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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8s55 | ||||||
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タイトル | RNA polymerase II early elongation complex bound to TFIIE and TFIIF - state a (composite structure) | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION / RNA polymerase II / promoter escape / de novo transcription | ||||||
機能・相同性 | ![]() transcription factor TFIIE complex / phosphatase activator activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing ...transcription factor TFIIE complex / phosphatase activator activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / TFIIF-class transcription factor complex binding / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / transcription factor TFIIF complex / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Abortive elongation of HIV-1 transcript in the absence of Tat / RNA polymerase II general transcription initiation factor binding / FGFR2 alternative splicing / Viral Messenger RNA Synthesis / Signaling by FGFR2 IIIa TM / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / transcription factor TFIID complex / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / mRNA Capping / RNA polymerase III activity / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / mRNA Splicing - Minor Pathway / maintenance of transcriptional fidelity during transcription elongation by RNA polymerase II / Pausing and recovery of Tat-mediated HIV elongation / Tat-mediated HIV elongation arrest and recovery / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA poly(A) tail shortening / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / HIV elongation arrest and recovery / Pausing and recovery of HIV elongation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II activity / transcription elongation by RNA polymerase I / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / RNA polymerase I complex / RNA polymerase III complex / positive regulation of translational initiation / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / transcription-coupled nucleotide-excision repair / RNA polymerase II, core complex / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / translation initiation factor binding / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / mRNA Splicing - Major Pathway / negative regulation of protein binding / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription elongation by RNA polymerase II / P-body / response to virus / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / cell junction / microtubule cytoskeleton / single-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / protein phosphatase binding / Estrogen-dependent gene expression / nucleic acid binding / transcription by RNA polymerase II / single-stranded RNA binding / protein dimerization activity / nuclear speck / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / RNA-dependent RNA polymerase activity / chromatin binding / DNA-templated transcription / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | ||||||
![]() | Zhan, Y. / Grabbe, F. / Oberbeckmann, E. / Dienemann, C. / Cramer, P. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Three-step mechanism of promoter escape by RNA polymerase II. 著者: Yumeng Zhan / Frauke Grabbe / Elisa Oberbeckmann / Christian Dienemann / Patrick Cramer / ![]() 要旨: The transition from transcription initiation to elongation is highly regulated in human cells but remains incompletely understood at the structural level. In particular, it is unclear how ...The transition from transcription initiation to elongation is highly regulated in human cells but remains incompletely understood at the structural level. In particular, it is unclear how interactions between RNA polymerase II (RNA Pol II) and initiation factors are broken to enable promoter escape. Here, we reconstitute RNA Pol II promoter escape in vitro and determine high-resolution structures of initially transcribing complexes containing 8-, 10-, and 12-nt ordered RNAs and two elongation complexes containing 14-nt RNAs. We suggest that promoter escape occurs in three major steps. First, the growing RNA displaces the B-reader element of the initiation factor TFIIB without evicting TFIIB. Second, the rewinding of the transcription bubble coincides with the eviction of TFIIA, TFIIB, and TBP. Third, the binding of DSIF and NELF facilitates TFIIE and TFIIH dissociation, establishing the paused elongation complex. This three-step model for promoter escape fills a gap in our understanding of the initiation-elongation transition of RNA Pol II transcription. | ||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 903 KB | 表示 | ![]() |
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PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 532 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 602.5 KB | 表示 | |
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CIF形式データ | ![]() | 173.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 19726MC ![]() 8s51C ![]() 8s52C ![]() 8s54C ![]() 8s5nC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase ... , 7種, 7分子 ABCEGIK
#1: タンパク質 | 分子量: 218889.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 147938.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 31439.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 24644.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 19314.283 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 14541.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 13310.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-RNA polymerase II subunit ... , 2種, 2分子 DL
#4: タンパク質 | 分子量: 20962.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#12: タンパク質 | 分子量: 7018.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit ... , 3種, 3分子 FHJ
#6: タンパク質 | 分子量: 14477.001 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#8: タンパク質 | 分子量: 17162.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 7655.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 NT
#13: DNA鎖 | 分子量: 43236.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#17: DNA鎖 | 分子量: 42569.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 P
#14: RNA鎖 | 分子量: 4427.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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-General transcription factor IIF subunit ... , 2種, 2分子 QR
#15: タンパク質 | 分子量: 58343.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#16: タンパク質 | 分子量: 28427.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-タンパク質 , 2種, 2分子 WX
#18: タンパク質 | 分子量: 49516.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#19: タンパク質 | 分子量: 33106.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
-非ポリマー , 2種, 10分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
#20: 化合物 | ChemComp-ZN / #21: 化合物 | ChemComp-MG / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 |
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由来(天然) |
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由来(組換発現) |
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緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1700 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 700 nm |
撮影 | 電子線照射量: 40 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
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解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 50000 詳細: Number of particles is different for every focused refined map, as detailed in the manuscript. 対称性のタイプ: POINT |