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万見
- SASDEJ6: Complex of Epstein-Barr nuclear antigen 2 (EBNA2 Type1, amino aci... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDEJ6
試料Complex of Epstein-Barr nuclear antigen 2 (EBNA2 Type1, amino acids 381-455) and BS69 (Zinc finger MYND domain-containing protein 11: CC-MYND, amino acids 480-602)
  • Epstein-Barr nuclear antigen 2 (protein), EBNA2 Type1, Epstein-Barr virus (strain B95-8)
  • Zinc finger MYND domain-containing protein 11 (protein), BS69 CC-MYND, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host cell cycle progression / host cell nuclear matrix / symbiont-mediated perturbation of host transcription / DNA-templated viral transcription / protein serine/threonine phosphatase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host translation initiation / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / virus-mediated perturbation of host defense response / host cell nucleus / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
Epstein-Barr nuclear antigen 2 / Isoform 1 of Zinc finger MYND domain-containing protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Epstein-Barr virus (strain B95-8) (ヘルペスウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
引用日付: 2018 Nov 6
タイトル: Increased association between Epstein-Barr virus EBNA2 from type 2 strains and the transcriptional repressor BS69 restricts B cell growth
著者: Ponnusamy R / Khatri R / Correia P / Mancini E / Farrell P
登録者
  • Rajesh Ponnusamy (University of Sussex, Brighton, UK)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #2541
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.00 A / カイ2乗値: 1.400 / P-value: 0.000312
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #2549
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 3.00 A / カイ2乗値: 1.400 / P-value: 0.000312
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Complex of Epstein-Barr nuclear antigen 2 (EBNA2 Type1, amino acids 381-455) and BS69 (Zinc finger MYND domain-containing protein 11: CC-MYND, amino acids 480-602)
試料濃度: 9 mg/ml / Entity id: 1341 / 1343
バッファ名称: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl, 2% Sucrose and 1mM TCEP / pH: 7.5
要素 #1341名称: EBNA2 Type1 / タイプ: protein / 記述: Epstein-Barr nuclear antigen 2 / 分子量: 7.831 / 分子数: 2 / 由来: Epstein-Barr virus (strain B95-8) / 参照: UniProt: P12978
配列:
SMPELSPVLG LHQGQGAGDS PTPGPSNAAP VCRNSHTATP NVSPIHEPES HNSPEAPILF PDDWYPPSID PADLD
要素 #1343名称: BS69 CC-MYND / タイプ: protein / 記述: Zinc finger MYND domain-containing protein 11 / 分子量: 15.064 / 分子数: 4 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q15326-1
配列:
DRMKSDHKRE TERVVREALE KLRSEMEEEK RQAVNKAVAN MQGEMDRKCK QVKEKCKEEF VEEIKKLATQ HKQLISQTKK KQWCYNCEEE AMYHCCWNTS YCSIKCQQEH WHAEHKRTCR RKR

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実験情報

ビーム設備名称: Diamond Light Source B21 / 地域: Didcot / 国: UK / 形状: 1 x 5 mm / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4.014 mm
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Complex of Epstein-Barr nuclear antigen 2 (EBNA2 Type1, amino acids 381-455) and BS69 (Zinc finger MYND domain-containing protein 11: CC-MYND, amino acids 480-602)
測定日: 2017年11月29日 / 保管温度: 4 °C / セル温度: 25 °C / 照射時間: 3 sec. / フレーム数: 25 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0103 0.2417
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 674 /
MinMax
Q0.0102666 0.159107
P(R) point1 674
R0 138.3
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: SEC-SAXS was performed using the following parameters: Column type: S200 3.2/300 increase; Flow rate: 0.075 ml/min; Injection volume: 45 µl; Sample injection concentration: 9.0 mg/ml. ...コメント: SEC-SAXS was performed using the following parameters: Column type: S200 3.2/300 increase; Flow rate: 0.075 ml/min; Injection volume: 45 µl; Sample injection concentration: 9.0 mg/ml. The molar ratio of the injected sample components was 1:3 (EBNA2:BS69). The final complex contains four BS69 CC-MYND (2 dimers) with two EBNA2 Type1 (381-455) polypeptides.
実験値Porod
分子量69.4 kDa-
体積-72 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.01062 0.0107 0.0001
慣性半径, Rg 4.65 nm4.57 nm0.08

MinMax
D-13.83
Guinier point29 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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