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万見
- SASDCU7: TRIP18(7.5R)SN-f5 (TRIP18SN) -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDCU7
試料TRIP18(7.5R)SN-f5
  • TRIP18(7.5R)SN-f5 (protein), TRIP18SN, synthetic construct
生物種synthetic construct (人工物)
引用ジャーナル: Nat Biotechnol / 年: 2017
タイトル: Design of coiled-coil protein-origami cages that self-assemble in vitro and in vivo.
著者: Ajasja Ljubetič / Fabio Lapenta / Helena Gradišar / Igor Drobnak / Jana Aupič / Žiga Strmšek / Duško Lainšček / Iva Hafner-Bratkovič / Andreja Majerle / Nuša Krivec / Mojca Benčina ...著者: Ajasja Ljubetič / Fabio Lapenta / Helena Gradišar / Igor Drobnak / Jana Aupič / Žiga Strmšek / Duško Lainšček / Iva Hafner-Bratkovič / Andreja Majerle / Nuša Krivec / Mojca Benčina / Tomaž Pisanski / Tanja Ćirković Veličković / Adam Round / José María Carazo / Roberto Melero / Roman Jerala /
要旨: Polypeptides and polynucleotides are natural programmable biopolymers that can self-assemble into complex tertiary structures. We describe a system analogous to designed DNA nanostructures in which ...Polypeptides and polynucleotides are natural programmable biopolymers that can self-assemble into complex tertiary structures. We describe a system analogous to designed DNA nanostructures in which protein coiled-coil (CC) dimers serve as building blocks for modular de novo design of polyhedral protein cages that efficiently self-assemble in vitro and in vivo. We produced and characterized >20 single-chain protein cages in three shapes-tetrahedron, four-sided pyramid, and triangular prism-with the largest containing >700 amino-acid residues and measuring 11 nm in diameter. Their stability and folding kinetics were similar to those of natural proteins. Solution small-angle X-ray scattering (SAXS), electron microscopy (EM), and biophysical analysis confirmed agreement of the expressed structures with the designs. We also demonstrated self-assembly of a tetrahedral structure in bacteria, mammalian cells, and mice without evidence of inflammation. A semi-automated computational design platform and a toolbox of CC building modules are provided to enable the design of protein cages in any polyhedral shape.
登録者
  • Jana Aupic (National Institute of Chemistry, Slovenia)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1584
タイプ: atomic / ソフトウェア: (9.16) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: The model contributes 76% to the observed scattering curve.
カイ2乗値: 0.96
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1585
タイプ: atomic / ソフトウェア: (9.16) / ダミー原子の半径: 1.90 A
コメント: The model contributes 24% to the observed scattering curve.
カイ2乗値: 0.96
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: TRIP18(7.5R)SN-f5 / 試料濃度: 0.40-4.10
バッファ名称: 20 mM Tris 150 mM NaCl 10% glycerol / pH: 7.5
要素 #807名称: TRIP18SN / タイプ: protein / 記述: TRIP18(7.5R)SN-f5 / 分子量: 81.866 / 分子数: 1 / 由来: synthetic construct
配列: MSPEDENSQL EEKISQLKQK NSELKEEIQQ LEYGSGPGLE QIEERLEQIE ERLQAKEWEK AQLREELQAL REKLAQLGSG PGSPEDEIRQ LEQENSQLER ENQRLEQEIY QLERGSGPGS PEDKNSELKE EIQQLEEENQ QLEEKISELK YGSGPGSRMK QLEDKVEELL ...配列:
MSPEDENSQL EEKISQLKQK NSELKEEIQQ LEYGSGPGLE QIEERLEQIE ERLQAKEWEK AQLREELQAL REKLAQLGSG PGSPEDEIRQ LEQENSQLER ENQRLEQEIY QLERGSGPGS PEDKNSELKE EIQQLEEENQ QLEEKISELK YGSGPGSRMK QLEDKVEELL SKNYHLENEV ERLKKLVGSG PGLEEELKQL EEELQAIEEQ LAQLQWKAQA RKEKLAQLKE KLGSGPGSPE DENQSLEQKN SQLKQEISQL EQEIQQLEYG SGPGLEQIEE RLEQIEERLQ AKEWEKAQLR EELQALREKL AQLGSGPGSR MKQLEDKVEE LLSKNYHLEN EVERLKKLVG SGPGSPEDEI QQLEEEISQL EQKNSELKEK NQELKYGSGP GSPEDENQSL EQEISQLEQE IQQLEQKNSE LKYGSGPGSP EDKNSQLKEE NSQLEEKIEQ LKEKIQELKY GSGPGSPEDK IEELKEKNSQ LKEKNEELKQ KIYELKEGSG PGDIEQELER AKESIRRLEQ EVNQERSRMQ YLQTLLEKGS GPGSPEDKNE QLKEKISELK EKIEQLKEEN QSLEYGSGPG LEEELKQLEE ELQAIEEQLA QLQWKAQARK EKLAQLKEKL GSGPGSPEDK ISQLKEKIQQ LKQENQQLEE ENSQLEYGSG PGDIEQELER AKESIRRLEQ EVNQERSRMQ YLQTLLEKLE HHHHHHHH

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実験情報

ビーム設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.124 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 2 mm
検出器名称: Pilatus 1M-W / Pixsize x: 0.172 mm
スキャン
タイトル: TRIP18(7.5R)SN-f5 / 測定日: 2016年6月10日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 0.045 sec. / フレーム数: 20 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.1436 6.7156
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 342 /
MinMax
Q0.143594 2.00183
P(R) point1 342
R0 14.51
結果
カーブのタイプ: merged
実験値StandardStandard errorPorod
分子量92 kDa92 kDa1 123 kDa
体積---210 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I012430 40 12523.6 131
慣性半径, Rg 4.19 nm0.02 4.23 nm0.1

MinMaxError
D-14.51 2
Guinier point1 15 -

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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