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-基本情報
登録情報 | データベース: SASBDB / ID: SASDAP4 |
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試料 | Chitinase 60 from Moritella marina
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 chitinase / chitinase activity / chitin catabolic process / chitin binding / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 |
生物種 | Moritella marina (バクテリア) |
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2014 タイトル: Crystal structures of substrate-bound chitinase from the psychrophilic bacterium Moritella marina and its structure in solution. 著者: Piotr H Malecki / Constantinos E Vorgias / Maxim V Petoukhov / Dmitri I Svergun / Wojciech Rypniewski / 要旨: The four-domain structure of chitinase 60 from Moritella marina (MmChi60) is outstanding in its complexity. Many glycoside hydrolases, such as chitinases and cellulases, have multi-domain structures, ...The four-domain structure of chitinase 60 from Moritella marina (MmChi60) is outstanding in its complexity. Many glycoside hydrolases, such as chitinases and cellulases, have multi-domain structures, but only a few have been solved. The flexibility of the hinge regions between the domains apparently makes these proteins difficult to crystallize. The analysis of an active-site mutant of MmChi60 in an unliganded form and in complex with the substrates NAG4 and NAG5 revealed significant differences in the substrate-binding site compared with the previously determined complexes of most studied chitinases. A SAXS experiment demonstrated that in addition to the elongated state found in the crystal, the protein can adapt other conformations in solution ranging from fully extended to compact. |
登録者 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-モデル
モデル #64 | タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.447209 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
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モデル #65 | タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 1.447209 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
モデル #66 | タイプ: mix / ソフトウェア: EOM / ダミー原子の半径: 1.90 A コメント: The fit is obtained by the average of the three EOM models カイ2乗値: 1.447209 Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細) |
-試料
試料 | 名称: Chitinase 60 from Moritella marina / Sample MW: 60.79 kDa / 試料濃度: 0.60-8.80 |
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バッファ | 名称: 20 mM Tris / pH: 8 / 組成: NaCl 200 mM |
要素 #60 | タイプ: protein / 記述: Chitinase 60 / 分子量: 60.79 / 分子数: 1 / 由来: Moritella marina / 参照: UniProt: B1VBB0 配列: MKLKSILSAA IFTGLFSTAG IAGTITSQDD NVVVGYWHNW CDGRGYQGGN APCVELKTVN PQYNVVNISF MKVYDIAEGR IPTFKLDPTI ALSEAEFIAQ IDTLNSQGRS VLIALGGADA HIELTRGDED ALAAEIIRLT DLYGFDGLDI DLEQAAITAK DNQFVIPAAL ...配列: MKLKSILSAA IFTGLFSTAG IAGTITSQDD NVVVGYWHNW CDGRGYQGGN APCVELKTVN PQYNVVNISF MKVYDIAEGR IPTFKLDPTI ALSEAEFIAQ IDTLNSQGRS VLIALGGADA HIELTRGDED ALAAEIIRLT DLYGFDGLDI DLEQAAITAK DNQFVIPAAL KMVKEHYRKT GDNFMITMAP EFPYLTANGA YTPYLTELDG YYDFINPQFY NQGGDGLWIE GVGWIAQNND ALKEEFIYYI ADSLINGTRN YHKIPHDKLV FGLPSNIDAA ATGYIQDPQD LYKAFDRLKA QGQPLRGVMT WSVNWDMGTD AANNSYNQQF IKDYGNFIHN QLPPVTDMTP TLSGIVDTRV ELDSHFDPLI GITAKDYQGN DITADVTVSG SVNTNQVGDY LLTYSVSSDD ETTNQPRKIT VYEILPAFTG ITDTTVVIDS EFDPMQGVSA SRPTQGDLTA NITVTGEVDA NVVGVYELTY QLFYGQDNQQ NMTDKRIVTV VTDAVSDDDW QVGSTYVKDD KVTHNGATWT AQWWTKGEEP GTTGEWGVWR |
-実験情報
ビーム | 設備名称: PETRA III P12 / 地域: Hamburg / 国: Germany / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.12 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 3.1 mm | |||||||||||||||||||||||||||
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検出器 | 名称: Pilatus 2M | |||||||||||||||||||||||||||
スキャン | タイトル: Chitinase 60 / 測定日: 2013年3月18日 / 保管温度: 10 °C / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / 単位: 1/nm /
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距離分布関数 P(R) | ソフトウェア P(R): GNOM 4.6 / ポイント数: 445 /
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結果 | カーブのタイプ: single_conc コメント: The fit is obtained by the average of three EOM models
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