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- PDB-9bus: Single particle CryoEM structure of the Pf80S ribosome in the unl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9bus
タイトルSingle particle CryoEM structure of the Pf80S ribosome in the unloaded state (nrt with E-site tRNA)
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (60S ribosomal protein ...) x 37
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • E-site tRNA
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME / malaria / single particle / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


RMTs methylate histone arginines / : / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / : / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs ...RMTs methylate histone arginines / : / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / : / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / : / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Iron uptake and transport / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / : / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / : / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / : / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Aggrephagy / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family protein mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / cytosolic ribosome / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chloroplast / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit assembly / ribosome biogenesis / ribosomal small subunit biogenesis / 5S rRNA binding / small ribosomal subunit / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. ...: / Ribosomal protein L2, archaeal-type / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / 40S Ribosomal protein S10 / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L10e / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / : / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Ribosomal protein S17e, conserved site / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein L6e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / :
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S16 / 60S ribosomal protein L6, putative ...: / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S16 / 60S ribosomal protein L6, putative / 40S ribosomal protein S11 / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S29, putative / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S19 / 60S ribosomal protein L18-2, putative / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L27a, putative / 60S ribosomal protein L41 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L26, putative / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / Large ribosomal subunit protein eL43 / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS30 / Large ribosomal subunit protein eL42 / 40S ribosomal protein S23, putative / Small ribosomal subunit protein eS12 / 60S ribosomal protein L7, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / 60S ribosomal protein L32 / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L2 / Large ribosomal subunit protein uL4 / 60S ribosomal protein L31 / 40S ribosomal protein S17, putative / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL22 / 40S ribosomal protein S5, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 60S ribosomal protein L11a, putative / 60S ribosomal protein L34 / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 40S ribosomal protein S15 / Large ribosomal subunit protein uL22 / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L6, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S21 / 60S ribosomal protein L35ae, putative / 60S ribosomal protein L28 / 60S ribosomal protein L38 / 40S ribosomal protein S18, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 40S ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 60S ribosomal protein L30e, putative / 60S ribosomal protein L13, putative / Small ribosomal subunit protein uS10 / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S28e, putative / 60S ribosomal protein L27 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L21 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L5, putative / 40S ribosomal protein S25 / 60S ribosomal protein L10, putative / 40S ribosomal protein S8
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Anton, L. / Haile, M. / Ho, C.M.
資金援助 米国, スイス, フランス, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5OD029613 米国
Swiss National Science FoundationP2BSP3_200205 スイス
Human Frontier Science Program (HFSP)LT000452/2021-L フランス
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Integrated structural biology of the native malarial translation machinery and its inhibition by an antimalarial drug.
著者: Leonie Anton / Wenjing Cheng / Meseret T Haile / Jerzy M Dziekan / David W Cobb / Xiyan Zhu / Leyan Han / Emerson Li / Anjali Nair / Carolyn L Lee / Hanyu Wang / Hangjun Ke / Guoan Zhang / ...著者: Leonie Anton / Wenjing Cheng / Meseret T Haile / Jerzy M Dziekan / David W Cobb / Xiyan Zhu / Leyan Han / Emerson Li / Anjali Nair / Carolyn L Lee / Hanyu Wang / Hangjun Ke / Guoan Zhang / Emma H Doud / Alan F Cowman / Chi-Min Ho /
要旨: Our understanding of cellular events is hampered by the gap between the resolution at which we can observe events inside cells and our ability to replicate physiological conditions in test tubes. ...Our understanding of cellular events is hampered by the gap between the resolution at which we can observe events inside cells and our ability to replicate physiological conditions in test tubes. Here, we show in Plasmodium falciparum, a non-model organism of high medical importance, that this gap can be bridged by using an integrated structural biology approach to visualize events inside the cell at molecular resolution. We determined eight high-resolution structures of the native malarial ribosome in actively translating states inside P. falciparum-infected human erythrocytes using in situ cryo-electron tomography. Following perturbation with a Plasmodium-specific translation inhibitor, we then observed a decrease in elongation factor-bound ribosomal states and an apparent upregulation of ribosome biogenesis in inhibitor-treated parasites. Our work elucidates new molecular details of the malarial translation elongation cycle and demonstrates direct multiscale visualization of drug-induced phenotypic changes in the structure and localization of individual molecules within the native cellular context.
履歴
登録2024年5月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02025年5月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年5月28日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年12月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S1: 40S ribosomal protein S24
S2: 40S ribosomal protein S25
S3: 40S ribosomal protein S26
S4: 40S ribosomal protein S27
S5: 40S ribosomal protein S28e
S6: 40S ribosomal protein S30
S7: E-site tRNA
SA: 18S ribosomal RNA
SB: 40S ribosomal protein S3a
SC: 40S ribosomal protein SA
SD: 40S ribosomal protein S3
SE: 40S ribosomal protein S9
SF: 40S ribosomal protein S4
SG: 40S ribosomal protein S5
SH: 40S ribosomal protein S6
SI: 40S ribosomal protein S5
SJ: 40S ribosomal protein S7
SK: 40S ribosomal protein S15A
SL: 40S ribosomal protein S8
SM: 40S ribosomal protein S16
SN: 40S ribosomal protein S20e
SO: 40S ribosomal protein S10
SP: 40S ribosomal protein S11
SQ: 40S ribosomal protein S23
SR: 40S ribosomal protein S12
SS: 40S ribosomal protein S18
ST: 40S ribosomal protein S29
SU: 40S ribosomal protein S15
SV: 40S ribosomal protein S11
SW: 40S ribosomal protein S17
SX: 40S ribosomal protein S19
SY: 40S ribosomal protein S19
SZ: 40S ribosomal protein S21
AA: 28S ribosomal RNA
AC: 5.8S ribosomal RNA
AB: 5S ribosomal RNA
AL: 60S ribosomal protein L13
A1: 60S ribosomal protein L27
A2: 60S ribosomal protein L28
A4: 60S ribosomal protein L29
A6: 60S ribosomal protein L30e
A7: 60S ribosomal protein L31
AN: 60S ribosomal protein L14
A8: 60S ribosomal protein L32
A9: 60S ribosomal protein L35ae
Aa: 60S ribosomal protein L34
Ab: 60S ribosomal protein L36
Ad: 60S ribosomal protein L38
Ae: 60S ribosomal protein L39
Af: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
AP: Ribosomal protein L15
Ah: Large ribosomal subunit protein eL43
Ai: Large ribosomal subunit protein eL42
AI: 60S ribosomal protein L6
AJ: 60S ribosomal protein L7a
Ac: Ribosomal protein L37
AK: 60S ribosomal protein L13, putative
AM: 60S ribosomal protein L23
AS: 60S ribosomal protein L18-2
AO: 60S ribosomal protein L27a
AQ: 60S ribosomal protein L10
AR: 60S ribosomal protein L5
AW: 60S ribosomal protein L17
AY: 60S ribosomal protein L23
AT: 60S ribosomal protein L19
AZ: 60S ribosomal protein L26
A3: 60S ribosomal protein L35
A5: 60S ribosomal protein L7
AD: 60S ribosomal protein L2
AE: 60S ribosomal protein L3
AF: 60S ribosomal protein L4
AG: 60S ribosomal protein L11a
AU: 60S ribosomal protein L18a
AH: 60S ribosomal protein L6
AV: 60S ribosomal protein L21
Ag: 60S ribosomal protein L41
AX: 60S ribosomal protein L22
A0: 60S ribosomal protein L24


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,388,38478
ポリマ－3,388,38478
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 S1S2S3S4S5S6SBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSUSVSWSXSYSZ

#1: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15431.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3R6
#2: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 11691.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILN8
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12539.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96258
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9154.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IEN2
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S28e


分子量: 7508.800 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKL9
#6: タンパク質 40S ribosomal protein S30


分子量: 6508.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96269
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30111.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97313
#10: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 29891.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJD4
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 24709.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKH8
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S9


分子量: 22172.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3R0
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29830.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIU8
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 30008.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IL02
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 35473.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDR9
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 21898.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBN5
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22524.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IET7
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S15A


分子量: 14900.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77395
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 25105.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IM10
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16318.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: A0A0L7M7C8
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S20e


分子量: 13534.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IK02
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S10


分子量: 16510.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBQ5
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 16105.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: A0A5K1K925
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S23


分子量: 16166.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97248
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15414.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97249
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S18


分子量: 17928.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIA2
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S29


分子量: 6430.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4K8
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 17286.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDB0
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 18801.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77381
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S17


分子量: 16096.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I502
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H5C2
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 19757.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IFP2
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9157.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHS5

-
RNA鎖 , 5種, 5分子 S7SAAAACAB

#7: RNA鎖 E-site tRNA


分子量: 23774.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1016052399
#8: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 671337.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1013064403
#34: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1216213.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1013064538
#35: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 51206.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1162436939
#36: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38346.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1016052399

+
60S ribosomal protein ... , 37種, 37分子 ALA1A2A4A6A7ANA8A9AaAbAdAeAIAJAKAMASAOAQARAWAYATAZA3A5ADAEAF...

#37: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 25508.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IAX6
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 16785.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKM5
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 14437.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHU0
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 8041.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3J6
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L30e


分子量: 11794.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJK8
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14099.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I463
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L14


分子量: 19340.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILE8
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15565.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3B0
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L35ae


分子量: 16306.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHT9
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 17406.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBY4
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12825.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I713
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 10341.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8II62
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6540.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4H3
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 25587.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: A0A5K1K8V8
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 32760.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL2
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L13, putative


分子量: 23805.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJZ7
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 15015.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE09
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L18-2


分子量: 21508.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H5G3
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L27a


分子量: 16765.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KT23
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L10


分子量: 25265.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILV2
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L5


分子量: 34067.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL3
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L17


分子量: 19431.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDI5
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 22152.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE82
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 21641.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KSY6
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L26


分子量: 14855.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77364
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L35


分子量: 14787.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIB4
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L7


分子量: 30593.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97250
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L2


分子量: 28064.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3T9
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44318.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJC6
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 46311.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I431
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L11a


分子量: 20268.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBQ6
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 21793.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDS6
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L6


分子量: 21638.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE85
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18840.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILK3
#76: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 5108.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3G4
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L22


分子量: 16422.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IB51
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L24


分子量: 19295.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IEM3

-
タンパク質 , 1種, 1分子 Af

#50: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14645.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ID50

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 APAc

#51: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 24197.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4A6
#56: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10571.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4L5

-
Large ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 AhAi

#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43 / 60S ribosomal protein L37a


分子量: 10826.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96184
#53: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42 / 60S ribosomal protein L44


分子量: 12194.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97231

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詳細

Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Sucrose gradient purified 80S ribosome from P. falciparum
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: all / 由来: NATURAL
分子量値: 4 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1200 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.21.1_5286 / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 248063 / 対称性のタイプ: POINT
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 105.74 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0058207388
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6619304146
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.040738153
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004819358
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d21.532383781

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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