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万見
- PDB-8u2c: Gaussian mixture model based single particle refinement - ABC tra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8u2c
タイトルGaussian mixture model based single particle refinement - ABC transporter (inhibitor-bound ABCG2 from EMPIAR-10374)
要素
  • 5D3 Fab heavy chain variable domain
  • 5D3 Fab light chain variable domain
  • Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2
  • FAB heavy chain constant domain
  • Fab light chain constant domain
キーワードMEMBRANE PROTEIN / ABC transporter
機能・相同性
機能・相同性情報


biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / sphingolipid intramembrane carrier activity / renal urate salt excretion / Abacavir transmembrane transport / urate metabolic process / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis ...biotin transmembrane transporter activity / biotin transport / riboflavin transport / riboflavin transmembrane transporter activity / sphingolipid intramembrane carrier activity / renal urate salt excretion / Abacavir transmembrane transport / urate metabolic process / sphingolipid biosynthetic process / Sphingolipid de novo biosynthesis / urate transmembrane transporter activity / external side of apical plasma membrane / xenobiotic transport across blood-brain barrier / organic anion transport / : / Ciprofloxacin ADME / export across plasma membrane / Paracetamol ADME / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / transepithelial transport / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / ABC-type xenobiotic transporter / Heme biosynthesis / cellular detoxification / Heme degradation / ABC-type xenobiotic transporter activity / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / efflux transmembrane transporter activity / xenobiotic transmembrane transporter activity / transport across blood-brain barrier / brush border membrane / Iron uptake and transport / transmembrane transport / mitochondrial membrane / apical plasma membrane / membrane raft / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
ABC transporter family G domain / ABC-2 type transporter / : / ABC-2 type transporter / ABC-2 type transporter / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Chen, M. / Pintilie, G.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Mental Health (NIH/NIMH)R21MH125285 米国
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2024
タイトル: Improving resolution and resolvability of single-particle cryoEM structures using Gaussian mixture models.
著者: Muyuan Chen / Michael F Schmid / Wah Chiu /
要旨: Cryogenic electron microscopy is widely used in structural biology, but its resolution is often limited by the dynamics of the macromolecule. Here we developed a refinement protocol based on Gaussian ...Cryogenic electron microscopy is widely used in structural biology, but its resolution is often limited by the dynamics of the macromolecule. Here we developed a refinement protocol based on Gaussian mixture models that integrates particle orientation and conformation estimation and improves the alignment for flexible domains of protein structures. We demonstrated this protocol on multiple datasets, resulting in improved resolution and resolvability, locally and globally, by visual and quantitative measures.
履歴
登録2023年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2
B: Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2
C: 5D3 Fab light chain variable domain
D: 5D3 Fab heavy chain variable domain
E: 5D3 Fab light chain variable domain
F: 5D3 Fab heavy chain variable domain
I: FAB heavy chain constant domain
K: Fab light chain constant domain
J: FAB heavy chain constant domain
L: Fab light chain constant domain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)331,35310
ポリマ－331,35310
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Broad substrate specificity ATP-binding cassette transporter ABCG2 / ATP-binding cassette sub-family G member 2 / Breast cancer resistance protein / CDw338 / ...ATP-binding cassette sub-family G member 2 / Breast cancer resistance protein / CDw338 / Mitoxantrone resistance-associated protein / Placenta-specific ATP-binding cassette transporter / Urate exporter


分子量: 72385.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ABCG2, ABCP, BCRP, BCRP1, MXR / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UNQ0, ABC-type xenobiotic transporter
#2: 抗体 5D3 Fab light chain variable domain


分子量: 23594.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 5D3 Fab heavy chain variable domain


分子量: 23843.633 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 抗体 FAB heavy chain constant domain


分子量: 22986.840 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM ...詳細: The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM density map. However, given the absence of FAB information in the original structure, we opted to fit a representative FAB structure, utilizing PDB ID 7FAB as a reference.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 抗体 Fab light chain constant domain


分子量: 22866.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM ...詳細: The Fab domains were not resolved in the original structure and, therefore, were not modeled. With the implementation of an improved method, we can now resolve the domains within the CryoEM density map. However, given the absence of FAB information in the original structure, we opted to fit a representative FAB structure, utilizing PDB ID 7FAB as a reference.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: inhibitor-bound ABCG2 / タイプ: COMPLEX / 詳細: Re-refinement from EMPIAR-10374 / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm
撮影電子線照射量: 30 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
12EMAN2.99３次元再構成
13PHENIX1.2モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
対称性点対称性: C2 (2回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 284831 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
16ETI

6eti

16ETI1PDBexperimental model
27FAB

7fab

17FABPDBexperimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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