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万見
- SASDF24: Full-length X-chromosome linked inhibitor of apoptosis protein (XIAP) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDF24
試料Full-length X-chromosome linked inhibitor of apoptosis protein (XIAP)
  • E3 ubiquitin-protein ligase XIAP (protein), Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


endopeptidase regulator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response ...endopeptidase regulator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / regulation of apoptosis involved in tissue homeostasis / positive regulation of protein linear polyubiquitination / regulation of BMP signaling pathway / copper ion homeostasis / regulation of nucleotide-binding domain, leucine rich repeat containing receptor signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 1 signaling pathway / nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / TNFR1-induced proapoptotic signaling / RIPK1-mediated regulated necrosis / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / regulation of innate immune response / positive regulation of type I interferon production / protein K63-linked ubiquitination / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / protein serine/threonine kinase binding / Regulation of PTEN localization / : / positive regulation of protein ubiquitination / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / positive regulation of JNK cascade / Regulation of TNFR1 signaling / RING-type E3 ubiquitin transferase / Regulation of necroptotic cell death / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / regulation of cell population proliferation / regulation of inflammatory response / regulation of apoptotic process / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / neuron apoptotic process / regulation of cell cycle / defense response to bacterium / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) ...XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / : / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase XIAP
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用日付: 2019 Sep 1
タイトル: Conformational characterization of full-length X-chromosome-linked inhibitor of apoptosis protein (XIAP) through an integrated approach
著者: Polykretis P / Luchinat E / Bonucci A / Giachetti A / Graewert M / Svergun D
登録者
  • Melissa Graewert (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2865
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.528 / P-value: 0.000053
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Full-length X-chromosome linked inhibitor of apoptosis protein (XIAP)
試料濃度: 7.5 mg/ml
バッファ名称: Xiap buffer / pH: 7.4 / コメント: 20 mM Tris buffer, 0.5 mM TCEP,
要素 #1534タイプ: protein / 記述: E3 ubiquitin-protein ligase XIAP / 分子量: 56.684 / 分子数: 2 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P98170
配列: MTFNSFEGSK TCVPADINKE EEFVEEFNRL KTFANFPSGS PVSASTLARA GFLYTGEGDT VRCFSCHAAV DRWQYGDSAV GRHRKVSPNC RFINGFYLEN SATQSTNSGI QNGQYKVENY LGSRDHFALD RPSETHADYL LRTGQVVDIS DTIYPRNPAM YSEEARLKSF ...配列:
MTFNSFEGSK TCVPADINKE EEFVEEFNRL KTFANFPSGS PVSASTLARA GFLYTGEGDT VRCFSCHAAV DRWQYGDSAV GRHRKVSPNC RFINGFYLEN SATQSTNSGI QNGQYKVENY LGSRDHFALD RPSETHADYL LRTGQVVDIS DTIYPRNPAM YSEEARLKSF QNWPDYAHLT PRELASAGLY YTGIGDQVQC FCCGGKLKNW EPCDRAWSEH RRHFPNCFFV LGRNLNIRSE SDAVSSDRNF PNSTNLPRNP SMADYEARIF TFGTWIYSVN KEQLARAGFY ALGEGDKVKC FHCGGGLTDW KPSEDPWEQH AKWYPGCKYL LEQKGQEYIN NIHLTHSLEE CLVRTTEKTP SLTRRIDDTI FQNPMVQEAI RMGFSFKDIK KIMEEKIQIS GSNYKSLEVL VADLVNAQKD SMQDESSQTS LQKEISTEEQ LRRLQEEKLC KICMDRNIAI VFVPCGHLVT CKQCAEAVDK CPMCYTVITF KQKIFMS

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Full-length X-chromosome linked inhibitor of apoptosis protein (XIAP)
測定日: 2017年9月15日 / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 15 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0912 5.064
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 686 /
MinMax
Q0.182228 2.07258
P(R) point1 686
R0 12.82
結果
カーブのタイプ: sec /
実験値Porod
分子量115 kDa130 kDa
体積-207 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I016800 16438 32
慣性半径, Rg 3.99 nm3.86 nm0.06

MinMax
D-12.82
Guinier point34 89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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