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万見
- SASDFH8: Glutamate/aspartate import solute-binding protein (DEBP), apo-form -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDFH8
試料Glutamate/aspartate import solute-binding protein (DEBP), apo-form
  • Glutamate/aspartate import solute-binding protein (protein), Escherichia coli (strain K12)
機能・相同性
機能・相同性情報


aspartate binding / L-glutamate transmembrane transport / L-aspartate transmembrane transport / L-aspartate import across plasma membrane / L-glutamate import across plasma membrane / glutamate binding / amino acid transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial periplasmic substrate-binding proteins / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 3 / Solute-binding protein family 3/N-terminal domain of MltF
類似検索 - ドメイン・相同性
Glutamate/aspartate import solute-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
引用日付: 2019 Aug 1
タイトル: Structure-based screening of binding affinities via small-angle X-ray scattering
著者: Chen P / Masiewicz P / Perez K
登録者
  • Po-chia Chen (EMBL, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Heidelberg, Heidelberg, Germany)

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モデル

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試料

試料名称: Glutamate/aspartate import solute-binding protein (DEBP), apo-form
試料濃度: 2.2 mg/ml
バッファ名称: 100 mM NaCl, 20 mM NaPO4, 0.5 mM TCEP / pH: 7.4 / コメント: SEC buffer for PBP experiments
要素 #1755タイプ: protein / 記述: Glutamate/aspartate import solute-binding protein / 分子量: 32.052 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli (strain K12) / 参照: UniProt: P37902
配列: HHHHHHDDAA PAAGSTLDKI AKNGVIVVGH RESSVPFSYY DNQQKVVGYS QDYSNAIVEA VKKKLNKPDL QVKLIPITSQ NRIPLLQNGT FDFECGSTTN NVERQKQAAF SDTIFVVGTR LLTKKGGDIK DFANLKDKAV VVTSGTTSEV LLNKLNEEQK MNMRIISAKD ...配列:
HHHHHHDDAA PAAGSTLDKI AKNGVIVVGH RESSVPFSYY DNQQKVVGYS QDYSNAIVEA VKKKLNKPDL QVKLIPITSQ NRIPLLQNGT FDFECGSTTN NVERQKQAAF SDTIFVVGTR LLTKKGGDIK DFANLKDKAV VVTSGTTSEV LLNKLNEEQK MNMRIISAKD HGDSFRTLES GRAVAFMMDD ALLAGERAKA KKPDNWEIVG KPQSQEAYGC MLRKDDPQFK KLMDDTIAQV QTSGEAEKWF DKWFKNPIPP KNLNMNFELS DEMKALFKEP NDKALN

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実験情報

ビーム設備名称: ESRF BM29 / 地域: Grenoble / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.09919 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2.849 mm
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Glutamate/aspartate import solute-binding protein (DEBP), apo-form
測定日: 2018年9月10日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 2 sec. / フレーム数: 12 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0306 4.9462
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 573 /
MinMax
Q0.101354 2.79976
P(R) point1 573
R0 8.46
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: Free hexahistidine-tagged DEBP after His-Trap and SEC column purification. Sequence assumed based on Clifton et al. 2016, which reports a plasmid containing a direct attachment of N-terminal His tag.
実験値StandardPorod
分子量30.47 kDa30.47 kDa27.5 kDa
体積--44 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I067.28 67.04 0.11
慣性半径, Rg 2.38 nm2.32 nm0.21

MinMax
D-8.46
Guinier point13 111

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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