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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8vrd | ||||||
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タイトル | Rigid body fitted model for free recombinant gamma tubulin ring complex. | ||||||
要素 |
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キーワード | CYTOSOLIC PROTEIN / Complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / microtubule minus-end binding / positive regulation of norepinephrine uptake / cellular response to cytochalasin B / equatorial microtubule organizing center / regulation of transepithelial transport / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / morphogenesis of a polarized epithelium ...microtubule nucleation by interphase microtubule organizing center / gamma-tubulin complex localization / microtubule minus-end binding / positive regulation of norepinephrine uptake / cellular response to cytochalasin B / equatorial microtubule organizing center / regulation of transepithelial transport / mitotic spindle microtubule / gamma-tubulin ring complex / morphogenesis of a polarized epithelium / interphase microtubule organizing center / bBAF complex / polar microtubule / postsynaptic actin cytoskeleton organization / npBAF complex / gamma-tubulin complex / nBAF complex / protein localization to adherens junction / brahma complex / postsynaptic actin cytoskeleton / Tat protein binding / structural constituent of postsynaptic actin cytoskeleton / meiotic spindle organization / GBAF complex / dense body / Formation of annular gap junctions / regulation of G0 to G1 transition / Gap junction degradation / Cell-extracellular matrix interactions / Folding of actin by CCT/TriC / microtubule nucleation / apical protein localization / regulation of double-strand break repair / adherens junction assembly / regulation of nucleotide-excision repair / Prefoldin mediated transfer of substrate to CCT/TriC / RSC-type complex / gamma-tubulin binding / RHOF GTPase cycle / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / non-motile cilium / Adherens junctions interactions / tight junction / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / regulation of norepinephrine uptake / Interaction between L1 and Ankyrins / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / regulation of synaptic vesicle endocytosis / microtubule organizing center / positive regulation of T cell differentiation / apical junction complex / establishment or maintenance of cell polarity / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / maintenance of blood-brain barrier / cortical cytoskeleton / positive regulation of stem cell population maintenance / pericentriolar material / NuA4 histone acetyltransferase complex / nitric-oxide synthase binding / cytoplasmic microtubule / cell leading edge / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / Recycling pathway of L1 / mitotic sister chromatid segregation / kinesin binding / brush border / calyx of Held / negative regulation of cell differentiation / condensed nuclear chromosome / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / mitotic spindle assembly / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / single fertilization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / RHO GTPases activate IQGAPs / spindle assembly / regulation of protein localization to plasma membrane / positive regulation of myoblast differentiation / meiotic cell cycle / cytoplasmic microtubule organization / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / EPHB-mediated forward signaling / substantia nigra development / centriole / AURKA Activation by TPX2 / mitotic spindle organization / axonogenesis / ciliary basal body / negative regulation of protein binding / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / actin filament / cell motility / RHO GTPases Activate Formins 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å | ||||||
データ登録者 | Aher, A. / Urnavicius, L. / Kapoor, T.M. | ||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To be published タイトル: Rigid body fitted model for free recombinant gamma tubulin ring complex. 著者: Aher, A. / Urnavicius, L. / Kapoor, T.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8vrd.cif.gz | 2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8vrd.ent.gz | 1.3 MB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8vrd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8vrd_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8vrd_full_validation.pdf.gz | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8vrd_validation.xml.gz | 245.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8vrd_validation.cif.gz | 428.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vr/8vrd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 43481MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-Gamma-tubulin complex component ... , 2種, 7分子 OBDFHNJ
#1: タンパク質 | 分子量: 103710.102 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP3, GCP3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96CW5 #8: タンパク質 | | 分子量: 118367.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP5, GCP5, KIAA1899 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96RT8 |
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-タンパク質 , 6種, 27分子 PLTQRSACEGMabcdefghijklmnIK
#2: タンパク質 | 分子量: 199732.516 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: B2RWN4 #3: タンパク質 | 分子量: 8485.724 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MZT1, C13orf37, MOZART1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q08AG7 #4: タンパク質 | | 分子量: 41782.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ACTB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P60709 #5: タンパク質 | 分子量: 105581.500 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP2, GCP2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BSJ2 #6: タンパク質 | 分子量: 52022.617 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBG1, TUBG / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P23258 #7: タンパク質 | 分子量: 76108.898 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TUBGCP4, 76P, GCP4 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UGJ1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Gamma tubulin ring complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #5, #1, #7-#8, #2-#4, #6 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
由来(組換発現) | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
緩衝液 | pH: 6.8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1500 nm |
撮影 | 電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 98558 / 対称性のタイプ: POINT |
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT |