[日本語] English
万見
- SASDD42: Synechocystis fluorescence recovery protein SynFRP.8-109 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD42
試料Synechocystis fluorescence recovery protein SynFRP.8-109
  • Fluorescence recovery protein (protein), FRP, Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa)
機能・相同性Fluorescence recovery protein / Photoprotection regulator fluorescence recovery protein / plasma membrane-derived thylakoid membrane / Fluorescence recovery protein
機能・相同性情報
生物種Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
引用日付: 2018 Mar
タイトル: Functional interaction of low-homology FRPs from different cyanobacteria with Synechocystis OCP
著者: Slonimskiy Y / Maksimov E / Lukashev E / Moldenhauer M / Jeffries C / Svergun D / Friedrich T
登録者
  • Cy M Jeffries (EMBL-Hamburg, European Molecular Biology Laboratory (EMBL) - Hamburg outstation, Notkestraße 85, Geb. 25A, 22607 Hamburg, Deutschland, Germany)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #1705
タイプ: dummy / ソフトウェア: (2.3i) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2 / カイ2乗値: 1.15 / P-value: 0.735192
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1706
タイプ: atomic / ソフトウェア: (07) / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P2
コメント: Model fitted using CRYSOL post SASREF refinement (harmonics = 25; number of points = 256; constant)
カイ2乗値: 1.387 / P-value: 0.000320
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

-
試料

試料名称: Synechocystis fluorescence recovery protein SynFRP.8-109
試料濃度: 5 mg/ml
バッファ名称: 20 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 2 mM dithiothreitol, 3 % v/v glycerol
pH: 7.6
要素 #915名称: FRP / タイプ: protein / 記述: Fluorescence recovery protein / 分子量: 11.625 / 分子数: 2 / 由来: Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) / 参照: UniProt: P74103
配列:
PWSQAETQSA HALFRKAYQR ELDGLLATVQ AQASQITQID DLWKLHDFLS AKRHEIDGKY DDRQSVIIFV FAQLLKEGLV QAEELTFLAA DKQSKIKALA RL

-
実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å
検出器名称: Pilatus 2M
スキャン
タイトル: Synechocystis fluorescence recovery protein FRP.8-109
測定日: 2017年9月1日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 3600 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.127 3.8691
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 1357 /
MinMax
Q0.127035 3.8691
P(R) point1 1357
R0 10.5
結果
カーブのタイプ: single_conc
コメント: The experimental MW quoted above is derived from the average value obtained from MALLS (28 kda), MW from Porod volume (23 kDa), MW from the volume of correlation (23 kDa) and from the ...コメント: The experimental MW quoted above is derived from the average value obtained from MALLS (28 kda), MW from Porod volume (23 kDa), MW from the volume of correlation (23 kDa) and from the method of Fischer et al, SAXSMOW (30 kDa). The hydrodynamic radius obtained from DLS is 2.86 nm. Additional GASBOR models, with spatial alignments and the NSD estimate can be located in the full entry zip archive.
実験値StandardPorod
分子量26 kDa26 kDa23 kDa
体積--36 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.01667 0.01643 3.0E-5
慣性半径, Rg 2.909 nm2.76 nm0.02

MinMax
D-10.5
Guinier point1 125

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る