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万見
- SASDBY4: Pentameric Nucleoplasmin-histone H2A/H2B complex (Nucleoplasmin c... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDBY4
試料Pentameric Nucleoplasmin-histone H2A/H2B complex
  • Nucleoplasmin core + A2 (protein), Npm core, Xenopus laevis
  • Histone H2A (ΔAla127) (protein), 2HA, Xenopus laevis
  • Histone H2B 1.1 (Ser33Thr) (protein), H2B, Xenopus laevis
機能・相同性
機能・相同性情報


structural constituent of chromatin / heterochromatin formation / nucleosome / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A ...: / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 domain / Histone-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H2B 1.1 / Histone H2A / :
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
引用日付: 2017 Dec
タイトル: Dynamic intramolecular regulation of the histone chaperone nucleoplasmin controls histone binding and release
著者: Warren C / Matsui T / Karp J / Onikubo T / Cahill S / Brenowitz M / Cowburn D / Girvin M
登録者
  • Tsutomu Matsui
  • Christopher Warren
  • Jerome Karp
  • Takashi Onikubo
  • Sean Cahill
  • David Cowburn
  • Michael Brenowitz
  • Mark Girvin
  • David Shechter

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #546
タイプ: dummy / ソフトウェア: (r6345) / ダミー原子の半径: 5.75 A / 対称性: P5 / カイ2乗値: 1.580
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1701
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P5 / カイ2乗値: 1.43
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1702
タイプ: mix / ダミー原子の半径: 1.90 A / 対称性: P5 / カイ2乗値: 1.26 / P-value: 0.000139
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Pentameric Nucleoplasmin-histone H2A/H2B complex / Entity id: 348 / 349 / 350
バッファ名称: 20 mM Tris 150mM NaCl 1mM EDTA 5mM DTT / 濃度: 20.00 mM / pH: 8 / 組成: 150mM NaCl, 1mM EDTA, 5mM DTT
要素 #348名称: Npm core / タイプ: protein / 記述: Nucleoplasmin core + A2 / 分子量: 16.165 / 分子数: 5 / 由来: Xenopus laevis / 参照: UniProt: Q6NUC7
配列:
ASTASNTSKV EKPVSLIWGC ELNEQNKTFA FKIEDEEEKC EHQLALRTVC LGDKAKDEFH IVEIVTQEEG KEKPVPIASL KPSILPMATM VGIELTPPVT FRLKAGSGPV YISGQHVAME EDYSWAEEED EGEEEEEEEE DPESP
要素 #349名称: 2HA / タイプ: protein / 記述: Histone H2A (ΔAla127) / 分子量: 13.879 / 分子数: 5 / 由来: Xenopus laevis / 参照: UniProt: Q6AZJ8
配列:
SGRGKQGGKT RAKAKTRSSR AGLQFPVGRV HRLLRKGNYA ERVGAGAPVY LAAVLEYLTA EILELAGNAA RDNKKTRIIP RHLQLAVRND EELNKLLGRV TIAQGGVLPN IQSVLLPKKT ESSKSKSK
要素 #350名称: H2B / タイプ: protein / 記述: Histone H2B 1.1 (Ser33Thr) / 分子量: 13.494 / 分子数: 5 / 由来: Xenopus laevis / 参照: UniProt: P02281
配列:
AKSAPAPKKG SKKAVTKTQK KDGKKRRKTR KESYAIYVYK VLKQVHPDTG ISSKAMSIMN SFVNDVFERI AGEASRLAHY NKRSTITSRE IQTAVRLLLP GELAKHAVSE GTKAVTKYTS AK

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実験情報

ビーム設備名称: Stanford Synchrotron Radiation Lightsource (SSRL) BL4-2
地域: Stanford, CA / 国: USA / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1127 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.7 mm
検出器名称: Rayonix MX225-HE
スキャン
タイトル: Pentameric Nucleoplasmin-histone H2A/H2B complex
測定日: 2016年1月7日 / 保管温度: 20 °C / セル温度: 20 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 55 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.16 2.9936
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 172 /
MinMax
Q0.02057 0.1769
P(R) point1 172
R0 140
結果
カーブのタイプ: merged
コメント: The models displayed for this entry are: Top: ab initio bead model representation (derived from individual reconstructions (example fit shown), aligned, spatially averaged and volume- ...コメント: The models displayed for this entry are: Top: ab initio bead model representation (derived from individual reconstructions (example fit shown), aligned, spatially averaged and volume-occupancy corrected): Middle: The best CORAL model using the major A2 site (site #1) of A2:H2A/H2B complex as a starting structure (See Figure 5D in the primary citation). Lacking fragments reconstructed by the program CORAL are shown as spheres. Bottom: The best CORAL model using the minor A2 site (site #2) of A2:H2A/H2B complex as a starting structure (See Figure 5D in the primary citation). Lacking fragments reconstructed by the program CORAL are shown as spheres.
実験値Porod errorPorod
分子量251 kDa251 -
体積--402 nm3

P(R)P(R) errorGuinierGuinier error
前方散乱 I02822 8 2875.52 14.75
慣性半径, Rg 4.32 nm0.01 4.39 nm0.03

MinMax
D-14
Guinier point1 16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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