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- PDB-8trj: Cryo-EM structure of the rat P2X7 receptor in complex with the hi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8trj
タイトルCryo-EM structure of the rat P2X7 receptor in complex with the high-affinity agonist BzATP
要素P2X purinoceptor 7
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / Ligand-gate Ion Channel / P2X Receptor / Allosteric Antagonist / High-Affinity Agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


The NLRP3 inflammasome / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis / Platelet homeostasis / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / phagolysosome assembly / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / phospholipid transfer to membrane / positive regulation of cytoskeleton organization ...The NLRP3 inflammasome / regulation of presynaptic dense core granule exocytosis / Platelet homeostasis / positive regulation of lymphocyte apoptotic process / positive regulation of bleb assembly / NAD transport / phagolysosome assembly / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / phospholipid transfer to membrane / positive regulation of cytoskeleton organization / organic cation transport / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / lymphocyte apoptotic process / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / gamma-aminobutyric acid secretion / positive regulation of monoatomic ion transmembrane transport / pore complex assembly / ATP export / positive regulation of interleukin-1 alpha production / negative regulation of cell volume / plasma membrane organization / cell death / positive regulation of gamma-aminobutyric acid secretion / : / collagen metabolic process / bleb / plasma membrane phospholipid scrambling / response to fluid shear stress / positive regulation of prostaglandin secretion / T cell apoptotic process / bleb assembly / ceramide biosynthetic process / mitochondrial depolarization / vesicle budding from membrane / programmed cell death / positive regulation of T cell apoptotic process / prostaglandin secretion / positive regulation of ossification / cellular response to dsRNA / glutamate secretion / cell volume homeostasis / positive regulation of glutamate secretion / negative regulation of bone resorption / positive regulation of macrophage cytokine production / skeletal system morphogenesis / phospholipid translocation / channel activity / nuclear inner membrane / negative regulation of MAPK cascade / response to ATP / positive regulation of catalytic activity / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / positive regulation of mitochondrial depolarization / response to zinc ion / T cell homeostasis / synaptic vesicle exocytosis / monoatomic cation transport / membrane depolarization / membrane protein ectodomain proteolysis / cellular response to organic cyclic compound / neuronal action potential / protein secretion / positive regulation of bone mineralization / T cell proliferation / response to electrical stimulus / regulation of sodium ion transport / response to mechanical stimulus / extrinsic apoptotic signaling pathway / release of sequestered calcium ion into cytosol / homeostasis of number of cells within a tissue / sensory perception of pain / positive regulation of glycolytic process / reactive oxygen species metabolic process / protein serine/threonine kinase activator activity / : / mitochondrion organization / positive regulation of interleukin-1 beta production / positive regulation of cytokine production / establishment of localization in cell / positive regulation of protein secretion / lipopolysaccharide binding / apoptotic signaling pathway / response to bacterium / positive regulation of MAP kinase activity / neuromuscular junction / protein catabolic process / cell morphogenesis / terminal bouton / response to organic cyclic compound / T cell mediated cytotoxicity / protein processing / response to calcium ion / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / calcium ion transport / MAPK cascade / cell-cell junction / presynapse / signaling receptor activity
類似検索 - 分子機能
P2X purinoreceptor 7, intracellular domain / P2X purinoreceptor 7 intracellular domain / P2X7 purinoceptor / ATP P2X receptors signature. / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / PALMITIC ACID / P2X purinoceptor 7
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus (ネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.78 Å
データ登録者Oken, A.C. / Lisi, N.E. / Krishnamurthy, I. / McCarthy, A.E. / Godsey, M.H. / Glasfeld, A. / Mansoor, S.E.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R00HL138129 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP2GM149551 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: High-affinity agonism at the P2X7 receptor is mediated by three residues outside the orthosteric pocket
著者: Oken, A.C. / Lisi, N.E. / Krishnamurthy, I. / McCarthy, A.E. / Godsey, M.H. / Glasfeld, A. / Mansoor, S.E.
履歴
登録2023年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02024年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor 7
B: P2X purinoceptor 7
C: P2X purinoceptor 7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,12339
ポリマ－205,4173
非ポリマー9,70536
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 12分子 ABC

#1: タンパク質 P2X purinoceptor 7


分子量: 68472.461 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / 遺伝子: P2rx7 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q64663
#5: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 5種, 162分子

#2: 化合物 ChemComp-KD9 / 3'-O-(4-benzoylbenzoyl)adenosine 5'-(tetrahydrogen triphosphate)


分子量: 715.393 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H24N5O15P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C16H32O2 / 由来: (組換発現) Rattus (ネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 GNTI- / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Membrane protein / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Rattus (ネズミ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293 GNTI-
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 130000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 7630
電子光学装置エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 500478 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00714268
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.69419338
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d10.7042118
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0482064
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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