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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0040 | |||||||||
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タイトル | Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF (Map 3) | |||||||||
![]() | Globally refined overall NELF-B selected particles PEC map (Map 3). | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Vos SM / Farnung L / Urlaub H / Cramer P | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF. 著者: Seychelle M Vos / Lucas Farnung / Henning Urlaub / Patrick Cramer / ![]() 要旨: Metazoan gene regulation often involves the pausing of RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region. Paused Pol II is stabilized by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor ...Metazoan gene regulation often involves the pausing of RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region. Paused Pol II is stabilized by the protein complexes DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and negative elongation factor (NELF). Here we report the cryo-electron microscopy structure of a paused transcription elongation complex containing Sus scrofa Pol II and Homo sapiens DSIF and NELF at 3.2 Å resolution. The structure reveals a tilted DNA-RNA hybrid that impairs binding of the nucleoside triphosphate substrate. NELF binds the polymerase funnel, bridges two mobile polymerase modules, and contacts the trigger loop, thereby restraining Pol II mobility that is required for pause release. NELF prevents binding of the anti-pausing transcription elongation factor IIS (TFIIS). Additionally, NELF possesses two flexible 'tentacles' that can contact DSIF and exiting RNA. These results define the paused state of Pol II and provide the molecular basis for understanding the function of NELF during promoter-proximal gene regulation. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 49.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 32.7 KB 32.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() ![]() | 9.1 KB 9.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 180.5 KB | ||
マスクデータ | ![]() ![]() ![]() | 64 MB 64 MB 64 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | 6.5 MB 49.3 MB 49.5 MB 49.5 MB 59.9 MB 49.6 MB 49.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Globally refined overall NELF-B selected particles PEC map (Map 3). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2277 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
+マスク #1
+マスク #2
+マスク #3
+追加マップ: Postprocessed/B-factor sharpened NELF-B selected particles PEC map (Map...
+追加マップ: Focused refinement on NELF-ABC.
+追加マップ: Half map 1 for focused refined PEC NELF-B selected particles (Map 3).
+追加マップ: Half map 2 for focused refined PEC NELF-B selected particles (Map 3).
+追加マップ: Postprocessed/B-factor sharpened NELF-B selected particles focused refined PEC...
+ハーフマップ: Half map 1 for globally refined PEC NELF-B...
+ハーフマップ: Half map 2 for globally refined PEC NELF-B...
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試料の構成要素
-全体 : RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)
全体 | 名称: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*) |
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要素 |
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-超分子 #1: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*)
超分子 | 名称: RNA Polymerase II-DSIF-PAF-SPT6 elongation complex (EC*) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#21, #23 |
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分子量 | 理論値: 927.1 KDa |
-超分子 #2: RNA Polymerase II
超分子 | 名称: RNA Polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#9, #11, #10, #12 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-超分子 #3: associated proteins
超分子 | 名称: associated proteins / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #13, #16, #18, #23, #19-#22 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
-超分子 #4: Nucleic acids
超分子 | 名称: Nucleic acids / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #14-#15, #17 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
組換発現 | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 11740 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 46.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 165000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |