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- PDB-8tpu: Subtomogram averaged consensus structure of the malarial 80S ribo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8tpu
タイトルSubtomogram averaged consensus structure of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 29
  • (60S ribosomal protein ...) x 39
  • (Large ribosomal subunit protein ...) x 2
  • (Ribosomal protein ...) x 2
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA
  • 5.8S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Receptor for activated c kinase
  • Small ribosomal subunit protein eS30
  • Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
キーワードRIBOSOME / malaria / cryoET / in situ / Plasmodium falciparum / translation
機能・相同性
機能・相同性情報


RMTs methylate histone arginines / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs ...RMTs methylate histone arginines / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Protein methylation / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Josephin domain DUBs / Metalloprotease DUBs / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Iron uptake and transport / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / Translation initiation complex formation / Formation of a pool of free 40S subunits / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Aggrephagy / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / KEAP1-NFE2L2 pathway / UCH proteinases / Ub-specific processing proteases / Neddylation / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / MAPK6/MAPK4 signaling / ABC-family proteins mediated transport / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / negative regulation of translational frameshifting / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / protein-RNA complex assembly / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / translation regulator activity / rescue of stalled ribosome / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / protein kinase C binding / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / chloroplast / small-subunit processome / maintenance of translational fidelity / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / rRNA processing / kinase activity / large ribosomal subunit / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / ubiquitin-dependent protein catabolic process / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / negative regulation of translation / rRNA binding / protein ubiquitination / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e ...: / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L19, eukaryotic / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal protein S19e / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein L39e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein L6e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L7A/L8 / 60S ribosomal protein L6E / 60S ribosomal protein L35 / : / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S16 / 60S ribosomal protein L6, putative / 40S ribosomal protein S11 / 60S ribosomal protein L39 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 40S ribosomal protein S16 / 60S ribosomal protein L6, putative / 40S ribosomal protein S11 / 60S ribosomal protein L39 / 40S ribosomal protein S29, putative / Ribosomal protein L37 / 40S ribosomal protein S19 / 60S ribosomal protein L18-2, putative / 60S ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L27a, putative / 60S ribosomal protein L41 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L26, putative / 40S ribosomal protein S11, putative / 40S ribosomal protein S15A, putative / 40S ribosomal protein S26 / Small ribosomal subunit protein eS30 / 40S ribosomal protein S23, putative / Small ribosomal subunit protein eS12 / 60S ribosomal protein L7, putative / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S9, putative / 40S ribosomal protein S24 / 60S ribosomal protein L2 / 60S ribosomal protein L4 / 60S ribosomal protein L31 / 40S ribosomal protein S17, putative / 60S ribosomal protein L36 / 60S ribosomal protein L13 / Large ribosomal subunit protein eL22 / Receptor for activated c kinase / 40S ribosomal protein S5, putative / 40S ribosomal protein S10, putative / 60S ribosomal protein L11a, putative / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40 / 40S ribosomal protein S15 / 40S ribosomal protein S6 / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L23, putative / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L6, putative / 60S ribosomal protein L24, putative / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S21 / 60S ribosomal protein L38 / 40S ribosomal protein S18, putative / 60S ribosomal protein L35, putative / 40S ribosomal protein S4 / 60S ribosomal protein L3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 60S ribosomal protein L13, putative / 40S ribosomal protein S20e, putative / 40S ribosomal protein S3 / 60S ribosomal protein L27 / Small ribosomal subunit protein uS5 / 60S ribosomal protein L14, putative / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L5, putative / 40S ribosomal protein S25 / 60S ribosomal protein L10, putative / 40S ribosomal protein S8
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Anton, L. / Cheng, W. / Zhu, X. / Ho, C.M.
資金援助 米国, スイス, フランス, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/Office of the DirectorDP5OD029613 米国
Swiss National Science Foundation スイス
Human Frontier Science Program (HFSP) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Divergent translational landscape reflects adaptation to biased codon usage in malaria parasites
著者: Anton, L. / Cheng, W. / Haile, M. / Cobb, D.W. / Zhu, X. / Han, L. / Li, E. / Nair, A. / Lee, C.L. / Ho, C.M.
履歴
登録2023年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S1: 40S ribosomal protein S24
S2: 40S ribosomal protein S25
S3: 40S ribosomal protein S26
S4: 40S ribosomal protein S27
S5: 60S ribosomal protein L41
S6: Small ribosomal subunit protein eS30
S7: 60S ribosomal protein L24, putative
SA: 18S ribosomal RNA
SB: 40S ribosomal protein S3a
SC: 40S ribosomal protein SA
SD: 40S ribosomal protein S3
SE: 40S ribosomal protein S9, putative
SF: 40S ribosomal protein S4
SG: 40S ribosomal protein S5
SH: 40S ribosomal protein S6
SI: 40S ribosomal protein S5, putative
SJ: 40S ribosomal protein S7
SK: 40S ribosomal protein S15A, putative
SL: 40S ribosomal protein S8
SM: 40S ribosomal protein S16
SN: 40S ribosomal protein S20e, putative
SO: 40S ribosomal protein S10, putative
SP: 40S ribosomal protein S11
SQ: 40S ribosomal protein S23, putative
SR: 40S ribosomal protein S12
SS: 40S ribosomal protein S18, putative
ST: 40S ribosomal protein S29, putative
SU: 40S ribosomal protein S15
SV: 40S ribosomal protein S11, putative
SW: 40S ribosomal protein S17, putative
SX: 40S ribosomal protein S19
SY: 40S ribosomal protein S19
SZ: 40S ribosomal protein S21
AA: 28S ribosomal RNA
AC: 5.8S ribosomal RNA
AB: 5S ribosomal RNA
AL: 60S ribosomal protein L13
A1: 60S ribosomal protein L27
A2: 60S ribosomal protein L28
A4: 60S ribosomal protein L29
A6: 60S ribosomal protein L30e, putative
A7: 60S ribosomal protein L31
AN: 60S ribosomal protein L14, putative
A8: 60S ribosomal protein L32
A9: 60S ribosomal protein L35ae, putative
Aa: 60S ribosomal protein L34
Ab: 60S ribosomal protein L36
Ad: 60S ribosomal protein L38
Ae: 60S ribosomal protein L39
Af: Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
AP: Ribosomal protein L15
Ah: Large ribosomal subunit protein eL43
Ai: Large ribosomal subunit protein eL42
AI: 60S ribosomal protein L6, putative
AJ: 60S ribosomal protein L7a
Ac: Ribosomal protein L37
AK: 60S ribosomal protein L13, putative
AM: 60S ribosomal protein L23, putative
AS: 60S ribosomal protein L18-2, putative
AO: 60S ribosomal protein L27a, putative
AQ: 60S ribosomal protein L10, putative
AR: 60S ribosomal protein L5, putative
AW: 60S ribosomal protein L17, putative
AY: 60S ribosomal protein L23
AT: 60S ribosomal protein L19
AZ: 60S ribosomal protein L26, putative
A3: 60S ribosomal protein L35, putative
A5: 60S ribosomal protein L7, putative
AD: 60S ribosomal protein L2
AE: 60S ribosomal protein L3
AF: 60S ribosomal protein L4
AG: 60S ribosomal protein L11a, putative
AU: 60S ribosomal protein L18a
AH: 60S ribosomal protein L6, putative
AV: 60S ribosomal protein L21
Ag: 60S ribosomal protein L41
AX: 60S ribosomal protein L22, putative
A0: 60S ribosomal protein L24, putative
S8: Receptor for activated c kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,419,26579
ポリマ－3,419,26579
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

+
40S ribosomal protein ... , 29種, 29分子 S1S2S3S4SBSCSDSESFSGSHSISJSKSLSMSNSOSPSQSRSSSTSUSVSWSXSYSZ

#1: タンパク質 40S ribosomal protein S24


分子量: 15431.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3R6
#2: タンパク質 40S ribosomal protein S25


分子量: 11691.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILN8
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S26


分子量: 12539.681 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96258
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S27


分子量: 9154.856 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IEN2
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S3a


分子量: 30111.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97313
#10: タンパク質 40S ribosomal protein SA


分子量: 29891.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJD4
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S3


分子量: 24709.908 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKH8
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S9, putative


分子量: 22172.076 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3R0
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S4


分子量: 29830.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIU8
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S5


分子量: 30008.768 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IL02
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S6


分子量: 35473.766 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDR9
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S5, putative


分子量: 21898.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBN5
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S7


分子量: 22524.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IET7
#18: タンパク質 40S ribosomal protein S15A, putative


分子量: 14900.678 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77395
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S8


分子量: 25105.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IM10
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S16


分子量: 16318.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: A0A0L7M7C8
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S20e, putative


分子量: 13534.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IK02
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S10, putative


分子量: 16510.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBQ5
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S11


分子量: 16105.612 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: A0A5K1K925
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S23, putative


分子量: 16166.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97248
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S12


分子量: 15414.444 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97249
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S18, putative


分子量: 17928.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIA2
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S29, putative


分子量: 6430.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4K8
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S15


分子量: 17286.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDB0
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S11, putative


分子量: 18801.189 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77381
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S17, putative


分子量: 16096.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I502
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 16800.764 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H5C2
#32: タンパク質 40S ribosomal protein S19


分子量: 19757.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IFP2
#33: タンパク質 40S ribosomal protein S21


分子量: 9157.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IHS5

+
60S ribosomal protein ... , 39種, 39分子 S5S7ALA1A2A4A6A7ANA8A9AaAbAdAeAIAJAKAMASAOAQARAWAYATAZA3A5AD...

#5: タンパク質 60S ribosomal protein L41


分子量: 6516.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#7: RNA鎖 60S ribosomal protein L24, putative


分子量: 23774.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#37: タンパク質 60S ribosomal protein L13


分子量: 25508.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IAX6
#38: タンパク質 60S ribosomal protein L27


分子量: 16785.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IKM5
#39: タンパク質 60S ribosomal protein L28


分子量: 14309.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#40: タンパク質 60S ribosomal protein L29


分子量: 8041.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3J6
#41: タンパク質 60S ribosomal protein L30e, putative


分子量: 11679.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#42: タンパク質 60S ribosomal protein L31


分子量: 14099.854 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I463
#43: タンパク質 60S ribosomal protein L14, putative


分子量: 19340.373 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILE8
#44: タンパク質 60S ribosomal protein L32


分子量: 15466.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#45: タンパク質 60S ribosomal protein L35ae, putative


分子量: 16249.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#46: タンパク質 60S ribosomal protein L34


分子量: 17349.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#47: タンパク質 60S ribosomal protein L36


分子量: 12825.440 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I713
#48: タンパク質 60S ribosomal protein L38


分子量: 10341.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8II62
#49: タンパク質 60S ribosomal protein L39


分子量: 6540.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4H3
#54: タンパク質 60S ribosomal protein L6, putative


分子量: 25587.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: A0A5K1K8V8
#55: タンパク質 60S ribosomal protein L7a


分子量: 32760.455 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL2
#57: タンパク質 60S ribosomal protein L13, putative


分子量: 23805.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJZ7
#58: タンパク質 60S ribosomal protein L23, putative


分子量: 15015.713 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE09
#59: タンパク質 60S ribosomal protein L18-2, putative


分子量: 21508.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H5G3
#60: タンパク質 60S ribosomal protein L27a, putative


分子量: 16765.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KT23
#61: タンパク質 60S ribosomal protein L10, putative


分子量: 25265.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILV2
#62: タンパク質 60S ribosomal protein L5, putative


分子量: 34067.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ILL3
#63: タンパク質 60S ribosomal protein L17, putative


分子量: 19431.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#64: タンパク質 60S ribosomal protein L23


分子量: 22152.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE82
#65: タンパク質 60S ribosomal protein L19


分子量: 21641.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6KSY6
#66: タンパク質 60S ribosomal protein L26, putative


分子量: 14855.709 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O77364
#67: タンパク質 60S ribosomal protein L35, putative


分子量: 14787.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IIB4
#68: タンパク質 60S ribosomal protein L7, putative


分子量: 30593.184 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O97250
#69: タンパク質 60S ribosomal protein L2


分子量: 28064.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I3T9
#70: タンパク質 60S ribosomal protein L3


分子量: 44318.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IJC6
#71: タンパク質 60S ribosomal protein L4


分子量: 46311.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8I431
#72: タンパク質 60S ribosomal protein L11a, putative


分子量: 20268.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBQ6
#73: タンパク質 60S ribosomal protein L18a


分子量: 21793.611 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IDS6
#74: タンパク質 60S ribosomal protein L6, putative


分子量: 21638.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IE85
#75: タンパク質 60S ribosomal protein L21


分子量: 18969.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#76: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41


分子量: 5108.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C6S3G4
#77: タンパク質 60S ribosomal protein L22, putative


分子量: 16422.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IB51
#78: タンパク質 60S ribosomal protein L24, putative


分子量: 19295.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IEM3

-
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 S6

#6: タンパク質・ペプチド Small ribosomal subunit protein eS30


分子量: 4925.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: O96269

-
RNA鎖 , 4種, 4分子 SAAAACAB

#8: RNA鎖 18S ribosomal RNA


分子量: 669744.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1013064538
#34: RNA鎖 28S ribosomal RNA


分子量: 1216212.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#35: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA


分子量: 51206.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: GenBank: 1162436939
#36: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38410.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AfS8

#50: タンパク質 Ubiquitin-60S ribosomal protein L40


分子量: 14645.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8ID50
#79: タンパク質 Receptor for activated c kinase


分子量: 35726.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: Q8IBA0

-
Ribosomal protein ... , 2種, 2分子 APAc

#51: タンパク質 Ribosomal protein L15


分子量: 23985.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#56: タンパク質 Ribosomal protein L37


分子量: 10571.592 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
参照: UniProt: C0H4L5

-
Large ribosomal subunit protein ... , 2種, 2分子 AhAi

#52: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL43


分子量: 10755.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
#53: タンパク質 Large ribosomal subunit protein eL42


分子量: 12065.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Plasmodium falciparum 80S ribosome consensus structure
タイプ: RIBOSOME
詳細: Subtomogram averaged consensus structure of the malarial 80S ribosome in Plasmodium falciparum-infected human erythrocytes
Entity ID: #1-#4, #51-#75, #5-#8 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
緩衝液pH: 7.2
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2800 nm
撮影電子線照射量: 2.93 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 120 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EM 3D crystal entity∠α: 90 ° / ∠β: 90 ° / ∠γ: 90 ° / A: 500.24002 Å / B: 500.24002 Å / C: 500.24002 Å / 空間群名: C1 / 空間群番号: 1
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 120226 / 対称性のタイプ: 3D CRYSTAL
EM volume selectionNum. of tomograms: 848 / Num. of volumes extracted: 129617
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 136.19 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0031209936
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.6118307619
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.035738550
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.004419791
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d16.546173375

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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