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- PDB-9g3z: Structure of the Open gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9g3z
タイトルStructure of the Open gamma-Tubulin Ring Complex from Pig Brain
要素
  • (Gamma-tubulin complex ...) x 4
  • (Tubulin gamma ...) x 2
  • CDK5 regulatory subunit-associated protein 2
  • Mitotic spindle organizing protein 1
  • Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Tubulin Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule minus-end binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin ring complex / interphase microtubule organizing center / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation ...microtubule minus-end binding / microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / equatorial microtubule organizing center / gamma-tubulin ring complex / interphase microtubule organizing center / polar microtubule / gamma-tubulin complex / microtubule nucleation / gamma-tubulin binding / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / pericentriolar material / cytoplasmic microtubule / mitotic spindle assembly / spindle assembly / cytoplasmic microtubule organization / centriole / meiotic cell cycle / spindle microtubule / neuron migration / brain development / microtubule cytoskeleton organization / spindle pole / spindle / cell junction / mitotic cell cycle / microtubule binding / microtubule / calmodulin binding / centrosome / GTP binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 / MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Centrosomin, N-terminal motif 1 / Centrosomin N-terminal motif 1 / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin ...CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 / MOZART2 family / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Centrosomin, N-terminal motif 1 / Centrosomin N-terminal motif 1 / Mitotic-spindle organizing protein 1 / Mitotic-spindle organizing gamma-tubulin ring associated / Gamma-tubulin complex component 6, N-terminal / Gamma-tubulin complex component 6 N-terminus / Gamma tubulin / Gamma tubulin complex component, C-terminal / Gamma-tubulin complex component, C-terminal domain superfamily / Gamma tubulin complex component C-terminal / Gamma-tubulin complex component protein / Gamma tubulin complex component protein, N-terminal / Gamma tubulin complex component N-terminal / Tubulin / Tubulin, C-terminal / Tubulin C-terminal domain / Tubulin, conserved site / Tubulin subunits alpha, beta, and gamma signature. / Tubulin/FtsZ family, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain / Tubulin/FtsZ, C-terminal / Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ family, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain / Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
CDK5 regulatory subunit-associated protein 2 / Gamma-tubulin complex component / Tubulin gamma chain / Mitotic spindle organizing protein 1 / Gamma-tubulin complex component / Gamma-tubulin complex component / Tubulin gamma complex component 6 / Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4 / Gamma-tubulin complex component 3
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Munoz-Hernandez, H. / Wieczorek, M.
資金援助 スイス, 2件
組織認可番号国
Swiss National Science FoundationTMSGI3_211309 スイス
Swiss National Science Foundation310030_208120 スイス
引用ジャーナル: Dev Cell / 年: 2024
タイトル: Partial closure of the γ-tubulin ring complex by CDK5RAP2 activates microtubule nucleation.
著者: Yixin Xu / Hugo Muñoz-Hernández / Rościsław Krutyhołowa / Florina Marxer / Ferdane Cetin / Michal Wieczorek /
要旨: Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor ...Microtubule nucleation is templated by the γ-tubulin ring complex (γ-TuRC), but its structure deviates from the geometry of α-/β-tubulin in the microtubule, explaining the complex's poor nucleating activity. Several proteins may activate the γ-TuRC, but the mechanisms underlying activation are not known. Here, we determined the structure of the porcine γ-TuRC purified using CDK5RAP2's centrosomin motif 1 (CM1). We identified an unexpected conformation of the γ-TuRC bound to multiple protein modules containing MZT2, GCP2, and CDK5RAP2, resulting in a long-range constriction of the γ-tubulin ring that brings it in closer agreement with the 13-protofilament microtubule. Additional CDK5RAP2 promoted γ-TuRC decoration and stimulated the microtubule-nucleating activities of the porcine γ-TuRC and a reconstituted, CM1-free human complex in single-molecule assays. Our results provide a structural mechanism for the control of microtubule nucleation by CM1 proteins and identify conformational transitions in the γ-TuRC that prime it for microtubule nucleation.
履歴
登録2024年7月12日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / em_admin / pdbx_entry_details
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: Mitotic spindle organizing protein 1
P: Mitotic spindle organizing protein 1
Q: Mitotic spindle organizing protein 1
Y: Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4
a: Tubulin gamma chain
m: Tubulin gamma chain
w: CDK5 regulatory subunit-associated protein 2
x: CDK5 regulatory subunit-associated protein 2
N: Gamma-tubulin complex component 3
M: Gamma-tubulin complex component
L: Tubulin gamma complex associated protein 6
A: Gamma-tubulin complex component
B: Gamma-tubulin complex component 3
C: Gamma-tubulin complex component
H: Gamma-tubulin complex component 3
D: Gamma-tubulin complex component 3
E: Gamma-tubulin complex component
F: Gamma-tubulin complex component 3
G: Gamma-tubulin complex component
I: Gamma-tubulin complex component
b: Tubulin gamma chain
c: Tubulin gamma chain
d: Tubulin gamma chain
e: Tubulin gamma chain
f: Tubulin gamma chain
g: Tubulin gamma chain
h: Tubulin gamma chain
i: Tubulin gamma chain
n: Tubulin gamma chain
K: Gamma-tubulin complex component
J: Gamma-tubulin complex component
k: Tubulin gamma chain
j: Tubulin gamma chain
l: Tubulin gamma chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,626,34234
ポリマ－2,626,34234
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 3種, 6分子 OPQYwx

#1: タンパク質 Mitotic spindle organizing protein 1


分子量: 8285.489 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: MZT1 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A4X1VBW8
#2: タンパク質 Mitotic-spindle organizing protein 2A isoform X4


分子量: 15920.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: LOC100153925 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RK97
#4: タンパク質 CDK5 regulatory subunit-associated protein 2


分子量: 189905.844 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Human sequence used for CDK5RAP251-100 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK5RAP2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A0MRG9

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Tubulin gamma ... , 2種, 15分子 ambcdefghinkjlL

#3: タンパク質
Tubulin gamma chain


分子量: 51135.562 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TUBG2 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287BRH5
#7: タンパク質 Tubulin gamma complex associated protein 6


分子量: 188644.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TUBGCP6 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8W4FDV6

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Gamma-tubulin complex ... , 4種, 13分子 NBHDFMACEGIKJ

#5: タンパク質
Gamma-tubulin complex component 3 / Tubulin gamma complex associated protein 3


分子量: 103172.477 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TUBGCP3 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: F1RN46
#6: タンパク質
Gamma-tubulin complex component


分子量: 102609.703 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1IGH3
#8: タンパク質 Gamma-tubulin complex component


分子量: 76104.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: TUBGCP4 / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A8D1V2H0
#9: タンパク質 Gamma-tubulin complex component


分子量: 120090.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: A0A287B1K1

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Gamma-Tubulin Ring Complex from native pig brain / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2900 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 900 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 80608 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: BACKBONE TRACE / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 247.43 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.002478226
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.5901108889
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.039115056
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004215713
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.273115713

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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