+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5cw7 | ||||||
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Title | Crystal structure of the PaaA2-ParE2 antitoxin-toxin complex | ||||||
Components |
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Keywords | TOXIN / toxin-antitoxin | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Escherichia coli O157 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.827 Å | ||||||
Authors | Sterckx, Y.G.-J. / Loris, R. | ||||||
Funding support | Belgium, 1items
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Citation | Journal: J Mol Biol / Year: 2016 Title: A unique hetero-hexadecameric architecture displayed by the Escherichia coli O157 PaaA2-ParE2 antitoxin-toxin complex. Authors: Yann G-J Sterckx / Thomas Jové / Alexander V Shkumatov / Abel Garcia-Pino / Lieselotte Geerts / Maia De Kerpel / Jurij Lah / Henri De Greve / Laurence Van Melderen / Remy Loris / Abstract: Many bacterial pathogens modulate their metabolic activity, virulence and pathogenicity through so-called "toxin-antitoxin" (TA) modules. The genome of the human pathogen Escherichia coli O157 ...Many bacterial pathogens modulate their metabolic activity, virulence and pathogenicity through so-called "toxin-antitoxin" (TA) modules. The genome of the human pathogen Escherichia coli O157 contains two three-component TA modules related to the known parDE module. Here, we show that the toxin EcParE2 maps in a branch of the RelE/ParE toxin superfamily that is distinct from the branches that contain verified gyrase and ribosome inhibitors. The structure of EcParE2 closely resembles that of Caulobacter crescentus ParE but shows a distinct pattern of conserved surface residues, in agreement with its apparent inability to interact with GyrA. The antitoxin EcPaaA2 is characterized by two α-helices (H1 and H2) that serve as molecular recognition elements to wrap itself around EcParE2. Both EcPaaA2 H1 and H2 are required to sustain a high-affinity interaction with EcParE2 and for the inhibition of EcParE2-mediated killing in vivo. Furthermore, evidence demonstrates that EcPaaA2 H2, but not H1, determines specificity for EcParE2. The initially formed EcPaaA2-EcParE2 heterodimer then assembles into a hetero-hexadecamer, which is stable in solution and is formed in a highly cooperative manner. Together these findings provide novel data on quaternary structure, TA interactions and activity of a hitherto poorly characterized family of TA modules. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5cw7.cif.gz | 516.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5cw7.ent.gz | 447.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5cw7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cw7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cw7 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 8661.044 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O157 (bacteria) / Gene: SS52_2228 / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0F6F6Q9, UniProt: Q8XAD5*PLUS #2: Protein | Mass: 11791.259 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli O157 (bacteria) / Gene: relE2 / Plasmid: pET21b / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A0A0D7C2L1, UniProt: A0A0H3JHG3*PLUS #3: Chemical | ChemComp-GOL / #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.84 Å3/Da / Density % sol: 56.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.1 Details: 100 mM magnesium chloride, 100 mM MES pH 6.1, 8% PEG 6000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SOLEIL / Beamline: PROXIMA 1 / Wavelength: 0.97911 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: May 24, 2013 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97911 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.827→49.37 Å / Num. obs: 42331 / % possible obs: 99.82 % / Redundancy: 25.7 % / Rsym value: 0.142 / Net I/σ(I): 23.91 |
Reflection shell | Resolution: 2.827→2.928 Å / Rsym value: 0.85 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.827→49.369 Å / SU ML: 0.3 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / Phase error: 22.66 / Stereochemistry target values: MLHL
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.827→49.369 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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