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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDD85 |
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試料 | PDZK1 Domain 1-4
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機能・相同性 | Protein of unknown function DUF4501 / Domain of unknown function (DUF4501) / membrane => GO:0016020 / Uncharacterized protein C1orf159 機能・相同性情報 |
生物種 | Homo sapiens (ヒト) |
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2018 タイトル: Probing the Architecture of a Multi-PDZ Domain Protein: Structure of PDZK1 in Solution. 著者: Nelly R Hajizadeh / Joanna Pieprzyk / Petr Skopintsev / Ali Flayhan / Dmitri I Svergun / Christian Löw / 要旨: The scaffolding protein PDZK1 has been associated with the regulation of membrane transporters. It contains four conserved PDZ domains, which typically recognize a 3-5-residue long motif at the C ...The scaffolding protein PDZK1 has been associated with the regulation of membrane transporters. It contains four conserved PDZ domains, which typically recognize a 3-5-residue long motif at the C terminus of the binding partner. The atomic structures of the individual domains are available but their spatial arrangement in the full-length context influencing the binding properties remained elusive. Here we report a systematic study of full-length PDZK1 and deletion constructs using small-angle X-ray scattering, complemented with biochemical and functional studies on PDZK1 binding to known membrane protein partners. A hybrid modeling approach utilizing multiple scattering datasets yielded a well-defined, extended, asymmetric L-shaped domain organization of PDZK1 in contrast to a flexible "beads-on-string" model predicted by bioinformatics analysis. The linker regions of PDZK1 appear to play a central role in the arrangement of the four domains underlying the importance of studying scaffolding proteins in their full-length context. |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #1863 | タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.83 / P-value: 0.371417 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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モデル #1864 | タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.50 A / カイ2乗値: 1.200 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
モデル #1885 | タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.15 / P-value: 0.000007 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
-試料
試料 | 名称: PDZK1 Domain 1-4 / 試料濃度: 0.80-6.40 |
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バッファ | 名称: 20mM Hepes 150 NaCl 0.5 mM TCEP / pH: 7.5 |
要素 #1004 | タイプ: protein / 記述: Uncharacterized protein C1orf159 / 分子量: 53.405 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: Q5T2W7 配列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMMTSTFNP RECKLSKQEG QNYGFFLRIE KDTEGHLVRV VEKCSPAEKA GLQDGDRVLR INGVFVDKEE HMQVVDLVRK SGNSVTLLVL DGDSYEKAVK TRVDLKELGQ SQKEQGLSDN ILSPVMNGGV QTWTQPRLCY LVKEGGSYGF ...配列: MHHHHHHSSG VDLGTENLYF QSMMTSTFNP RECKLSKQEG QNYGFFLRIE KDTEGHLVRV VEKCSPAEKA GLQDGDRVLR INGVFVDKEE HMQVVDLVRK SGNSVTLLVL DGDSYEKAVK TRVDLKELGQ SQKEQGLSDN ILSPVMNGGV QTWTQPRLCY LVKEGGSYGF SLKTVQGKKG VYMTDITPQG VAMRAGVLAD DHLIEVNGEN VEDASHEEVV EKVKKSGSRV MFLLVDKETD KRHVEQKIQF KRETASLKLL PHQPRIVEMK KGSNGYGFYL RAGSEQKGQI IKDIDSGSPA EEAGLKNNDL VVAVNGESVE TLDHDSVVEM IRKGGDQTSL LVVDKETDNM YRLAHFSPFL YYQSQELPNG SVKEAPAPTP TSLEVSSPPD TTEEVDHKPK LCRLAKGENG YGFHLNAIRG LPGSFIKEVQ KGGPADLAGL EDEDVIIEVN GVNVLDEPYE KVVDRIQSSG KNVTLLVCGK KAY |
-実験情報
ビーム | 設備名称: PETRA III EMBL P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 4 mm | |||||||||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 2M | |||||||||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: PDZK1 Domain 1-4 / 測定日: 2016年10月28日 / 保管温度: 11 °C / セル温度: 15 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 30 / 単位: 1/nm /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 956 /
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結果 | カーブのタイプ: merged
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