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- PDB-8ro1: Structure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome double-prim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ro1
タイトルStructure of the C. elegans Intron Lariat Spliceosome double-primed for disassembly (ILS'')
要素
  • (CWF19-like protein ...) x 2
  • (Peptidyl-prolyl cis-trans ...) x 2
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 6
  • (Probable small nuclear ribonucleoprotein ...) x 4
  • (Small nuclear ribonucleoprotein Sm ...) x 2
  • (WD_REPEATS_REGION domain-containing ...) x 3
  • Cell division cycle 5-like protein
  • Coiled-coil domain-containing protein 12
  • GCF C-terminal domain-containing protein
  • Intron lariat RNA
  • Intron-binding protein aquarius
  • Pre-mRNA-processing factor 19
  • Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
  • Probable small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • Protein BUD31 homolog
  • Protein isy-1
  • RRM domain-containing protein
  • Replication stress response regulator SDE2
  • Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog
  • Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
  • TPR_REGION domain-containing protein
  • Tr-type G domain-containing protein
  • U2 snRNA
  • U5 snRNA
  • U6 snRNA
  • Uncharacterized protein T27F2.1
キーワードSPLICING / pre-mRNA splicing / intron lariat spliceosome / gene expression / spliceosome
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA lariat debranching enzyme activator activity / feminization of hermaphroditic germ-line / molting cycle / regulation of primary miRNA processing / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript ...RNA lariat debranching enzyme activator activity / feminization of hermaphroditic germ-line / molting cycle / regulation of primary miRNA processing / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / snRNP Assembly / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / mRNA Splicing - Minor Pathway / germline cell cycle switching, mitotic to meiotic cell cycle / mRNA Splicing - Major Pathway / mRNA 3'-end processing / RNA Polymerase II Transcription Termination / vulval development / nematode larval development / egg-laying behavior / post-spliceosomal complex / U2-type post-mRNA release spliceosomal complex / spliceosomal complex disassembly / post-mRNA release spliceosomal complex / apoptotic DNA fragmentation / nuclear mRNA surveillance / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / nuclease activity / U12-type spliceosomal complex / Prp19 complex / snRNP binding / pICln-Sm protein complex / pre-mRNA binding / U2-type catalytic step 1 spliceosome / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / locomotion / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type spliceosomal complex / commitment complex / U2-type catalytic step 2 spliceosome / embryo development ending in birth or egg hatching / U4 snRNP / U2 snRNP / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / cyclosporin A binding / precatalytic spliceosome / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / spliceosomal complex assembly / germ cell development / uterus development / protein K63-linked ubiquitination / mRNA 3'-splice site recognition / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / U5 snRNA binding / U5 snRNP / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / RNA splicing / peptidylprolyl isomerase / helicase activity / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / spliceosomal complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / rRNA processing / ubiquitin-protein transferase activity / metallopeptidase activity / ubiquitin protein ligase activity / protein folding / ribosome biogenesis / regulation of gene expression / DNA replication / nucleic acid binding / cell differentiation / RNA helicase activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA helicase / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / DNA repair / GTPase activity / mRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / GTP binding / apoptotic process / ATP hydrolysis activity / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Intron Large complex component GCFC2-like / Tuftelin interacting protein, N-terminal domain / GCF, C-terminal / Septin and tuftelin interacting protein / TFP11/STIP/Ntr1 / GC-rich sequence DNA-binding factor-like protein / Tuftelin interacting protein N terminal / mRNA splicing factor Cwf18-like / : / cwf18 pre-mRNA splicing factor ...Intron Large complex component GCFC2-like / Tuftelin interacting protein, N-terminal domain / GCF, C-terminal / Septin and tuftelin interacting protein / TFP11/STIP/Ntr1 / GC-rich sequence DNA-binding factor-like protein / Tuftelin interacting protein N terminal / mRNA splicing factor Cwf18-like / : / cwf18 pre-mRNA splicing factor / Nineteen complex-related protein 2 / Sde2, N-terminal ubiquitin domain / Yeast Splicing regulator sde2, N-terminal ubiquitin domain / Cwf19-like protein, C-terminal domain-2 / Cwf19-like, C-terminal domain-1 / Cwf19-like protein / Protein similar to CwfJ C-terminus 2 / Protein similar to CwfJ C-terminus 1 / DHX15, DEXH-box helicase domain / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 / Pre-mRNA-splicing factor Isy1 superfamily / Isy1-like splicing family / : / : / Intron-binding protein aquarius, beta-barrel / Intron-binding protein aquarius insert domain / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Torus domain / Breast carcinoma amplified sequence 2 (BCAS2) / Torus domain / mRNA splicing factor SYF2 / SYF2 splicing factor / CWF11 family / Intron-binding protein aquarius, N-terminal / Intron-binding protein aquarius N-terminal / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E, RNA recognition motif / Myb-like domain profile. / Helix hairpin bin domain superfamily / G-patch domain / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin A-like / : / Replication stress response SDE2 C-terminal / G-patch domain profile. / Pre-mRNA-processing factor 17 / G-patch domain / glycine rich nucleic binding domain / Pre-mRNA-splicing factor 19 / Pre-mRNA-processing factor 19 / Prp19/Pso4-like / : / STL11, N-terminal / U-box domain / : / DNA2/NAM7-like helicase / DNA2/NAM7 helicase, helicase domain / AAA domain / WD repeat Prp46/PLRG1-like / : / BUD31/G10-related, conserved site / : / : / : / G10 protein signature 1. / G10 protein signature 2. / SKI-interacting protein SKIP, SNW domain / SKI-interacting protein, SKIP / SKIP/SNW domain / Myb-like DNA-binding domain / Pre-mRNA-splicing factor Cwf15/Cwc15 / HAT (Half-A-TPR) repeat / Cwf15/Cwc15 cell cycle control protein / Pre-mRNA-splicing factor Cwc2/Slt11 / G10 protein / Pre-mRNA-splicing factor BUD31 / Pre-mRNA splicing factor component Cdc5p/Cef1, C-terminal / pre-mRNA splicing factor component / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc finger, CCCH-type superfamily / HIT-like superfamily / Leucine-rich repeat / : / Helicase associated domain (HA2), ratchet-like / zinc finger / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Snu114, GTP-binding domain / DEAD-box helicase, OB fold / Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold / Helicase-associated domain / Helicase associated domain (HA2), winged-helix / Helicase associated domain (HA2) Add an annotation / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / : / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Replication stress response regulator SDE2 / GCF C-terminal domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Cell division cycle 5-like protein ...GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Replication stress response regulator SDE2 / GCF C-terminal domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Cell division cycle 5-like protein / CWF19-like protein 1 homolog / TPR_REGION domain-containing protein / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Spliceosome-associated protein CWC15 homolog / Protein BUD31 homolog / Pre-mRNA-splicing factor 8 homolog / Probable small nuclear ribonucleoprotein F / Pre-mRNA-splicing factor SYF1 / Probable small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / Pre-mRNA-splicing factor syf-2 / Pre-mRNA-processing factor 19 / CWF19-like protein 2 homolog / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Probable small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Protein isy-1 / Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase ddx-15 / RRM domain-containing protein / Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / Pre-mRNA-splicing factor SPF27 / Uncharacterized protein T27F2.1 / Tr-type G domain-containing protein / Coiled-coil domain-containing protein 12 / Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / Probable small nuclear ribonucleoprotein G / Intron-binding protein aquarius / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / Probable small nuclear ribonucleoprotein E
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Vorlaender, M.K. / Rothe, P. / Plaschka, C.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Mechanism for the initiation of spliceosome disassembly.
著者: Matthias K Vorländer / Patricia Rothe / Justus Kleifeld / Eric D Cormack / Lalitha Veleti / Daria Riabov-Bassat / Laura Fin / Alex W Phillips / Luisa Cochella / Clemens Plaschka /
要旨: Precursor-mRNA (pre-mRNA) splicing requires the assembly, remodelling and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on ...Precursor-mRNA (pre-mRNA) splicing requires the assembly, remodelling and disassembly of the multi-megadalton ribonucleoprotein complex called the spliceosome. Recent studies have shed light on spliceosome assembly and remodelling for catalysis, but the mechanism of disassembly remains unclear. Here we report cryo-electron microscopy structures of nematode and human terminal intron lariat spliceosomes along with biochemical and genetic data. Our results uncover how four disassembly factors and the conserved RNA helicase DHX15 initiate spliceosome disassembly. The disassembly factors probe large inner and outer spliceosome surfaces to detect the release of ligated mRNA. Two of these factors, TFIP11 and C19L1, and three general spliceosome subunits, SYF1, SYF2 and SDE2, then dock and activate DHX15 on the catalytic U6 snRNA to initiate disassembly. U6 therefore controls both the start and end of pre-mRNA splicing. Taken together, our results explain the molecular basis of the initiation of canonical spliceosome disassembly and provide a framework to understand general spliceosomal RNA helicase control and the discard of aberrant spliceosomes.
履歴
登録2024年1月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: U2 snRNA
5: U5 snRNA
6: U6 snRNA
A: Pre-mRNA-splicing factor 8 homolog
C: Tr-type G domain-containing protein
D: Protein isy-1
DX: Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase ddx-15
E: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein
I: Pre-mRNA-splicing factor SYF1
IN: Intron lariat RNA
J: TPR_REGION domain-containing protein
K: Pre-mRNA-splicing factor SPF27
L: Cell division cycle 5-like protein
L1: CWF19-like protein 1 homolog
L2: CWF19-like protein 2 homolog
M: Pre-mRNA-splicing factor syf-2
N: Protein BUD31 homolog
O: Pre-mRNA-splicing factor RBM22
P: Spliceosome-associated protein CWC15 homolog
PX: GCF C-terminal domain-containing protein
Q: Intron-binding protein aquarius
R: Uncharacterized protein T27F2.1
S: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
T: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein
TF: Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog
W: WD_REPEATS_REGION domain-containing protein
X: Replication stress response regulator SDE2
Z: Coiled-coil domain-containing protein 12
a: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
b: Probable small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
c: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
d: Probable small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
e: Probable small nuclear ribonucleoprotein E
f: Probable small nuclear ribonucleoprotein F
g: Probable small nuclear ribonucleoprotein G
h: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
i: Probable small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
j: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
k: Probable small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
l: Probable small nuclear ribonucleoprotein E
m: Probable small nuclear ribonucleoprotein F
n: Probable small nuclear ribonucleoprotein G
o: Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A'
p: RRM domain-containing protein
q: Pre-mRNA-processing factor 19
r: Pre-mRNA-processing factor 19
s: Pre-mRNA-processing factor 19
t: Pre-mRNA-processing factor 19
y: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,289,68566
ポリマ－2,287,21349
非ポリマー2,47117
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 4種, 4分子 256IN

#1: RNA鎖 U2 snRNA


分子量: 68422.445 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: Full sequence: AUCGCUUCUUCGGCUUAUUAGCUAAGAUCAAAGUGUAGUAUCUGUUCUUAUCGUAUUAACCUACGGUAUACACUCGAAUGAGUGUAAUAAAGGUUAUAUGAUUUUUGGAACCUAGGGAAGACUCGGGGCUUGCUCCGACUUCCCAAGGGUCGUCCUGGCGUUGCACUGCUGCCGGGCUCGGCCCAGUCCCC
由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#2: RNA鎖 U5 snRNA


分子量: 35826.145 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#3: RNA鎖 U6 snRNA


分子量: 32483.355 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
発現宿主: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
#10: RNA鎖 Intron lariat RNA


分子量: 10348.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ)

-
Pre-mRNA-splicing factor ... , 6種, 6分子 ADXIKMO

#4: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor 8 homolog


分子量: 272396.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P34369
#7: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor ATP-dependent RNA helicase ddx-15 / DEAH box protein 15


分子量: 84495.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q20875, RNA helicase
#9: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SYF1


分子量: 99675.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P91175
#12: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor SPF27


分子量: 27679.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q22417
#16: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor syf-2


分子量: 27719.021 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q09385
#18: タンパク質 Pre-mRNA-splicing factor RBM22 / RNA-binding motif protein 22


分子量: 45902.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q22412

-
タンパク質 , 16種, 20分子 CDJLNPPXQRTFXZbiopqrst

#5: タンパク質 Tr-type G domain-containing protein


分子量: 110612.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q23463
#6: タンパク質 Protein isy-1


分子量: 31326.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q20716
#11: タンパク質 TPR_REGION domain-containing protein


分子量: 88116.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O16376
#13: タンパク質 Cell division cycle 5-like protein


分子量: 85843.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: G5EFC4
#17: タンパク質 Protein BUD31 homolog / Protein G10 homolog


分子量: 17153.879 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P34313
#19: タンパク質 Spliceosome-associated protein CWC15 homolog


分子量: 26154.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O45766
#20: タンパク質 GCF C-terminal domain-containing protein


分子量: 94244.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: G5ECH1
#21: タンパク質 Intron-binding protein aquarius


分子量: 170397.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9U1Q7
#22: タンパク質 Uncharacterized protein T27F2.1


分子量: 60303.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q22836
#25: タンパク質 Septin and tuftelin-interacting protein 1 homolog / STIP-1


分子量: 94421.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q17784
#27: タンパク質 Replication stress response regulator SDE2


分子量: 57466.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: G5EC45
#28: タンパク質 Coiled-coil domain-containing protein 12


分子量: 8135.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q95XJ1
#30: タンパク質 Probable small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / snRNP-B / Sm protein B / Sm-B / SmB


分子量: 16768.627 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P91918
#36: タンパク質 Probable U2 small nuclear ribonucleoprotein A' / U2 snRNP A' / Masculinization of germline protein 2 / Spliceosome-associated protein mog-2


分子量: 28905.900 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9BLB6
#37: タンパク質 RRM domain-containing protein


分子量: 24881.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q21323
#38: タンパク質
Pre-mRNA-processing factor 19 / PRP19/PSO4 homolog / RING-type E3 ubiquitin transferase PRP19


分子量: 53272.633 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q10051, RING-type E3 ubiquitin transferase

-
WD REPEATS REGION domain-containing ... , 3種, 3分子 ETW

#8: タンパク質 WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量: 36865.559 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q19211
#24: タンパク質 WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量: 54766.215 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: G5EEL2
#26: タンパク質 WD_REPEATS_REGION domain-containing protein


分子量: 65385.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O44729

-
CWF19-like protein ... , 2種, 2分子 L1L2

#14: タンパク質 CWF19-like protein 1 homolog


分子量: 59034.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: O16216
#15: タンパク質 CWF19-like protein 2 homolog


分子量: 53269.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q10946

-
Peptidyl-prolyl cis-trans ... , 2種, 2分子 Sy

#23: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / PPIase


分子量: 18547.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q18445, peptidylprolyl isomerase
#39: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase E / PPIase E


分子量: 8825.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9U2S6, peptidylprolyl isomerase

-
Small nuclear ribonucleoprotein Sm ... , 2種, 4分子 ahcj

#29: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Sm-D3 / snRNP core protein D3


分子量: 14836.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q17348
#31: タンパク質 Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / snRNP core protein D1


分子量: 13724.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: E3LR34

-
Probable small nuclear ribonucleoprotein ... , 4種, 8分子 dkelfmgn

#32: タンパク質 Probable small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Sm-D2 / snRNP core protein D2


分子量: 13291.529 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
詳細: MSAQAKPRSEMTAEELAAKEDEEFNVGPLSILTNSVKNNHQVLINCRNNKKLLGRVKAFDRHCNMVLENVKEMWTEVPKTGKGKKKAKSVAKDRFISKMFLRGDSVILVVKNPLAQAE
由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q18786
#33: タンパク質 Probable small nuclear ribonucleoprotein E / snRNP-E / Sm protein E / Sm-E / SmE


分子量: 10625.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9XTU6
#34: タンパク質 Probable small nuclear ribonucleoprotein F / snRNP-F / Sm protein F / Sm-F / SmF


分子量: 9256.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: P34659
#35: タンパク質 Probable small nuclear ribonucleoprotein G / snRNP-G / Sm protein G / Sm-G / SmG


分子量: 8756.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Caenorhabditis elegans (センチュウ) / 参照: UniProt: Q9N4G9

-
非ポリマー , 4種, 17分子

#40: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#41: 化合物 ChemComp-IHP / INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / MYO-INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / INOSITOL 1,2,3,4,5,6-HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸


分子量: 660.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H18O24P6
#42: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#43: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Intron lariat spliceosome (ILS'') / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#39 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
緩衝液pH: 7.9
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 750 nm
撮影電子線照射量: 60 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 247908 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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