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万見
- EMDB-0131: HHIV-2 pentameric vertex complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0131
タイトルHHIV-2 pentameric vertex complex
マップデータ
試料
  • 複合体: HHIV-2 spike complex composed of VP9 and putatively of VP16, VP17 and VP2
生物種Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.7 Å
データ登録者Santos-Perez I / Charro D / Gil-Carton D / Azkagorta M / Elortza F / Bamford DH / Oksanen HM / Abrescia NGA
資金援助 スペイン, フィンランド, 4件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2015-64541-R スペイン
Academy of Finland1306833, 255342,256518,283072 フィンランド
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessSEV-2016-0644 スペイン
Other governmentBasque Governament PRE_2016_2_0151 スペイン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structural basis for assembly of vertical single β-barrel viruses.
著者: Isaac Santos-Pérez / Diego Charro / David Gil-Carton / Mikel Azkargorta / Felix Elortza / Dennis H Bamford / Hanna M Oksanen / Nicola G A Abrescia /
要旨: The vertical double β-barrel major capsid protein (MCP) fold, fingerprint of the PRD1-adeno viral lineage, is widespread in many viruses infecting organisms across the three domains of life. The ...The vertical double β-barrel major capsid protein (MCP) fold, fingerprint of the PRD1-adeno viral lineage, is widespread in many viruses infecting organisms across the three domains of life. The discovery of PRD1-like viruses with two MCPs challenged the known assembly principles. Here, we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the archaeal, halophilic, internal membrane-containing Haloarcula californiae icosahedral virus 1 (HCIV-1) and Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (HHIV-2) at 3.7 and 3.8 Å resolution, respectively. Our structures reveal proteins located beneath the morphologically distinct two- and three-tower capsomers and homopentameric membrane proteins at the vertices that orchestrate the positioning of pre-formed vertical single β-barrel MCP heterodimers. The cryo-EM based structures together with the proteomics data provide insights into the assembly mechanism of this type of viruses and into those with membrane-less double β-barrel MCPs.
履歴
登録2018年7月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年3月27日-
マップ公開2019年3月27日-
更新2020年11月4日-
現状2020年11月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0131.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0131.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 384 pix.
= 514.56 Å		1.34 Å/pix.
x 384 pix.
= 514.56 Å		1.34 Å/pix.
x 384 pix.
= 514.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.10049294 - 0.20684582
平均 (標準偏差)-0.0042278017 (±0.007181816)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 514.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z514.560514.560514.560
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-0.1000.207-0.004

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0131_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_0131_additional.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_0131_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_0131_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_0131_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HHIV-2 spike complex composed of VP9 and putatively of VP16, VP17...

全体名称: HHIV-2 spike complex composed of VP9 and putatively of VP16, VP17 and VP2
要素
  • 複合体: HHIV-2 spike complex composed of VP9 and putatively of VP16, VP17 and VP2

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超分子 #1: HHIV-2 spike complex composed of VP9 and putatively of VP16, VP17...

超分子名称: HHIV-2 spike complex composed of VP9 and putatively of VP16, VP17 and VP2
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Haloarcula hispanica icosahedral virus 2 (ウイルス)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC4H11NO3Tris-HCl
20.0 mMMgCl2Magnessium clorhide
10.0 mMCaCl2Calcium Clorhide
0.5 MNaClSodium Clorhide
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 137352
詳細: number of subboxed spike complexes extracted in silico from 2D cryo-images projections of the whole virion.
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 3)
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Reconstructed map
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 詳細: the two halves were extracted randomly / 使用した粒子像数: 58176
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 3
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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