[日本語] English
万見
- SASDC84: parDE-like toxin-antitoxin module, EcPaaA2_13-63-HisEcParE2 construct -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDC84
試料parDE-like toxin-antitoxin module, EcPaaA2_13-63-HisEcParE2 construct
  • Plasmid stabilization protein ParE (protein), ParE2, Escherichia coli
  • Uncharacterized protein (protein), PaaA2, Escherichia coli O157:H7 str. SS52
機能・相同性: / ParE toxin of type II toxin-antitoxin system, parDE / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin family / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / Plasmid stabilization protein ParE / :
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Escherichia coli O157:H7 str. SS52 (大腸菌)
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2016
タイトル: A unique hetero-hexadecameric architecture displayed by the Escherichia coli O157 PaaA2-ParE2 antitoxin-toxin complex.
著者: Yann G-J Sterckx / Thomas Jové / Alexander V Shkumatov / Abel Garcia-Pino / Lieselotte Geerts / Maia De Kerpel / Jurij Lah / Henri De Greve / Laurence Van Melderen / Remy Loris /
要旨: Many bacterial pathogens modulate their metabolic activity, virulence and pathogenicity through so-called "toxin-antitoxin" (TA) modules. The genome of the human pathogen Escherichia coli O157 ...Many bacterial pathogens modulate their metabolic activity, virulence and pathogenicity through so-called "toxin-antitoxin" (TA) modules. The genome of the human pathogen Escherichia coli O157 contains two three-component TA modules related to the known parDE module. Here, we show that the toxin EcParE2 maps in a branch of the RelE/ParE toxin superfamily that is distinct from the branches that contain verified gyrase and ribosome inhibitors. The structure of EcParE2 closely resembles that of Caulobacter crescentus ParE but shows a distinct pattern of conserved surface residues, in agreement with its apparent inability to interact with GyrA. The antitoxin EcPaaA2 is characterized by two α-helices (H1 and H2) that serve as molecular recognition elements to wrap itself around EcParE2. Both EcPaaA2 H1 and H2 are required to sustain a high-affinity interaction with EcParE2 and for the inhibition of EcParE2-mediated killing in vivo. Furthermore, evidence demonstrates that EcPaaA2 H2, but not H1, determines specificity for EcParE2. The initially formed EcPaaA2-EcParE2 heterodimer then assembles into a hetero-hexadecamer, which is stable in solution and is formed in a highly cooperative manner. Together these findings provide novel data on quaternary structure, TA interactions and activity of a hitherto poorly characterized family of TA modules.
登録者
  • Alexander Shkumatov (VUB, Vrije Universiteit Brussel, Pleinlaan 2 1050 Brussel)

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
モデル

モデル #1318
タイプ: atomic / ソフトウェア: (r4556/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.760
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1319
タイプ: atomic / ソフトウェア: (r4556/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.760
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1320
タイプ: atomic / ソフトウェア: (r8972/NA) / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 0.760
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

-
試料

試料名称: parDE-like toxin-antitoxin module, EcPaaA2_13-63-HisEcParE2 construct
試料濃度: 12 mg/ml / Entity id: 702 / 704
バッファ名称: 50 mM Tris-HCl, 500 mM NaCl / pH: 7.5
要素 #702名称: ParE2 / タイプ: protein / 記述: Plasmid stabilization protein ParE / 分子量: 12.596 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli / 参照: UniProt: A0A0D7C2L1
配列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH LPVLWLESAD TDLDDITSYI ARFDIDAAER LWQRLRGCVL PLSEHPYLYP PSDRVPGLRE IVAHPNYIIL YRVTTSSVEV VNVIHARRQF
要素 #704名称: PaaA2 / タイプ: protein / 記述: Uncharacterized protein / 分子量: 6.231 / 分子数: 1 / 由来: Escherichia coli O157:H7 str. SS52 / 参照: UniProt: A0A0F6F6Q9
配列:
METIEQENSY NEWLRAKVAT SLADPRPAIP HDEVERRMAE RFAKMRKERS KQ

-
実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.103 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.82 mm
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: parDE-like toxin-antitoxin module, EcPaaA2_13-63-HisEcParE2 construct
測定日: 2012年2月5日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 0.75 sec. / フレーム数: 250 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.0238 0.4003
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 667 /
MinMax
Q0.0237825 0.400256
P(R) point1 667
R0 91.5
結果
カーブのタイプ: other /
実験値Porod
分子量21.3 kDa21 kDa
体積-35.7 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I00.02 0.01 0.0213863 0.01
慣性半径, Rg 2.243 nm0.006 2.158 nm0.004

MinMaxError
D-9.3 0.5
Guinier point1 52 -

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る