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- SASDEK3: The neutrophil cytosol factor 1 (p47phox) subunit of phagocyte NA... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEK3
試料The neutrophil cytosol factor 1 (p47phox) subunit of phagocyte NADPH oxidase
  • Neutrophil cytosol factor 1 (protein), p47phoxNeutrophil cytosolic factor 1, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


reactive oxygen species biosynthetic process / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / ファゴリソソーム / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / cellular response to testosterone stimulus ...reactive oxygen species biosynthetic process / regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / superoxide-generating NADPH oxidase activator activity / superoxide-generating NAD(P)H oxidase activity / ファゴリソソーム / positive regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / Cross-presentation of particulate exogenous antigens (phagosomes) / NADPH oxidase complex / respiratory burst / cellular response to testosterone stimulus / ROS and RNS production in phagocytes / phosphatidylinositol-3,4-bisphosphate binding / superoxide anion generation / protein targeting to membrane / positive regulation of p38MAPK cascade / superoxide metabolic process / Detoxification of Reactive Oxygen Species / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / RAC2 GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / cellular defense response / RAC1 GTPase cycle / cellular response to cadmium ion / phosphatidylinositol binding / cellular response to glucose stimulus / positive regulation of JNK cascade / cytoplasmic side of plasma membrane / cellular response to reactive oxygen species / VEGFA-VEGFR2 Pathway / SH3 domain binding / electron transfer activity / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / 自然免疫系 / neuronal cell body / 樹状突起 / positive regulation of DNA-templated transcription / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Neutrophil cytosol factor 1 / Neutrophil cytosol factor 1, C-terminal / Neutrophil cytosol factor 1, PBR/AIR / Neutrophil cytosol factor 1, PX domain / Neutrophil cytosol factor 1, first SH3 domain / Neutrophil cytosol factor 1, second SH3 domain / NADPH oxidase subunit p47Phox, C terminal domain / Neutrophil cytosol factor 1, PBR/AIR / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. ...Neutrophil cytosol factor 1 / Neutrophil cytosol factor 1, C-terminal / Neutrophil cytosol factor 1, PBR/AIR / Neutrophil cytosol factor 1, PX domain / Neutrophil cytosol factor 1, first SH3 domain / Neutrophil cytosol factor 1, second SH3 domain / NADPH oxidase subunit p47Phox, C terminal domain / Neutrophil cytosol factor 1, PBR/AIR / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / SH3ドメイン / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3ドメイン
類似検索 - ドメイン・相同性
Neutrophil cytosol factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2019
タイトル: Quantitative live-cell imaging and 3D modeling reveal critical functional features in the cytosolic complex of phagocyte NADPH oxidase.
著者: Cornelia S Ziegler / Leïla Bouchab / Marc Tramier / Dominique Durand / Franck Fieschi / Sophie Dupré-Crochet / Fabienne Mérola / Oliver Nüße / Marie Erard /
要旨: Phagocyte NADPH oxidase produces superoxide anions, a precursor of reactive oxygen species (ROS) critical for host responses to microbial infections. However, uncontrolled ROS production contributes ...Phagocyte NADPH oxidase produces superoxide anions, a precursor of reactive oxygen species (ROS) critical for host responses to microbial infections. However, uncontrolled ROS production contributes to inflammation, making NADPH oxidase a major drug target. It consists of two membranous (Nox2 and p22) and three cytosolic subunits (p40, p47, and p67) that undergo structural changes during enzyme activation. Unraveling the interactions between these subunits and the resulting conformation of the complex could shed light on NADPH oxidase regulation and help identify inhibition sites. However, the structures and the interactions of flexible proteins comprising several well-structured domains connected by intrinsically disordered protein segments are difficult to investigate by conventional techniques such as X-ray crystallography, NMR, or cryo-EM. Here, we developed an analytical strategy based on FRET-fluorescence lifetime imaging (FLIM) and fluorescence cross-correlation spectroscopy (FCCS) to structurally and quantitatively characterize NADPH oxidase in live cells. We characterized the inter- and intramolecular interactions of its cytosolic subunits by elucidating their conformation, stoichiometry, interacting fraction, and affinities in live cells. Our results revealed that the three subunits have a 1:1:1 stoichiometry and that nearly 100% of them are present in complexes in living cells. Furthermore, combining FRET data with small-angle X-ray scattering (SAXS) models and published crystal structures of isolated domains and subunits, we built a 3D model of the entire cytosolic complex. The model disclosed an elongated complex containing a flexible hinge separating two domains ideally positioned at one end of the complex and critical for oxidase activation and interactions with membrane components.
登録者
  • Dominique DURAND (I2BC-CNRS, Paris, France)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2309
タイプ: atomic / カイ2乗値: 1.245
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試料

試料名称: The neutrophil cytosol factor 1 (p47phox) subunit of phagocyte NADPH oxidase
試料濃度: 1.00-4.00
バッファ名称: 50 mM HEPES, 100 mM NaCl, 1 mM EDTA, 2 mM DTT, 5% glycerol
pH: 7.5
要素 #1262名称: p47phoxNeutrophil cytosolic factor 1 / タイプ: protein / 記述: Neutrophil cytosol factor 1 / 分子量: 46.364 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: P14598
配列: GPLGSPNSAR MGDTFIRHIA LLGFEKRFVP SQHYVYMFLV KWQDLSEKVV YRRFTEIYEF HKTLKEMFPI EAGAINPENR IIPHLPAPKW FDGQRAAENR QGTLTEYCST LMSLPTKISR CPHLLDFFKV RPDDLKLPTD NQTKKPETYL MPKDGKSTAT DITGPIILQT ...配列:
GPLGSPNSAR MGDTFIRHIA LLGFEKRFVP SQHYVYMFLV KWQDLSEKVV YRRFTEIYEF HKTLKEMFPI EAGAINPENR IIPHLPAPKW FDGQRAAENR QGTLTEYCST LMSLPTKISR CPHLLDFFKV RPDDLKLPTD NQTKKPETYL MPKDGKSTAT DITGPIILQT YRAIADYEKT SGSEMALSTG DVVEVVEKSE SGWWFCQMKA KRGWIPASFL EPLDSPDETE DPEPNYAGEP YVAIKAYTAV EGDEVSLLEG EAVEVIHKLL DGWWVIRKDD VTGYFPSMYL QKSGQDVSQA QRQIKRGAPP RRSSIRNAHS IHQRSRKRLS QDAYRRNSVR FLQQRRRQAR PGPQSPGSPL EEERQTQRSK PQPAVPPRPS ADLILNRCSE STKRKLASAV CGRIVTD

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.783 mm
検出器名称: AVIEX PCCD170170 / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: Neutrophil cytosol factor 1 (p47phox) subunit of the phagocyte NADPH oxidase
測定日: 2008年4月23日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 2 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0104 0.5004
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 804 /
MinMax
Q0.012963 0.35016
P(R) point1 804
R0 125
結果
カーブのタイプ: extrapolated
実験値StandardStandard errorPorod
分子量47.7 kDa44.1 kDa4 51.1 kDa
体積---76.7 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.03307 0.0003 0.0327 0.0003
慣性半径, Rg 3.32 nm0.03 3.17 nm0.03

MinMaxError
D-12.5 1
Guinier point7 66 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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