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万見
- SASDFL8: GON7, the fifth subunit of human KEOPS, bound to LAGE3-OSGEP (EKC... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFL8
試料GON7, the fifth subunit of human KEOPS, bound to LAGE3-OSGEP (EKC/KEOPS complex subunit:Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase)
  • EKC/KEOPS complex subunit GON7 (protein), GON7, Homo sapiens
  • EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 (protein), LAGE3, Homo sapiens
  • Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase (protein), OSGEP, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA modification in the nucleus and cytosol / nuclear speck / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding ...N6-L-threonylcarbamoyladenine synthase / N(6)-L-threonylcarbamoyladenine synthase activity / EKC/KEOPS complex / tRNA threonylcarbamoyladenosine modification / tRNA modification in the nucleus and cytosol / nuclear speck / nucleolus / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
EKC/KEOPS complex subunit GON7, metazoa / Domain of unknown function (DUF4611) / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase Kae1, archaea and eukaryote / Peptidase M22, conserved site / Glycoprotease family signature. / Kae1/TsaD family / Gcp-like domain / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / EKC/KEOPS complex subunit GON7 / tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用日付: 2019 Dec
タイトル: Defects in t6A tRNA modification due to GON7 and YRDC mutations lead to Galloway-Mowat syndrome
著者: Arrondel C / Missoury S / Snoek R / Patat J / Menara G / Collinet B / Liger D / Durand D / Gribouval O / Boyer O / Buscara L / Martin G / Machuca E / Nevo F / Lescop E / Braun D / Boschat A / ...著者: Arrondel C / Missoury S / Snoek R / Patat J / Menara G / Collinet B / Liger D / Durand D / Gribouval O / Boyer O / Buscara L / Martin G / Machuca E / Nevo F / Lescop E / Braun D / Boschat A / Sanquer S / Guerrera I / Revy P / Parisot M / Masson C / Boddaert N / Charbit M / Decramer S / Novo R / Macher M / Ranchin B / Bacchetta J / Laurent A / Collardeau-Frachon S / van Eerde A / Hildebrandt F / Magen D / Antignac C / van Tilbeurgh H
登録者
  • sophia missoury (I2BC-CNRS, Paris, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #3207
タイプ: atomic / カイ2乗値: 0.308 / P-value: 0.001285
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: GON7, the fifth subunit of human KEOPS, bound to LAGE3-OSGEP (EKC/KEOPS complex subunit:Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase)
試料濃度: 1.48 mg/ml / Entity id: 1759 / 1760 / 1761
バッファ名称: 20 mM MES, 200 mM NaCl, 5 mM β-mercaptoethanol / pH: 6.5
要素 #1759名称: GON7 / タイプ: protein / 記述: EKC/KEOPS complex subunit GON7 / 分子量: 11.682 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9BXV9
配列:
MELLGEYVGQ EGKPQKLRVS CEAPGDGDPF QGLLSGVAQM KDMVTELFDP LVQGEVQHRV AAAPDEDLDG DDEDDAEDEN NIDNRTNFDG PSAKRPKTPS HHHHHH
要素 #1760名称: LAGE3 / タイプ: protein / 記述: EKC/KEOPS complex subunit LAGE3 / 分子量: 14.804 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: 1-143
配列:
MRDADADAGG GADGGDGRGG HSCRGGVDTA AAPAGGAPPA HAPGPGRDAA SAARGSRMRP HIFTLSVPFP TPLEAEIAHG SLAPDAEPHQ RVVGKDLTVS GRILVVRWKA EDCRLLRISV INFLDQLSLV VRTMQRFGPP VSR
要素 #1761名称: OSGEP / タイプ: protein
記述: Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase
分子量: 36.426 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q9NPF4
配列: MPAVLGFEGS ANKIGVGVVR DGKVLANPRR TYVTPPGTGF LPGDTARHHR AVILDLLQEA LTESGLTSQD IDCIAYTKGP GMGAPLVSVA VVARTVAQLW NKPLVGVNHC IGHIEMGRLI TGATSPTVLY VSGGNTQVIA YSEHRYRIFG ETIDIAVGNC LDRFARVLKI ...配列:
MPAVLGFEGS ANKIGVGVVR DGKVLANPRR TYVTPPGTGF LPGDTARHHR AVILDLLQEA LTESGLTSQD IDCIAYTKGP GMGAPLVSVA VVARTVAQLW NKPLVGVNHC IGHIEMGRLI TGATSPTVLY VSGGNTQVIA YSEHRYRIFG ETIDIAVGNC LDRFARVLKI SNDPSPGYNI EQMAKRGKKL VELPYTVKGM DVSFSGILSF IEDVAHRMLA TGECTPEDLC FSLQETVFAM LVEITERAMA HCGSQEALIV GGVGCNVRLQ EMMATMCQER GARLFATDER FCIDNGAMIA QAGWEMFRAG HRTPLSDSGV TQRYRTDEVE VTWRD

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.8 mm
検出器名称: AVIEX PCCD170170 / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: GON7, the fifth subunit of human KEOPS, bound to LAGE3-OSGEP (EKC/KEOPS complex subunit:Probable tRNA N6-adenosine threonylcarbamoyltransferase)
測定日: 2017年5月12日 / セル温度: 15 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 255 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0101 0.5003
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 685 /
MinMax
Q0.0101436 0.400022
P(R) point1 685
R0 115
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: The scattered intensities were displayed on an absolute scale (cm-1) using the scattering of water. SAXS data were normalized to the intensity of the incident beam, averaged and ...コメント: The scattered intensities were displayed on an absolute scale (cm-1) using the scattering of water. SAXS data were normalized to the intensity of the incident beam, averaged and background subtracted using the program US-SOMO. Frames were examined individually and 21 identical frames were averaged and further processed. The corresponding SEC-elution concentration was approximately 0.35 mg/mL. The complex is constituted of one monomer of OSGEP, one monomer of LAGE3 and one monomer of GON7. Molecular mass was obtained using the Bayesian inference approach proposed in PRIMUS/qt, which combines four concentration independent MM estimators: M=59.5 kDa within the credibility interval [57.5-64.5].
実験値StandardPorod
分子量59.5 kDa58.5 kDa57 kDa
体積--91 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.01634 0.01625 2.0E-5
慣性半径, Rg 3.14 nm3.06 nm0.06

MinMax
D-11.5
Guinier point1 58

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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