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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s5n | ||||||
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タイトル | RNA polymerase II core initially transcribing complex with an ordered RNA of 12 nt | ||||||
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機能・相同性 | ![]() positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / transcription factor TFIIE complex / phosphatase activator activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / nuclear lumen / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / TFIIF-class transcription factor complex binding ...positive regulation of core promoter binding / RNA polymerase II core complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / transcription factor TFIIE complex / phosphatase activator activity / RNA polymerase III general transcription initiation factor activity / nuclear lumen / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase transcription factor SL1 complex / TFIIF-class transcription factor complex binding / transcriptional start site selection at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase I core promoter sequence-specific DNA binding / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / RNA Polymerase I Transcription Initiation / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA Polymerase I Transcription Termination / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 1 Promoter / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 3 Promoter / transcription factor TFIIF complex / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / RNA Polymerase III Abortive And Retractive Initiation / transcription factor TFIIA complex / female germ cell nucleus / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhan, Y. / Grabbe, F. / Oberbeckmann, E. / Dienemann, C. / Cramer, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Three-step mechanism of promoter escape by RNA polymerase II. 著者: Yumeng Zhan / Frauke Grabbe / Elisa Oberbeckmann / Christian Dienemann / Patrick Cramer / ![]() 要旨: The transition from transcription initiation to elongation is highly regulated in human cells but remains incompletely understood at the structural level. In particular, it is unclear how ...The transition from transcription initiation to elongation is highly regulated in human cells but remains incompletely understood at the structural level. In particular, it is unclear how interactions between RNA polymerase II (RNA Pol II) and initiation factors are broken to enable promoter escape. Here, we reconstitute RNA Pol II promoter escape in vitro and determine high-resolution structures of initially transcribing complexes containing 8-, 10-, and 12-nt ordered RNAs and two elongation complexes containing 14-nt RNAs. We suggest that promoter escape occurs in three major steps. First, the growing RNA displaces the B-reader element of the initiation factor TFIIB without evicting TFIIB. Second, the rewinding of the transcription bubble coincides with the eviction of TFIIA, TFIIB, and TBP. Third, the binding of DSIF and NELF facilitates TFIIE and TFIIH dissociation, establishing the paused elongation complex. This three-step model for promoter escape fills a gap in our understanding of the initiation-elongation transition of RNA Pol II transcription. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 817.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 19743MC ![]() 8s51C ![]() 8s52C ![]() 8s54C ![]() 8s55C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEGIK
#1: タンパク質 | ![]() 分子量: 218889.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | ![]() 分子量: 147938.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | ![]() 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | ![]() 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | ![]() 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | ![]() 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | ![]() 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 DL
#4: タンパク質 | ![]() 分子量: 20962.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#12: タンパク質 | ![]() 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ
#6: タンパク質 | ![]() 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | ![]() 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | ![]() 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() ![]() |
-Transcription initiation factor ... , 4種, 4分子 MUVX
#13: タンパク質 | 分子量: 34877.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q00403, ![]() |
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#20: タンパク質 | 分子量: 41544.551 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#21: タンパク質 | 分子量: 12469.091 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#23: タンパク質 | 分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#14: DNA鎖 | 分子量: 43236.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#19: DNA鎖 | 分子量: 42569.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 OW
#15: タンパク質 | 分子量: 37729.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#22: タンパク質 | 分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#16: RNA鎖 | ![]() 分子量: 3769.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 QR
#17: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#18: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 11分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#24: 化合物 | ChemComp-ZN / #25: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: ![]() |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色![]() ![]() | ||||||||||||||||||
急速凍結![]() | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源![]() ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD![]() |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正![]() | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
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3次元再構成![]() | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 18827 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 142.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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