16 (vertex complex)

分子名称: VP16 (vertex complex) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 18.485723 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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分子 #7: GPS III

分子名称: GPS III / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 8.954028 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)

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分子 #8: polypeptide stretch (vertex complex)

分子名称: polypeptide stretch (vertex complex) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
分子量理論値: 2.145636 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris-HCL
20.0 mMMgCl2Magnessium clorhide
10.0 mMCaCl2Calcium clorhide
0.5 MNaClsodium clorhide
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 14877
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

3109

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 11446
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 1.4)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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