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万見
- PDB-8p6p: Mycoplasma pneumoniae small ribosomal subunit in chloramphenicol-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8p6p
タイトルMycoplasma pneumoniae small ribosomal subunit in chloramphenicol-treated cells
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 50S ribosomal protein L31
  • mRNA
  • tRNA-Asp (P-site)
  • tRNA-Lys (A-site)
キーワードTRANSLATION / In situ / Ribosome / Chloramphenicol / cryo-ET
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type ...Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S14/S29 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / L28p-like / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Ribosomal protein S2 signature 2. / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S3 signature. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S14 signature. / KH domain / Type-2 KH domain profile. / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal domain / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein S15/S19, conserved site / Ribosomal protein S19 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S19 / : / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S7 signature. / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S17 signature. / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S13 signature. / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein S5, C-terminal / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S13/S18 / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S13 family profile. / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S8 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S4 signature. / Ribosomal protein S4/S9 N-terminal domain / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / Ribosomal protein S4/S9 / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S8 / S4 RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S13-like, H2TH
類似検索 - ドメイン・相同性
PENTANE-1,5-DIAMINE / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS3 ...PENTANE-1,5-DIAMINE / 1,4-DIAMINOBUTANE / SPERMIDINE / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein bS21 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17
類似検索 - 構成要素
生物種Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schacherl, M. / Xue, L. / Spahn, C.M.T. / Mahamid, J.
資金援助 米国, ドイツ, 2件
組織認可番号国
Chan Zuckerberg InitiativeVisual Proteomics Imaging 米国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structural insights into context-dependent inhibitory mechanisms of chloramphenicol in cells.
著者: Liang Xue / Christian M T Spahn / Magdalena Schacherl / Julia Mahamid /
要旨: Ribosome-targeting antibiotics represent an important class of antimicrobial drugs. Chloramphenicol (Cm) is a well-studied ribosomal peptidyl transferase center (PTC) binder and growing evidence ...Ribosome-targeting antibiotics represent an important class of antimicrobial drugs. Chloramphenicol (Cm) is a well-studied ribosomal peptidyl transferase center (PTC) binder and growing evidence suggests that its inhibitory action depends on the sequence of the nascent peptide. How such selective inhibition on the molecular scale manifests on the cellular level remains unclear. Here, we use cryo-electron tomography to analyze the impact of Cm inside the bacterium Mycoplasma pneumoniae. By resolving the Cm-bound ribosomes to 3.0 Å, we elucidate Cm's coordination with natural nascent peptides and transfer RNAs in the PTC. We find that Cm leads to the accumulation of a number of translation elongation states, indicating ongoing futile accommodation cycles, and to extensive ribosome collisions. We, thus, suggest that, beyond its direct inhibition of protein synthesis, the action of Cm may involve the activation of cellular stress responses. This work exemplifies how in-cell structural biology can expand the understanding of mechanisms of action for extensively studied antibiotics.
履歴
登録2023年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年12月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22025年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
3: 23S ribosomal RNA
5: 16S ribosomal RNA
7: tRNA-Asp (P-site)
8: tRNA-Lys (A-site)
A: 30S ribosomal protein S2
B: 30S ribosomal protein S3
C: 30S ribosomal protein S4
D: 30S ribosomal protein S5
E: 30S ribosomal protein S6
F: 30S ribosomal protein S7
G: 30S ribosomal protein S8
H: 30S ribosomal protein S9
I: 30S ribosomal protein S10
J: 30S ribosomal protein S11
K: 30S ribosomal protein S12
L: 30S ribosomal protein S13
M: 30S ribosomal protein S14 type Z
N: 30S ribosomal protein S15
O: 30S ribosomal protein S16
P: 30S ribosomal protein S17
Q: 30S ribosomal protein S18
R: 30S ribosomal protein S19
S: 30S ribosomal protein S20
T: 30S ribosomal protein S21
Y: mRNA
x: 50S ribosomal protein L31
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,820,424136
ポリマ－1,817,22126
非ポリマー3,203110
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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RNA鎖 , 5種, 5分子 3578Y

#1: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 940911.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
#2: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 491326.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: GenBank: 26117688
#3: RNA鎖 tRNA-Asp (P-site)


分子量: 24136.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: GenBank: 26117688
#4: RNA鎖 tRNA-Lys (A-site)


分子量: 24401.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: GenBank: 26117688
#25: RNA鎖 mRNA


分子量: 6698.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRST

#5: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 33468.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75560
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 30657.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P41205
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23817.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P46775
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 24138.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50301
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 25430.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75543
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 17897.029 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75545
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15903.083 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50304
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 15149.735 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75179
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 12226.571 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75581
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12709.851 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50296
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 15666.580 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75546
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14209.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50297
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 6901.364 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50305
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 9921.687 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75173
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10806.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: A0A0H3DLS7
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9859.643 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: Q50309
#21: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 12411.522 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75541
#22: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75576
#23: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9993.599 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P75237
#24: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 7539.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P57079

-
タンパク質 , 1種, 1分子 x

#26: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 10980.657 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
参照: UniProt: P78020

-
非ポリマー , 6種, 112分子

#27: 化合物 ChemComp-SPD / SPERMIDINE / N-(2-AMINO-PROPYL)-1,4-DIAMINOBUTANE / PA(34) / スペルミジン


分子量: 145.246 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H19N3
#28: 化合物 ChemComp-PUT / 1,4-DIAMINOBUTANE / PUTRESCINE / プトレシン


分子量: 88.151 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12N2
#29: 化合物 ChemComp-N2P / PENTANE-1,5-DIAMINE / カダベリン


分子量: 102.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14N2
#30: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 103 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#31: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#32: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / ３次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Mycoplasma pneumoniae M129 cells treated with chloramphenicol
タイプ: CELL
詳細: Small ribosomal subunit with some elements of the large ribosomal subunit. Focused refinement on 30S subunit of the in situ 70S subunit map.
Entity ID: #1-#26 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア) / 細胞内の位置: Cytoplasm
緩衝液pH: 7.4
詳細: The modified Hayflick medium: 14.7g/L Difco PPLO(Becton Dickinson), 20% (v/v) Gibco horse serum(New Zealand origin), 100 mM HEPES-Na; pH 7.4, 1% (w/w) glucose, 0.002% (w/w) phenol red, 1000 U/mL penicillin G.
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Mycoplasma pneumoniae M129 cells were grown on gold Quantifoil grids at 37 Celsius in the modified Hayflick medium. Treatment with chloramphenicol at the final concentration of 0.2 mg/ml was ...詳細: Mycoplasma pneumoniae M129 cells were grown on gold Quantifoil grids at 37 Celsius in the modified Hayflick medium. Treatment with chloramphenicol at the final concentration of 0.2 mg/ml was performed for about 15 minutes before plunge freezing.
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE
詳細: Back-side blotting for 2-3 seconds before plunging using a manual plunger without an environmental control chamber.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 64000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3250 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 3.34 e/Å2 / Avg electron dose per subtomogram: 137 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 1
詳細: Gatan K3 camera in non-CDS counting mode, targeted dose rate on camera ~20 e/pixel/second, 10 frames per tilt image, constant exposure time for each tilt, pixel size 1.329A
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1PyTom0.9.7.1volume selection
2Warp1.0.9volume selection
3SerialEM3.9画像取得
5Warp1.0.9CTF補正
8Coot0.9.8.5モデルフィッティング
11RELION3.0.8最終オイラー角割当Refine3D
12Warp1.0.9最終オイラー角割当Warp/M uses RELION alignment
13RELION3.0.8分類Class3D to remove bad particles
14Warp1.0.9３次元再構成Warp/M
15PHENIX1.20.1_4487モデル精密化
CTF補正詳細: CTF estimation and 3D CTF correction are done in Warp
タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 30774 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 詳細: half maps from Warp/M / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selectionNum. of tomograms: 139 / Num. of volumes extracted: 30774
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
17OOC

7ooc

17OOC1PDBexperimental model
27OOD

7ood

17OOD2PDBexperimental model
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00359798
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.56488606
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d13.8722196
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03211248
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0065231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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