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万見
- EMDB-0085: Template-free detection and classification of microsomal membrane... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0085
タイトルTemplate-free detection and classification of microsomal membrane bound complexes
マップデータTranslocon complex associated with ribosome
試料
  • 複合体: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
生物種Canis lupus familiaris (イヌ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.0 Å
データ登録者Martinez-Sanchez A / Lucic V
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structure of the native Sec61 protein-conducting channel.
著者: Stefan Pfeffer / Laura Burbaum / Pia Unverdorben / Markus Pech / Yuxiang Chen / Richard Zimmermann / Roland Beckmann / Friedrich Förster /
要旨: In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, ...In mammalian cells, secretory and membrane proteins are translocated across or inserted into the endoplasmic reticulum (ER) membrane by the universally conserved protein-conducting channel Sec61, which has been structurally studied in isolated, detergent-solubilized states. Here we structurally and functionally characterize native, non-solubilized ribosome-Sec61 complexes on rough ER vesicles using cryo-electron tomography and ribosome profiling. Surprisingly, the 9-Å resolution subtomogram average reveals Sec61 in a laterally open conformation, even though the channel is not in the process of inserting membrane proteins into the lipid bilayer. In contrast to recent mechanistic models for polypeptide translocation and insertion, our results indicate that the laterally open conformation of Sec61 is the only conformation present in the ribosome-bound translocon complex, independent of its functional state. Consistent with earlier functional studies, our structure suggests that the ribosome alone, even without a nascent chain, is sufficient for lateral opening of Sec61 in a lipid environment.
履歴
登録2018年6月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
マップ公開2019年10月2日-
更新2020年2月12日-
現状2020年2月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0085.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0085.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Translocon complex associated with ribosome
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.62 Å/pix.
x 160 pix.
= 419.2 Å		2.62 Å/pix.
x 160 pix.
= 419.2 Å		2.62 Å/pix.
x 160 pix.
= 419.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.62 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0948
最小 - 最大-0.46913624 - 0.6622267
平均 (標準偏差)0.0016417416 (±0.057052236)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ160160160
Spacing160160160
セルA=B=C: 419.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Translocon complex associated with ribosome, 1st half

ファイルemd_0085_half_map_1.map
注釈Translocon complex associated with ribosome, 1st half
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Translocon complex associated with ribosome, 2nd half

ファイルemd_0085_half_map_2.map
注釈Translocon complex associated with ribosome, 2nd half
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on cani...

全体名称: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
要素
  • 複合体: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles

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超分子 #1: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on cani...

超分子名称: Mammalian ribosome bound to the native protein translocon on canine pancreatic ER vesicles
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: The same sample as the one used for EMD-3068 - 72
由来(天然)生物種: Canis lupus familiaris (イヌ) / 器官: pancreas / Organelle: rough endoplasmic reticulum

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称式
20.0 mMHepes
50.0 mMKCl
2.0 mMMgCl_2

詳細: The same as for EMD-3068 - 72
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 70 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot 3 seconds before plunging..
詳細The same sample was used for EMD-3068 - 72

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細The same as for EMD-3068 - 72
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 0.75 e/Å2 / 詳細: The same as for EMD-3068 - 72
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 22.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用したサブトモグラム数: 1800
抽出トモグラム数: 55 / 使用した粒子像数: 64000 / 参照モデル: None / 手法: Template-free, automatic
詳細: Biological density was traced based on discrete Morse theory (DisPerSE software) and topological persistence. Particles were picked on the lumenal side of microsomes based on geometric ...詳細: Biological density was traced based on discrete Morse theory (DisPerSE software) and topological persistence. Particles were picked on the lumenal side of microsomes based on geometric constraints and classified using affinity propagation clustering.
CTF補正ソフトウェア - 名称: PyTom
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 4000 / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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