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万見
- PDB-3g5u: Structure of P-glycoprotein Reveals a Molecular Basis for Poly-Sp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3g5u
タイトルStructure of P-glycoprotein Reveals a Molecular Basis for Poly-Specific Drug Binding
要素Multidrug resistance protein 1a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / P-glycoprotein / multidrug resistance / Pgp / cyclic peptide
機能・相同性
機能・相同性情報


Atorvastatin ADME / Prednisone ADME / hormone transport / cellular response to nonylphenol / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug ...Atorvastatin ADME / Prednisone ADME / hormone transport / cellular response to nonylphenol / cellular response to borneol / response to codeine / response to cyclosporin A / cellular response to mycotoxin / daunorubicin transport / positive regulation of response to drug / terpenoid transport / ceramide floppase activity / negative regulation of sensory perception of pain / positive regulation of establishment of Sertoli cell barrier / regulation of intestinal absorption / cellular response to external biotic stimulus / response to quercetin / response to antineoplastic agent / ceramide translocation / floppase activity / ABC-family proteins mediated transport / establishment of blood-retinal barrier / phosphatidylethanolamine flippase activity / protein localization to bicellular tight junction / phosphatidylcholine floppase activity / xenobiotic transport across blood-brain barrier / response to thyroxine / establishment of blood-brain barrier / intercellular canaliculus / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / export across plasma membrane / P-type phospholipid transporter / cellular response to L-glutamate / response to vitamin A / ABC-type xenobiotic transporter / response to vitamin D / response to glycoside / response to alcohol / response to glucagon / intestinal absorption / ABC-type xenobiotic transporter activity / cellular response to antibiotic / phospholipid translocation / cellular hyperosmotic salinity response / maintenance of blood-brain barrier / cellular response to alkaloid / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / cellular response to dexamethasone stimulus / response to cadmium ion / lactation / response to progesterone / placenta development / cellular response to estradiol stimulus / brush border membrane / female pregnancy / circadian rhythm / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / response to hypoxia / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter ...ABC transporter transmembrane region fold / ABC transporter type 1, transmembrane domain / Type 1 protein exporter / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Up-down Bundle / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / ATP-dependent translocase ABCB1 / ATP-dependent translocase ABCB1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Aller, S.G. / Yu, J. / Ward, A. / Weng, Y. / Chittaboina, S. / Zhuo, R. / Harrell, P.M. / Trinh, Y.T. / Zhang, Q. / Urbatsch, I.L. / Chang, G.
引用ジャーナル: Science / 年: 2009
タイトル: Structure of P-glycoprotein reveals a molecular basis for poly-specific drug binding.
著者: Aller, S.G. / Yu, J. / Ward, A. / Weng, Y. / Chittaboina, S. / Zhuo, R. / Harrell, P.M. / Trinh, Y.T. / Zhang, Q. / Urbatsch, I.L. / Chang, G.
履歴
登録2009年2月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年3月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug resistance protein 1a
B: Multidrug resistance protein 1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)286,13914
ポリマ－283,7322
非ポリマー2,40712
水00
1
A: Multidrug resistance protein 1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,0697
ポリマ－141,8661
非ポリマー1,2046
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Multidrug resistance protein 1a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,0697
ポリマ－141,8661
非ポリマー1,2046
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.542, 115.426, 378.858
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Multidrug resistance protein 1a / MCG1178


分子量: 141865.844 Da / 分子数: 2 / 変異: C952A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Abcb1a, mCG_1178 / 参照: UniProt: Q5I1Y5, UniProt: P21447*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-HG / MERCURY (II) ION


分子量: 200.590 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.27 %
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 17% PEG 350mme, 0.05M tris, 0.04% sodium cholate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.00695, 1.00923
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月16日
放射モノクロメーター: APS mirrors / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.006951
21.009231
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. all: 42800 / Num. obs: 41131 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 48 Å2 / Rsym value: 0.082

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SOLVE位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.8→19.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 148683.32 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.347 4203 10.2 %RANDOM
Rwork0.306 ---
obs0.306 41131 96.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 68.0058 Å2 / ksol: 0.2 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 136.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.56 Å20 Å20 Å2
2--26.39 Å20 Å2
3----26.95 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.93 Å0.76 Å
Luzzati d res low-20 Å
Luzzati sigma a0.98 Å0.82 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18340 0 12 0 18352
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.7
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.15
Refine LS restraints NCSNCS model details: CONSTR
LS精密化 シェル解像度: 3.8→4.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.019 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.486 636 10.4 %
Rwork0.448 5472 -
obs--86.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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