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万見
- SASDA89: Complex between ovine GM-CSF and GM-CSF/IL-2 inhibition factor -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDA89
試料Complex between ovine GM-CSF and GM-CSF/IL-2 inhibition factor
  • GM-CSF/IL-2 inhibition factor (protein), Orf virus
  • Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor (protein), Ovis aries
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / neutrophil differentiation / positive regulation of interleukin-23 production / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / myeloid dendritic cell differentiation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of podosome assembly ...granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / neutrophil differentiation / positive regulation of interleukin-23 production / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / myeloid dendritic cell differentiation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of podosome assembly / macrophage differentiation / monocyte differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / embryonic placenta development / cytokine activity / growth factor activity / cell population proliferation / immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Major secreted virus protein, 35kDa / Poxvirus chemokine inhibitor superfamily / Viral chemokine binding protein / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Four-helical cytokine-like, core
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF/IL-2 inhibition factor
類似検索 - 構成要素
生物種Orf virus (オルフウイルス)
Ovis aries (ヒツジ)
引用日付: 2016 Nov 7
タイトル: Structural basis of GM-CSF and IL-2 sequestration by the viral decoy receptor GIF
著者: Felix J / Kandiah E / De Munck S / Bloch Y / van Zundert G / Pauwels K / Dansercoer A / Novanska K / Read R / Bonvin A / Vergauwen B / Verstraete K / Gutsche I
登録者
  • Jan Felix

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #353
タイプ: mix / ソフトウェア: FoXS / ダミー原子の半径: 1.90 A / カイ2乗値: 183.782981843
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

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試料

試料名称: Complex between ovine GM-CSF and GM-CSF/IL-2 inhibition factor
Purity method: SEC-SAXS / 試料濃度: 9.7 mg/ml / Entity id: 209 / 210
バッファ名称: HEPES / 濃度: 20.00 mM / pH: 7.4 / 組成: 150 mM NaCl
要素 #209タイプ: protein / 記述: GM-CSF/IL-2 inhibition factor / 分子量: 29.924 / 分子数: 4 / 由来: Orf virus / 参照: UniProt: Q9J5U5
配列: MACLRVFLAV LALCGSVHSA QWIGERDFCT AHAQDVFARL QVWMRIDRNV TAADNSSACA LAIETPPSNF DADVYVAAAG INVSVSAINC GFFNMRQVET TYNTARRQMY VYMDSWDPWV IDDPQPLFSQ EYENETLPYL LEVLELARLY IRVGCTVPGE QPFEVIPGID ...配列:
MACLRVFLAV LALCGSVHSA QWIGERDFCT AHAQDVFARL QVWMRIDRNV TAADNSSACA LAIETPPSNF DADVYVAAAG INVSVSAINC GFFNMRQVET TYNTARRQMY VYMDSWDPWV IDDPQPLFSQ EYENETLPYL LEVLELARLY IRVGCTVPGE QPFEVIPGID YPHTGMEFLQ HVLRPNRRFA PAKLHMDLEV DHRCVSAVHV KAFLQDACSA RKARTPLYFA GHGCNHPDRR PKNPVPRPQH VSSPISRKCS MQTAR
要素 #210タイプ: protein / 記述: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / 分子量: 14.411 / 分子数: 2 / 由来: Ovis aries / 参照: UniProt: P28773
配列:
APTRQPSPVT RPWQHVDAIK EALSLLNDST DTAAVMDETV EVVSEMFDSQ EPTCLQTRLE LYKQGLRGSL TSLTGSLTMM ASHYKKHCPP TQETSCETQI ITFKSFKENL KDFLFIIPFD CWEPVQK

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実験情報

ビーム設備名称: SOLEIL SWING / 地域: Saint-Aubin / 国: France / 線源: X-ray synchrotron / 波長: 0.1 Å / スペクトロメータ・検出器間距離: 1.82 mm
検出器名称: AVIEX / タイプ: CCD
スキャン
タイトル: Complex between ovine GM-CSF and GIF / 測定日: 2014年9月10日 / セル温度: 20 °C / フレーム数: 16 / 単位: 1/nm /
MinMax
Q0.0761 5.4962
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 464 /
MinMax
Q0.0157228 0.250391
P(R) point1 464
R0 124
結果
カーブのタイプ: other
コメント: Modeling of SAXS data: The crystal structure of the GIF:oGM-CSF complex was used as an input for the Allosmod-FoXS web server to model missing loops, N- and C-termini and N-linked ...コメント: Modeling of SAXS data: The crystal structure of the GIF:oGM-CSF complex was used as an input for the Allosmod-FoXS web server to model missing loops, N- and C-termini and N-linked glycosylation. During each Allosmod-FoXS run, data up to a scattering angle of 0.5 Å-1 was used. Fits to the experimental SAXS data were calculated using the FoXS software.
実験値StandardPorod
分子量153 kDa153 kDa144 kDa
体積--231 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.1494 0.151381 0.0001
慣性半径, Rg 3.77 nm3.79 nm0.13

MinMax
D-12.4
Guinier point17 47

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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