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- PDB-5j84: Crystal structure of L-arabinonate dehydratase in holo-form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j84
タイトルCrystal structure of L-arabinonate dehydratase in holo-form
要素Dihydroxy-acid dehydratase
キーワードLYASE / L-arabinonate dehydratase / L-arabonate dehydratase / pentonate dehydratase / 2Fe2S cluster
機能・相同性
機能・相同性情報


L-arabinonate dehydratase / D-fuconate dehydratase / D-fuconate dehydratase activity / L-arabinonate dehydratase activity / galactonate dehydratase / galactonate dehydratase activity / arabinose catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase / IlvD/EDD, N-terminal domain / Dihydroxy-acid dehydratase, C-terminal / Dihydroxy-acid/6-phosphogluconate dehydratase N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / L-arabinonate dehydratase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Rahman, M.M. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N.
資金援助 フィンランド, 2件
組織認可番号国
Finnish Academy256937 フィンランド
Finnish Academy263931 フィンランド
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: The Crystal Structure of a Bacterial l-Arabinonate Dehydratase Contains a [2Fe-2S] Cluster.
著者: Rahman, M.M. / Andberg, M. / Thangaraj, S.K. / Parkkinen, T. / Penttila, M. / Janis, J. / Koivula, A. / Rouvinen, J. / Hakulinen, N.
履歴
登録2016年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年6月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dihydroxy-acid dehydratase
B: Dihydroxy-acid dehydratase
C: Dihydroxy-acid dehydratase
D: Dihydroxy-acid dehydratase
E: Dihydroxy-acid dehydratase
F: Dihydroxy-acid dehydratase
G: Dihydroxy-acid dehydratase
H: Dihydroxy-acid dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)512,47324
ポリマ－510,8728
非ポリマー1,60116
水31,9051771
1
A: Dihydroxy-acid dehydratase
B: Dihydroxy-acid dehydratase
C: Dihydroxy-acid dehydratase
D: Dihydroxy-acid dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,23612
ポリマ－255,4364
非ポリマー8018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23430 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area63270 Å2
手法PISA
2
E: Dihydroxy-acid dehydratase
F: Dihydroxy-acid dehydratase
G: Dihydroxy-acid dehydratase
H: Dihydroxy-acid dehydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)256,23612
ポリマ－255,4364
非ポリマー8018
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23570 Å2
ΔGint-194 kcal/mol
Surface area63550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.070, 208.610, 147.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Dihydroxy-acid dehydratase


分子量: 63858.938 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Gram-negative bacteria
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (strain WSM2304) (根粒菌)
株: WSM2304 / 遺伝子: Rleg2_2909 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B5ZZ34, dihydroxy-acid dehydratase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Mg / 詳細: Gram-negative bacteria
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
遺伝子: 6981653 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Fe2S2 / 詳細: Gram-negative bacteria
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. trifolii (根粒菌)
遺伝子: 6981653 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1771 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 62 % / 解説: 3D-Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4 M Sodium formate, 0.1 M MES pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月15日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→40 Å / Num. obs: 246940 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GP4

2gp4


解像度: 2.4→39.889 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1853 12487 5.06 %
Rwork0.1556 --
obs0.155 246940 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→39.889 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数34792 0 40 1771 36603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00635581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80748230
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.65413144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0315344
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0036304
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4001-2.44150.3186080.253211536X-RAY DIFFRACTION93
2.4415-2.48590.28116190.239611776X-RAY DIFFRACTION95
2.4859-2.53370.28196180.232211739X-RAY DIFFRACTION95
2.5337-2.58540.25136200.217411783X-RAY DIFFRACTION95
2.5854-2.64160.27466170.219411708X-RAY DIFFRACTION95
2.6416-2.7030.25236170.217211733X-RAY DIFFRACTION95
2.703-2.77060.24446190.199911749X-RAY DIFFRACTION95
2.7706-2.84550.22076180.191411746X-RAY DIFFRACTION95
2.8455-2.92920.22246180.183911754X-RAY DIFFRACTION95
2.9292-3.02370.23086180.180311737X-RAY DIFFRACTION95
3.0237-3.13170.20246210.169211789X-RAY DIFFRACTION95
3.1317-3.25710.19436160.167111704X-RAY DIFFRACTION95
3.2571-3.40520.18676170.157311733X-RAY DIFFRACTION94
3.4052-3.58470.18176180.145211730X-RAY DIFFRACTION94
3.5847-3.80910.16056140.135311678X-RAY DIFFRACTION94
3.8091-4.10290.14376180.123511739X-RAY DIFFRACTION94
4.1029-4.51530.13396130.11211651X-RAY DIFFRACTION94
4.5153-5.16740.1326180.110811742X-RAY DIFFRACTION94
5.1674-6.50580.13766200.124711767X-RAY DIFFRACTION94
6.5058-39.6510.1576200.130411780X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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